國有資產占控股地位的股份制企業和集體所有制企業參照本辦法執行，但國家法律、行政法規另有規定的，從其規定。第二章充分落實企業經營自主權第三條企業投資生產性技術改造和基本建設項目，開發新產品、新技術，能夠自行解決建設和生產條件，且不違反特區產業政策和城市建設規劃的，應當自主決策，並報政府有關職能部門或辦公室(以下簡稱行業主管部門)備案。第四條企業在不違反特區城市建設規劃的前提下，報規劃國土部門備案後，可利用閑置的歷史用地自建非經營性職工宿舍，改建或擴建現有廠房。
規劃國土部門認為前款項目違反城市建設規劃的，可以責令其自收到備案文件之日起18個工作日內改正。第五條企業根據經營和生產發展需要，可以自主決定在內地自籌資金投資的項目，無需政府審批。政府行業主管部門應本著方便企業的原則，依法為企業辦理相關手續。第六條企業的設立和經營，屬於下列項目之壹的，應當按照市政府的有關規定，報政府行業主管部門審批。企業憑批準文件向市工商行政管理局辦理企業法人登記，並依法向市國有資產管理部門辦理產權登記；
(壹)特區產業政策限制發展的項目；
(二)對環境有影響的建設項目；
(三)涉及社會穩定和人民安全的特殊行業和項目；
(四)根據國家有關規定和特區經濟社會發展的需要，應當控制的產業和項目；
(五)關系國計民生的項目，以及法律、法規和特區規章規定的專營、壟斷項目；
(六)國有資產占控股地位的股份有限公司；
(七)到國外投資或興辦企業。
本辦法實施後，本條第壹款第(壹)、(三)、(四)、(五)項目錄由市發展計劃局商有關行業主管部門每半年編制壹次，第(二)項目錄由市發展計劃局商市環保局每半年編制壹次並公布。第七條除第六條規定的項目外，單個投資者開辦的企業，投資者憑產權單位的批準文件和各方簽訂的合資協議，直接到工商行政管理部門辦理法人登記，到國有資產管理部門辦理產權登記，無需報政府審批。
前款所稱產權單位，是指具有行政管轄權的國有資產管理部門或者受國有資產管理部門委托管理國有資產的投資機構或者企業(下同)。第八條政府有關主管部門應當公布申請設立企業的條件和程序，並自收到書面申請之日起30日內作出批準或者不批準的決定。作出不予批準的決定時，應當說明理由。企業申請人對政府有關部門的決定不服的，可以向深圳市人民政府行政復議辦公室(以下簡稱復議機關)申請復議，也可以直接向人民法院提起訴訟。第九條企業新投資項目，涉及土地資源配置的，應按下列程序辦理:
(壹)按照本辦法的規定，向政府有關部門申請項目前期工作；
(二)按照法律、法規和市政府的規定向市土地管理部門申請取得項目土地使用權；
(三)向工商行政管理部門申請開業登記。
市土地管理部門應當通過招標、拍賣等方式將土地使用權有償轉讓給企業。第十條對部分有預期利潤的項目，政府將定期或不定期進行公開招標或公開拍賣，企業有權平等參與招投標，依法取得項目經營權。
前款所稱招標或公開拍賣，由政府行業主管部門提出，經市政府批準，並以市政府或政府行業主管部門的名義提前公告。第十壹條企業可以根據國家產業政策自主確定和調整生產經營範圍，允許企業跨行業、跨地區經營。企業的經營範圍以工商行政管理部門核準的為準，不得列出具體的產品項目。第十二條下列事項，企業可以按照國家《企業法人登記管理條例》的規定，直接向工商行政管理機關申請變更登記:
(壹)企業名稱、住所和經營場所變更；
(二)法定代表人的變更；
(三)變更經營範圍，但第六條第壹款第(壹)、(二)、(三)、(四)、(五)項規定的範圍除外；
(四)增加註冊資本(資本金)；
(五)經合同雙方同意，延長或終止承包經營、租賃經營、聯營等合同期限；
(六)停業。
(七)設立不具有法人資格的分支機構。