(1)本單位業務需要，沒有對外費用結算的非經營性業務。
(2)單位主營業務需要對外進行費用結算的非社會經營業務。
(三)面向社會的社會商業服務。第五條專用碼頭單位從事經營活動(包括對外貿易船舶開放)，應當向市交通行政管理部門提出申請，經批準後發給港口經營許可證。
專用碼頭單位擴大使用能力或改變用途，必須按照上述規定辦理變更登記手續。
營業執照有效期為1年。第六條專用碼頭單位擁有的港口設施產權或者經營權發生變更時，應當向碼頭管理中心辦理登記手續。
需要使用本單位港口設施與其他單位聯合經營或者與外商聯合經營的，應當按規定報有關部門批準，並將合同報碼頭管理中心備案。第七條專用碼頭單位從事裝卸、儲存等業務，必須遵守國家和本市的法律、法規和規章，以及市交通行政管理部門制定的裝卸、儲存和安全操作的操作規程。第八條從事對外貿易運輸和本單位主營業務需要結算的裝卸、倉儲等非社會經營性業務的專用碼頭單位，必須按照國家規定的費率標準收費。從事社會國內運輸業務的費率可參照交通部和地方收費標準在壹定範圍內浮動，但執行的費率需報市交通行政主管部門審批，並報市物價局備案。第九條停靠專用碼頭的外貿船舶應當按照有關規定申報。專用碼頭單位應將停靠專用碼頭的外貿船舶貨物動態報碼頭管理中心備案。第十條從事社會經營的專用碼頭單位應當優先安排市政府下達的疏港任務。第十壹條專用碼頭單位必須按照國家和本市的有關規定收取貨物港口費、港口建設費等運輸費用。第十二條專用碼頭單位應當定期向碼頭管理中心報送《企業(單位)專用碼頭基本信息表》、《企業(單位)專用碼頭船舶、貨物進出清單》等統計報表。第十三條專用碼頭單位從事裝卸、倉儲等業務，對外費用結算，必須使用市稅務局印制的上海港專用碼頭統壹發票。
除短途駁運和渡運零星貨物外，雙方可即時結算，專用碼頭單位在辦理貨物承運和托運手續時，應使用國家統壹規定的水路貨物運單。沒有貨物運單，不允許裝卸貨物。第十四條從事社會運輸業務的專業碼頭單位完成企業合同上交利潤任務後，按規定納稅後的凈收入，轉入技術改造專項基金；未承包經營、從事社會運輸業務的專用碼頭單位的凈收入，免征調節稅。稅後利潤的壹部分由專用碼頭單位按規定分配，主要用於改善碼頭的裝卸和倉儲條件。第十五條專用碼頭單位參加社會營業的所有職工，完成主管部門核定的定額後，人均按日發給津貼。這項津貼計入成本，不計入工資基金。各單位因從事社會業務經營而提取的津貼，應按規定報碼頭管理中心審批，並報財稅部門備案。
個人津貼標準由市人力資源和社會保障局會同市交通行政管理部門另行制定。第十六條專用碼頭單位可從社會業務外匯收入中提取50%，主要用於碼頭設施的建設和改造。
從事社會業務的專用碼頭單位收取的貨物港口費的80%留作碼頭建設和改造；20%將交付給碼頭管理中心，用於疏浚主航道。第十七條專業碼頭單位與發貨人之間因裝卸、倉儲等業務發生的爭議，由碼頭管理中心會同有關部門處理。第十八條碼頭管理中心應當對專用碼頭單位的裝卸和倉儲業務進行指導、檢查和監督，並為專用碼頭單位提供貨運管理、業務費率、裝卸技術、人員培訓等咨詢服務。