貨物可以在保稅區與境外之間自由進出，除國家禁止進出口和有特殊規定的貨物外，免征關稅和進口環節稅，免辦檢驗許可和海關常規監管手續。第三條保稅區主要發展進出口貿易、轉口貿易、加工貿易、貨物倉儲、貨物運輸、貨物展示、貨物交易和金融。第四條保稅區由上海市人民政府(以下簡稱市人民政府)領導，海關監管海關業務。第五條保稅區內的企業、機構和個人及其相關的經濟活動必須遵守本條例。第六條保稅區投資者的合法權益受法律保護。第二章管理和服務機構第七條上海外高橋保稅區管理委員會(以下簡稱管委會)是市人民政府的派出機構，統壹管理保稅區的行政事務，實行獨立核算的財務收支管理。
管委會主任由市人民政府任命。第八條管委會行使下列職責:
(壹)負責法律、法規和本條例在保稅區的實施，制定和發布保稅區的具體管理規定；
(二)制定保稅區的發展規劃和產業政策，經市人民政府批準後組織實施；
(三)負責管理保稅區的計劃、規劃、國有資產、投資、對外經濟貿易、財政、地方稅務、統計、工商行政管理、公安、勞動人事、外事、交通、基礎設施、土地房產、環境保護、環境衛生和公用事業；
(四)協調保稅區內海關、國稅、金融、商檢等部門的工作；
(五)市人民政府授予的其他職權。
前款第(三)項管理工作涉及許可證發放的，市有關主管部門應當委托管委會有關管理部門辦理。第九條保稅區海關對保稅區實行特殊監管方式:對進出保稅區的貨物、物品和在保稅區流通的貨物進行備案和審核；對保稅區與國內非保稅區(以下簡稱非保稅區)之間進出的貨物、運輸工具、物品實施日常監督管理。第十條外高橋港區和保稅區實行壹體化管理，由口岸管理機構負責口岸管理。第十壹條受管委會委托的保稅區開發公司承擔保稅區的市政建設和管理，為保稅區內的企事業單位提供服務。第十二條保稅區可以依法設立報關、檢驗、勞務、公證、律師等機構，為保稅區內的企業、事業單位提供服務。第三章企業設立第十三條投資者可以依照法律、法規和本條例申請在保稅區設立企業。
禁止在保稅區設立汙染環境、危害國家安全和損害公眾利益的項目。第十四條投資者在保稅區設立外商投資企業，應向管委會提出申請。管委會應當自收到完整、合法的申請文件(以下簡稱申請文件)之日起20日內，會同有關部門作出是否批準的決定，並在作出批準決定之日起三日內，由管委會工商行政管理部門發給營業執照。
投資者在保稅區設立其他企業，應向管委會工商行政管理部門提出申請。管委會工商行政管理部門應當會同有關部門在收到申請文件之日起十五日內作出是否核準登記的決定。核準登記的，發給營業執照。
超出審批範圍的申請，由管委會工商行政管理部門報管委會審批。管委會應當自收到申請文件之日起十日內，將超出審批權限的申請轉送市主管部門審批。
企業應在領取營業執照後30天內辦理海關、稅務、外匯管理、商檢等登記手續。
投資者應當按期出資，並辦理驗資手續。第十五條保稅區企業應當按照批準的經營範圍依法經營。
企業應健全統計、財務、會計制度，建立貨物專帳，並依法定期向管委會、海關等有關部門報送有關報表。
企業在建設和生產經營中應遵守環境保護的規定，並依法向管委會辦理相關手續。第四章經營規則第十六條除國家另有規定外，保稅區企業可自由從事保稅區與境外的貿易，不受配額和許可證的限制。
保稅區內的企業可以自由從事保稅區內的貿易。
保稅區企業可以按照國家有關規定從事保稅區與非保稅區之間、保稅區與中國其他保稅區之間的貿易。
經國家外經貿主管部門批準，保稅區企業可以代理非保稅企業的進出口業務。