全面深化改革的總目標是完善和發展中國特色社會主義制度，推進國家治理體系和治理能力現代化。在國家治理過程中，制度建設具有根本性、連續性和全局性。將成熟的原則和政策制度化、法律化，是國家治理體系和能力現代化的重要組成部分和核心標誌。2020年能否實現全面深化改革的總目標，取決於在重要領域和關鍵環節改革上取得決定性成果，形成系統科學規範有效的制度，使各方面制度更加成熟定型。因此，社會主義各項事業的推進和發展必須系統化、規範化、制度化，最終形成定型、成熟、有效的體系，實現各項工作的科學、可持續運行，提高國家治理能力和水平。
生態文明制度是人類社會在與自然的長期關系中形成的理念、政策和實踐。生態文明制度的層次和水平標誌著人類治理藝術和技能的成熟，關系到全人類、全社會、各民族和國家整體利益的實現和政權的科學穩定運行。就壹個國家而言，生態文明制度文明建設是壹個國家政治、經濟、文化、社會和生態建設的重要組成部分，其進步取決於現有物質文明和精神文明整體水平的提高。
在"五位壹體"的中國特色社會主義事業總體布局中，生態文明建設不僅要提高經濟建設、政治建設、文化建設和社會建設的制度化水平，還要發揮生態文明制度為美麗中國建設和中華民族永續發展提供堅實保障和有力支撐的作用，還要發揮生態文明制度在其他領域的輻射和引領作用。
確立生態文明建設體系在國家治理體系中的地位，有助於明確生態文明建設體系的目標和內容。生態文明制度建設的目標是構建壹個有利於環境保護、資源節約和人與自然和諧相處的系統、完整、科學的體系，為環境保護政策和資源政策的實施提供堅實的保障，形成壹個完善、穩定、可持續的全社會建設生態文明的行為模式。生態文明制度建設的主要內容包括制度的建立和完善、制度的實施和執行、相關行為的激勵和懲罰以及預期的形成和表征。通過這四個環節，將尊重自然、順應自然、保護自然的生態文明理念真正落到實處。這些目標和內容本身就表明，生態文明制度是社會主義制度的主要內容和重要組成部分。
生態文明制度建設必須按照系統性要求進行，必須根據生態系統固有的高度多樣性和復雜性建立完整的制度體系。制度是否系統、完整、先進，是生態文明水平的重要體現。先進的制度體系是生態文明的軟實力，良好的生態環境是生態文明的硬實力。從根本上說，生態文明的制度水平決定了生態文明的建設水平。只有將生態文明建設的壹系列理念、政策、法規和實踐上升到制度層面，形成堅實的制度體系，在實踐中形成強大的“激勵相容”效應，才能有效保障生態文明建設的良性持續發展和“美麗中國”理想願景的逐步實現。
需要按照基礎系統、運行系統和符號系統三個子系統來構建制度體系，以克服現存的秩序性和完整性不足的問題。作為內層，基本制度最接近制度體系的核心，也是制度體系最深刻的反映；符號系統在系統的外層，是系統價值最直觀的體現。操作系統是基本系統和符號系統的中間環節，起著橋梁和紐帶的作用。生態文明系統可以分為三個層次:基礎系統、管理系統和文化系統。基本制度是生態文明系統的基石和支柱，管理制度是生態文明系統的維系和保障，文化制度是生態文明系統的社會基礎。
第二，建立堅實的生態文明基本制度
確立生態文明基本制度，首先要進壹步加強制度體系建設的頂層設計，制定時間表，落實路線圖。應抓住中央成立“經濟體制與生態文明制度”專項小組的契機，盡快起草出臺《關於推進生態文明建設的指導意見》，提高各級政府和社會各界對生態文明建設的認識。制定和實施生態文明建設的目標體系，應當包括生態空間、生態經濟、生態環境、生態生活、生態系統和生態文化。同時，在總體設計上，廣泛聽取各方面意見，註重跨部門、跨領域，形成生態文明制度體系建立的時間表和實施路線圖，並以此為依據，指導各部門進行任務分工。
其次，充分發揮市場作為生態文明基本制度基石的作用。第壹，完善自然資源資產的產權制度。產權是所有權的核心和主要內容。明晰產權是發揮市場機制的基本要求，自然資源資產產權制度是生態文明制度體系中的基本制度。要對自然生態空間進行統壹登記，形成權屬清晰、權責明確、監管有效的自然資源資產產權制度。根據自然資源多元化特點，通過廣泛的地方試點示範，逐步修改完善現有國有和集體所有資源產權制度法律，分類建立多元化所有制。建立完整的自然資源資產調查、評估和核算體系，完善國有和集體自然資源資產的代理或托管制度及其管理。二是在生產過程中發揮資源配置的決定性作用。在厘清政府與市場關系的基礎上，推進自然資源資產化管理，實行資源有償使用和生態補償制度，鼓勵許可環境服務和協議保護，加快資源環境稅費改革，建設體現生態文明理念的新型市場，探索排汙權和碳排放權交易，使資源、能源、排汙權、生態服務等要素得到更加高效的配置和利用。構建符合市場規律的自然資源價格機制，加快實施資源有償使用制度、生態補償制度和環境稅收制度。進壹步改革和完善環境保護特許經營制度和特許保護制度，發揮市場激勵作用。
第三，強有力的政府監管是生態文明基本制度的支柱。首先是建立壹個控制自然資源使用的系統。控制用途，劃定各類土地空間的開發、利用和保護邊界，實現能源、水資源、礦產資源按質分類，實現梯級利用。這是壹種國家為了公眾的利益，利用國家權力管理財產權以外的自然資源的制度。這種規制充分體現了政府規制和監管彌補市場失靈的必要性和重要性，體現了政府職能的全面正確履行。比如，自然保護區屬於用途管制制度，因為無論誰管理自然保護區，國家法律法規都規定不能在核心區進行開發建設活動。二是建立生態紅線制度，劃定並嚴守生態紅線。生態紅線的觀念必須牢固樹立，納入後全黨全國必須整體遵循，絕不可逾越。劃定生態保護紅線，建立國土空間開發保護制度，嚴格按照主體功能區定位推進開發，有序實現耕地、河湖休養生息。嚴格準入制度，最嚴格的土地使用管理，資源節約管理，加強規劃，嚴格審查，禁止不符合用途管制和節約標準的開發活動。按照生態保護紅線由生態功能紅線、環境質量紅線和資源利用紅線組成的基本思路，研究編制《關於建設國家生態保護紅線的指導意見》。
第三，建立協調的生態文明管理體系
建立生態文明管理體系的核心是打破生態系統的系統性和整體性與政府的部門化、條塊化運作之間的矛盾。首先，要在問題完整性的基礎上，突出管理體系的完整性。例如，建立和完善嚴格監督所有汙染物排放的環境保護管理制度。汙染物由汙染源產生，通過環境介質傳播和消耗，三者必須作為壹個整體來考慮。按照生態系統管理的要求，加強對工業點源、農業面源、交通移動源等所有汙染源和大氣、土壤、地表水、地下水、海洋等所有受汙染介質排放的所有汙染物的統壹監管，實現環境汙染的全面防治。同時，要註重生態系統的整體性規律，充分認識汙染防治與生態保護的內在必然關系，增強二者監管的協調性和統壹性，建立汙染防治與生態保護的聯動機制。
其次，在政府部門分工和分級分權的現實條件下，管理體制的協調性應該更加突出。探索建立統籌協調的制度框架。環境問題出現並擴大為地方、區域和全球問題。目前國內最突出的是區域性霧霾汙染和流域水汙染。然而，這些環境問題所影響的空間範圍往往與行政管轄範圍不壹致，導致現行管理體制難以解決跨行政區的環境問題。從結構上看，這些要素往往由不同部門管理，使得環境管理缺乏整體性和協調性。從功能上看，現有體制在實現資源環境綜合管理方面存在各種體制性障礙。在保證生態環境保護完整性的同時，需要針對不同類型的問題建立相應的制度安排。對於壹個幅員遼闊、資源環境復雜的發展中大國來說，完全通過壹個部門實施統壹監管顯然是非常困難的。但無論采取哪種改革模式，都需要建立壹個整體的、協調的制度框架。比如在環境監管和行政執法領域，由於職能交叉重疊，執法主體和監察力量分散，環保領域多頭執法問題突出。要完善“統壹監管、分工負責”和“國家監管、地方監管、單位負責”的監管體制，有序整合不同領域、部門、層次的監管力量，完善監管的法律授權，建立獨立統壹的環境監管體系。
第三，以生態績效的“可視化”為導向，突出管理制度的激勵功能。將反映生態文明建設狀況的資源消耗、環境損害、生態效益等指標納入經濟社會評價體系，建立體現生態文明要求的目標體系、考核辦法和獎懲機制。將生態效益等指標納入經濟社會發展綜合評價體系，編制自然資源資產負債表，對領導幹部自然資源資產和環境進行審計，增加資源消耗、環境損害、生態效益、產能過剩、科技創新等方面的考核權重。加強生態環境績效評價制度的權威性和執行力度，對生態文明建設成績突出的地區給予轉移支付，對單位和個人給予表彰獎勵。建立責任追究制度，保持生態文明建設的持久性。建立健全生態文明責任追究制度，明確責任主體、對象和範圍。
第四，建立長效的生態文明和文化體系
生態文明制度不僅是約束人類行為的規則，也是衡量人類文明程度的標尺。對於生態文明制度而言，成為人們價值觀甚至可以銘刻在社會成員心中的“軟規則”在約束人們的行為方面，可能比強制人們遵守的硬規則和道德說教更有力、更持久。
首先，我們應該積極倡導生態文明行為，培養綠色生活方式。制定實施與生態文明、綠色發展相適應的可持續消費戰略和行動計劃，以黨政機關、事業單位和國有企業為重點，開展生態文明單位創建活動，落實各項節能環保措施。采取政府購買服務等政策措施，促進消費方式轉變，實施綠色設計和綠色制造，節約資源，減少汙染，建立環境誠信。規範綠色產品生產，暢通綠色產品流通渠道，引導消費者購買節能環保低碳產品。以簡單、適度、綠色、低碳、文明、健康的方式，推動衣、食、住、行、遊的全民轉型。推廣綠色環保產品，倡導綠色出行，讓綠色生活成為社會主流價值和生活方式。
其次，以企業經營者為主要對象，將生態教育貫穿於企業生產經營活動的始終。企業主管部門要制定政策，督促企業自覺按照循環經濟模式組織生產，推行生態友好型生產方式，節約能源資源，保護生態環境。要定期舉辦企業管理人員培訓班，全面開展生態意識教育和環保政策法規學習，使環保工作在企業生產經營活動中始終居於首位。在企業項目審批過程中，必須嚴格堅持環保準入。建立企業環境信用等級評價制度，督促企業自覺履行環境保護的法定義務。加快建立環境保護“守信激勵、失信懲戒”機制。企業環境信用實行分級，分級結果與企業信用和融資直接掛鉤。強化企業社會責任感和榮譽感，形成“以保護生態環境為榮”的道德風尚，對企業家進行生態環境和可持續發展教育。