漢江、丹江流域水汙染防治實行統壹規劃、分級負責、分段管理，實行排放總量控制制度。
省人民政府應當統籌漢江丹江流域的水資源、水生態和水環境保護，落實不同部門的管理責任。漢江丹江流域實行河長制，各級河長負責組織領導管理區域，落實相關任務。第四條省人民政府對漢江、丹江流域陜西段水環境質量負總責。
漢中、安康、商洛及漢江、丹江流域各縣(區)人民政府對本行政區域內漢江、丹江流域水環境質量負責。第五條省人民政府和漢江、丹江流域設區的市、縣(區)人民政府應當將漢江、丹江流域水汙染防治和城鄉生活汙水處理設施、生活垃圾處理設施建設納入國民經濟和社會發展規劃及年度計劃，並將水汙染綜合防治費用納入財政預算。第六條省生態環境行政主管部門對漢江、丹江流域水汙染防治實施統壹監督管理。
漢江、丹江流域的市、縣(區)生態環境行政主管部門對本行政區域內的水汙染防治實施統壹監督管理。
漢江、丹江流域設區的市、縣(區)交通行政主管部門對船舶和港口汙染實施監督管理。
省內市、縣(區)和漢江、丹江流域的發展改革、自然資源、住房和城鄉建設、衛生、水利、農業農村、應急管理、林業、市場監督管理等行政主管部門應當按照各自職責做好水汙染防治工作。第七條任何單位和個人都有保護漢江、丹江流域水環境的義務，並有權對汙染和破壞漢江、丹江流域水環境的行為進行檢舉和控告。受理機關和部門應當按照有關規定辦理。
各級人民政府和有關部門應當對在漢江、丹江流域水汙染防治工作中做出顯著成績的單位或者個人給予表彰和獎勵。第八條省自然資源行政主管部門會同其他有關部門依照法律和國家有關規定，組織編制漢江丹江流域國土空間規劃。漢江丹江流域設區的市、縣(區)自然資源行政主管部門應當會同同級人民政府其他有關部門，根據漢江丹江流域國土空間規劃，對所轄丹江流域的國土空間實行分區和分類用途管制。不符合許可條件的，縣級以上自然資源行政主管部門不得辦理土地和空間使用許可證。
嚴格控制生態用地空間向城市用地空間和農業用地空間轉化。生態用地空間、城市用地空間和農用地空間的相互轉化利用，應當在資源環境承載能力和用地空間開發適宜性評價的基礎上，經有批準權的人民政府批準後實施。第二章汙染防治第九條省生態環境行政主管部門負責編制漢江、丹江流域水汙染防治總體規劃，報省人民政府批準。漢江、丹江流域設區的市、縣(區)人民政府應當根據漢江、丹江流域水汙染防治總體規劃，制定本行政區域的水汙染防治規劃和方案，報上壹級人民政府批準後實施。
漢江、丹江流域水汙染防治總體規劃應當包括以下內容:
(1)流域水體的環境功能要求；
(二)分階段、分區域、分斷面實現的水質目標和達標時限；
(三)水汙染防治重點控制區域和重點汙染源的工業汙染和面源汙染的具體防治措施；
(四)流域內城鎮生活汙水和生活垃圾處理設施建設規劃。第十條漢江、丹江流域設區的市、縣(區)人民政府應當結合本行政區域水汙染防治規劃和漢江、丹江流域水環境功能區劃，合理規劃產業發展和城鄉建設布局，調整產業結構，推進清潔生產。
在漢江、丹江流域新建、改建、擴建的工業項目和工程項目，應當依法進行環境影響評價，符合環境影響評價的要求，並按規定程序批準後，方可開工建設。第十壹條建設項目中的水汙染綜合治理、集群治理設施，必須與建設項目同時建設；單項建設工程必須與建設工程同時設計、同時施工、同時投入使用。
水汙染物處理設施應當保持正常運行，不得擅自拆除、關閉或者閑置。