2.生態補償的理論基礎主要包括自然資本理論、外部性理論和公共物品理論。自然資本理論主張在傳統的人工資本、金融資本和人力資本之外還有自然資本，它由自然資源、生命系統和生態組成。世界銀行將土地、水、森林、石油、煤炭、金屬和其他礦物定義為自然資本。
3.外部性理論包括正外部性理論和負外部性理論。如果說環境汙染是負外部性，那麽生態補償就是典型的正外部性。所謂正外部性，是指壹個經濟實體的生產或消費活動對其他經濟實體產生了正效益，但卻沒有得到後者的補償。公共物品是與私人物品相對應的壹類物品，具有非競爭性和非排他性兩個基本特征:自然資源、環境及其提供的生態系統服務具有公共物品的屬性，因此必然導致過度使用和“搭便車”，相關利益主體之間的利益失衡必須通過生態補償制度來平衡。
生態保護補償制度的補償主體
1.國家公權主體政府是生態補償中最重要、最常見的主體，主要從提供生態公共產品和服務的角度實施補償。實踐中，中央財政主要負責全國性和全局性生態補償，包括重要生態功能區的國家保護補償（如三江源自然保護區）、大型生態環境工程的國家補償（如退耕還林）和大型生態修復工程的補償（如淮河水汙染防治）；地方政府主要負責轄區內相關生態功能區的保護和生態修復補償。
2.社會組織壹般認為非營利社會組織也可以作為生態補償的補償主體，其補償資金壹般來自自籌或捐贈。在國外實踐中，民間環保組織通常通過購買綠色電力或其他帶有綠色標簽的能源和產品對那些環境友好型企業或行業給予生態補償。
法律依據
關於深化生態保護補償制度改革的意見
二是聚焦重要生態環境因素，完善分類補償制度
完善生態環境要素分類補償制度，綜合考慮生態保護區經濟社會發展、生態保護成效等因素確定補償水平，適度補償不同要素的生態保護成本。
（1）建立健全分類補償制度。加強水生生物資源養護，確保長江流域重點水域十年禁漁落實到位。對江河源頭、重要水源地、水土流失防治重點區域、蓄滯洪區、受損河湖等重點區域實施水流生態保護補償。完善公益林補償標準動態調整機制，鼓勵地方結合實際探索公益林差異化補償。完善天然林保護制度，加強天然林資源保護管理。完善濕地生態保護補償機制，逐步實現國家重要濕地（含國際重要濕地）生態保護補償全覆蓋。完善以綠色生態為導向的農業生態治理補貼制度。完善耕地保護補償機制，因地制宜推廣保護性耕作，健全耕地輪作休耕制度。落實草原生態保護獎勵政策。該研究將退化和荒漠化草原納入禁牧範圍。對暫時不具備治理條件、因生態保護不宜開發利用的連片沙化土地進行封禁保護，完善沙化土地生態保護補償制度。研究建立近海生態保護補償制度。
（二）逐步探索整體保護模式。生態保護區地方政府應在確保生態環境要素權利人分類補償政策落實的前提下，結合生態空間中共存的多種生態環境要素的系統規劃，依法穩步推進不同渠道生態保護補償資金的統籌使用，以靈活有效的方式推進生態保護補償工作，提高生態保護的整體效能。相關部門應加強溝通協調，避免重復賠償。