深圳海事部門(以下簡稱海事部門)負責深圳海域交通安全的監督管理。
公安、交通運輸、應急管理、海洋綜合執法、海警等部門應當按照有關法律法規的規定和職責分工，負責相關的海上交通安全管理工作。第四條市人民政府根據有關法律法規設立的海上搜救機構(以下簡稱海上搜救機構)負責組織、協調和指揮海上交通事故和險情的應急救援。
海上救助機構由海事、公安、交通、衛生健康、應急管理、海洋綜合執法、海警等相關單位組成，日常工作由海事部門具體負責。第二章船舶、設施和人員第五條船舶、設施應當取得船舶檢驗機構簽發的檢驗證書，並依法登記。
船舶、設施應當保持持續符合檢驗技術規範的狀態，並保證適合安全航行、停泊和作業。第六條船舶、設施應當按照國家規定的人員配備要求，配備合格的船員和工作人員。
在船舶、設施上任職的船員和其他雇員，應當取得法定的適任證書、專業培訓或者專門培訓。
從事危險物品作業和其他特種作業的人員，應當取得法定特種作業資格證書或者其他相應的資格證書。第七條。轉崗和新上崗的船員應接受熟悉培訓。第八條從事海上載客旅遊、觀光、娛樂等活動的休閑船舶(以下簡稱休閑船舶)，應當取得船檢機構簽發的船舶檢驗證書，並按照規定配備相應的通信、救生、消防設備和合格的船員。第三章航行、停泊和作業第九條船舶應當按照規定懸掛國旗，標明船名、船籍港和載重線。
應報廢的船舶、設施和無船名、船籍港、載重線的船舶不得航行或作業。第十條船舶應當在批準的航區內航行，並遵守海事部門頒布的航行規則。第十壹條海事部門應當根據海上交通安全管理的需要，劃定並公布深圳海域船舶申報區域，制定船舶申報管理規定。進出船舶報告區的船舶應當按照管理規定進行報告。
在船舶報告區航行的船舶可以請求海事部門提供助航設備和船舶安全信息服務，海事部門應當向其提供相關信息。第十二條船舶航行時，應當遵守海事部門關於限速的規定。
1600總噸及以上船舶不得在北部航道、蛇口航道、赤灣航道、警戒區和西部港區其他區域超車或並駕。第十三條船舶在航道或者掉頭區掉頭時，應當在確保航行安全的條件下掉頭，並顯示掉頭信號。
船舶航行、掉頭、靠離碼頭、解綁浮標、穿越或進入航道時，應主動使用聲音信號、甚高頻無線電話等有效手段表明意圖，並與有避讓關系的船舶保持聯系。第十四條船舶在航行或者停泊時，除救生等緊急情況外，其輔助排筏、吊桿、舷梯等。不得伸出船外。
船舶應保持足夠豐富的水深。第十五條除海難救助外，從事拖航作業的船舶和被拖船舶、設施，應當取得船舶檢驗機構簽發的拖航證書、適航證或者其他有效證件。
拖輪要有控制被拖物的能力，逆流航行時對地速度至少能達到兩節。
除靠泊作業外，拖輪在港區航行時只能拖壹個被拖物，拖纜不得超過海事部門規定的長度。第十六條裝運貨物和集裝箱的船舶，應當符合積載、系固、穩性和載重線的要求，不得超載航行。
禁止客船超定額載客，禁止船舶未經批準載客。第十七條休閑船舶應當遵守下列航行規定:
(a)在指定區域內的活動；
(2)避開航道、錨地和交通密集區；
(三)在核定的定額內載客，並在顯著位置標明載客定額；
(4)開敞式船舶上的乘客應當穿著救生衣。第十八條有下列情形之壹的，休閑船舶不準航行:
(壹)晚上八時至翌日下午六時；
(二)能見度小於三公裏；
(3)海上風力達到6級以上；
(四)其他嚴重影響船舶航行安全的惡劣天氣或者海況。