1，辦公室
協助院領導處理檢察政務，組織協調落實院重要工作部署和重大決策，組織安排機關重要會議和重大活動；負責起草文件；辦理檢察信息，編印發行內部刊物；來自處理器的消息；負責NPC人大代表和特約檢察官的聯絡工作；負責領導同誌批準事項的督辦；負責辦公室秩序管理、日常值班和辦公樓安全；負責檢察統計、檔案、密碼管理和保密工作；指導各區人民檢察院的相關業務。
2.調查和監督辦公室
負責全市刑事案件(包括人民檢察院直接受理的貪汙賄賂、國家工作人員瀆職等刑事案件)犯罪嫌疑人的審查批準、逮捕決定和立案監督，以及偵查活動的監督；承辦應由廈門市人民檢察院辦理的審查批準逮捕案件；承辦對本市各區人民檢察院偵查監督部門工作中疑難問題的指示；指導審查逮捕涉嫌犯罪的未成年人；研究偵查監督業務規範化建設，制定完善相關規定。
3.公訴辦公室
負責全市刑事案件(包括人民檢察院直接受理偵查的貪汙賄賂、瀆職等刑事案件)的審查起訴、公訴出庭、抗訴工作的指導；負責監督人民法院的刑事審判活動；負責監督人民法院的刑事審判活動；承辦應由廈門市人民檢察院審查起訴和抗訴的案件，對廈門市人民檢察院抗訴、廈門市中級人民法院審理的刑事案件出庭履行職責；承辦本市各區人民檢察院對檢察部門工作中疑難問題的請示；指導未成年人涉嫌犯罪案件的審查起訴、當庭公訴及相關工作；研究加強檢察工作規範化建設，制定完善相關規定。
4.反貪汙賄賂局
負責指導全市檢察機關辦理貪汙賄賂、挪用公款、巨額財產來源不明、隱匿境外存款、私分國有資產、私分沒收財產等刑事案件的偵查和預審工作；參與查辦貪汙賄賂等重大犯罪案件；直接立案偵查全市貪汙賄賂等重大犯罪；組織、協調、指導本市重大、特大貪汙賄賂案件的查處和個案調查；研究分析全市貪汙賄賂等犯罪的特點和規律，提出懲治對策；承辦本市各區人民檢察院反貪汙賄賂工作中疑難問題的請示；制定和實施上級人民檢察院關於貪汙賄賂犯罪檢察工作的規章制度。
反貪汙賄賂局下設辦公室、偵查處、調查科、涉臺案件偵查科(均為副處級)。
5.反瀆職侵權局
負責指導全市檢察機關辦理國家工作人員瀆職犯罪和國家工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查等侵犯公民人身權利和民主權利犯罪的偵查和預審工作；參與重大瀆職侵權案件的調查；對全市重大瀆職侵權犯罪直接立案偵查；組織、協調、指導本市重大、特大瀆職侵權案件的查處以及個案調查；研究分析全市瀆職侵權犯罪的特點和規律，提出懲治對策；承辦對本市各區人民檢察院瀆職侵權檢察部門工作中疑難問題的請示；制定和實施上級人民檢察院瀆職侵權檢察工作規章制度。
6.檢察監察室
負責全市檢察機關對執行機關執行刑罰的活動，減刑、假釋、保外就醫等變更的執行，監獄、看守所、勞教所活動的合法性，對超期羈押的監督進行指導；負責指導和監督虐待在押人員案件、私自釋放在押人員案件、在押人員失職脫逃案件、減刑、假釋、暫予監外執行案件以及其他立案前自偵案件的偵查工作；承辦區人民檢察院監所檢察部門工作中疑難問題的請示；學習貫徹上級人民檢察院關於檢察監督工作規章制度的意見。
7.民事行政檢察辦公室
負責指導全市民事審判和行政訴訟檢察工作；對本市基層人民法院已經發生法律效力，確有錯誤的民事和行政判決、裁定，按照審判監督程序向廈門市中級人民法院提出抗訴；對廈門市中級人民法院、廈門海事法院已經發生法律效力，確有錯誤的民事、行政判決、裁定，向福建省人民檢察院提出抗訴；在廈門市中級人民法院審理、廈門市人民檢察院抗訴的民事、行政案件中出庭履行職務；對人民法院作出正確判決、裁定的民事、行政申訴案件，做好判決送達和申訴信息工作；對市、區人民法院民事、行政法官枉法裁判案件進行立案前調查；研究分析全市民事審判和行政訴訟檢察工作中的重大、難點問題，提出工作對策；承辦全市各區人民檢察院民事、行政檢察部門工作中疑難問題的請示；關於學習貫徹上級人民檢察院民事行政檢察工作規章制度的意見。
8.申訴檢察室(掛有“廈門市人民檢察院舉報中心”和“廈門市人民檢察院刑事賠償辦公室”的牌子)
負責指導全市檢察機關的申訴、舉報、刑事申訴、刑事賠償等信訪工作；受理、審查和處理投訴、舉報等來信來訪，接受犯罪嫌疑人投案自首；對檢察機關管轄不清、難以集中的線索進行初查。
受理刑事、民事和行政案件中的投訴；依法審查對檢察機關不批準逮捕、不起訴、撤銷案件等處理決定的申訴；依法審查對人民法院已經發生法律效力的刑事判決、裁定的申訴；受理和承辦檢察機關負有賠償義務的刑事賠償案件；綜合反映全市的投訴、舉報、刑事申訴、刑事賠償工作情況。
9.防止職務犯罪部
負責指導全市檢察機關預防職務犯罪工作；研究分析全市預防職務犯罪的特點和規律，提出貪汙賄賂和瀆職犯罪的預防對策；負責預防職務犯罪的法制宣傳、教育和咨詢；承辦下級人民檢察院關於預防職務犯罪疑難問題的請示；學習貫徹上級人民檢察院關於預防職務犯罪的各項規章制度；承擔廈門市防外國籍領導小組辦公室的日常工作。
10，檢察技術部
負責指導全市檢察機關刑事檢察技術工作、檢驗取證、檢驗鑒定、文書審查和計算機網絡建設；管理全市檢察司法專業，組織重大疑難案件的檢查。編制檢察機關技術工作計劃，實施檢察機關技術建設標準化計劃；配合相關部門培訓技術人員；承擔科研項目和經費審批；負責技術儀器設備的選型、計劃和供應；負責市人民檢察院辦公自動化建設。
11，法律政策研究室
調查研究國家頒布的有關檢察工作的法律、法規和政策的執行情況，向領導和有關業務部門提出意見和建議；負責起草檢察工作的地方性法規；就檢察工作法律適用問題提出立法和司法解釋建議；組織對全市檢察機關貫徹黨的刑事政策和適用法律的情況進行調查研究，提出意見；負責檢察法制建設的調查、研究和規劃；指導檢察機關開展執法檢查；收集和管理圖書資料；編輯檢察工作中適用法律法規的文件和《檢察年鑒》。負責廈門市人民檢察院專家咨詢委員會的日常工作；負責廈門市人民檢察院檢察委員會的日常工作。
12，涉臺案件辦公室
協調辦理涉臺案件，開展涉臺檢察制度和法律問題研究；聯系臺灣省檢察機關開展檢察工作，交流相關法律事務；承辦最高人民檢察院和省人民檢察院交辦的其他涉臺檢察工作。
13，行政設備科
負責指導全市檢察系統的規劃和財務裝備工作；制定發展規則並組織實施；協調和指導市計委和財政部門安排的區檢察機關基本建設計劃和資金；負責指導全市檢察系統物資、技術裝備、交通工具、通信、武器彈藥、服裝的統籌規劃和管理；負責市檢察院業務、基建、外事的預算申請、核算和管理，以及各種設備和物資的統壹購置和發放；負責財務管理、贓款贓物管理、房地產管理、基本建設管理、固定資產管理、環境秩序管理、後勤服務的規劃協調和重大案件的直接查處；負責本轄區的行政管理、綠化、交通安全和綜合管理及安全保衛工作。
14，人事司
配合地方黨委負責本市各區人民檢察院領導班子後備幹部的考核、配備和考察，辦理相關任免手續；協助有關主管部門做好全市檢察系統的編制和檢察機關的招聘工作；負責全市檢察系統檢察官的等級評定、調整和管理工作；指導全市檢察系統進行幹部人事制度和幹部管理改革，根據黨的幹部工作方針、政策和有關規定，制定檢察機關幹部管理的有關規定，並組織實施；負責市檢察機關機構設置、人員編制、考核、幹部任免、調配、檢察官等級評定、年度考核、工資福利和幹部人事檔案的管理；負責全市檢察機關工作證的發放。
15，宣傳部
負責指導全市檢察機關的宣傳工作；負責廈門市人民檢察院的宣傳工作，並組織新聞報道、影視宣傳等相關宣傳工作。
負責指導全市檢察機關建設；負責制定全市檢察系統思想政治工作規劃和實施計劃；開展具有檢察特色的思想政治工作，總結推廣全市檢察機關思想政治工作的先進經驗；會同有關部門做好市級檢察機關的思想政治工作和理論學習教育；負責全市檢察機關開展創先爭優、創優考評表彰工作；配合有關部門搞好基層檢察院建設。
16，幹部教育培訓部
負責制定全市檢察幹部教育培訓細則和年度工作實施計劃；組織實施各崗位的學歷教育和崗位培訓；負責全市檢察機關幹部的教育培訓工作；負責全市檢察系統幹部素質考核；規劃市檢察院教材編寫和師資隊伍建設，指導基層檢察院幹部培訓。
鑒於檢察院工作的特殊性，根據《中共中央關於進壹步加強政法幹部隊伍建設的決定》(鐘發[1999]6號)和《中共中央關於加強和改進思想政治工作的若幹意見》(鐘發[1999]17號)精神，幹部處、宣傳部、幹部教育培訓部歸政治部統壹管理。
17，監察室
廈門市人民檢察院監察室與駐廈門市人民檢察院紀檢組合署辦公，依照黨章和行政監察法履行職責。
18，機關黨委
負責我院黨組織的思想、組織和作風建設，領導我院工、青、婦組織。