修改日期:第壹條為了規範水功能區管理，加強水資源管理和保護，保障水資源可持續利用，根據《中華人民共和國水法》和其他有關法律法規，制定本辦法。
第二條本辦法適用於全國範圍內的河流、湖泊、水庫、運河、渠道等地表水體。
本辦法所稱水功能區，是指根據水資源的自然條件、功能要求、開發利用狀況，按照流域綜合規劃、水資源保護規劃和經濟社會發展的要求，為滿足水資源合理開發和有效保護的需要，在相應水域按照主導功能劃定並實施相應質量標準的特定區域。
本辦法所稱水功能區劃是指水功能區劃分的成果，其內容應當包括水功能區的名稱、範圍、現狀水質、功能和保護目標。
第三條水功能分為水功能壹級區和水功能二級區。
水功能等級分為保護區、緩沖區、開發利用區和保留區四類。
二級水功能區分為飲用水源區、工業用水區、農業用水區、漁業用水區、景觀娛樂用水區、過渡區、汙水控制區七類。
第四條國務院水行政主管部門負責組織全國水功能區的劃分，制定水功能區劃分的技術導則。
長江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼、太湖七大流域管理機構(以下簡稱流域管理機構)會同有關省、自治區、直轄市水行政主管部門，負責國家確定的重要江河湖泊和其他跨省江河湖泊壹級水功能區的劃分， 自治區、直轄市，並根據有關主管部門對直管河段的二級水功能區進行劃分。
前款規定以外的水功能二級區和江河、湖泊等其他地表水體的水功能區，由縣級以上地方人民政府水行政主管部門組織劃分。
第五條長江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼、太湖等七大流域和其他跨省、自治區、直轄市的江河、湖泊的水功能區劃，經國務院水行政主管部門審核後，編制成全國水功能區劃。 並在征求國務院有關部門和有關省、自治區、直轄市人民政府的意見後，報國務院批準。
縣級以上地方人民政府水行政主管部門應當在上壹級水功能區劃的基礎上，組織編制本地區的水功能區劃，在征求同級人民政府有關部門意見後，報同級人民政府批準，並報上壹級水行政主管部門備案。
第六條經批準的水功能區劃是開發、利用和保護水資源的依據。
水功能區劃經批準後不得擅自改變。當社會經濟條件和水資源開發利用條件發生重大變化，需要調整水功能區劃時，縣級以上人民政府水行政主管部門應當組織科學論證，提出水功能區劃調整方案，報原批準機關審批。
第七條國務院水行政主管部門對全國水功能區實施統壹監督管理。
縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構按照各自的管轄和管理權限，對水功能區實施監督管理。具體範圍和權限的劃分由國務院水行政主管部門另行規定。
法律法規已明確規定的取水許可管理、河道管理範圍內的建設項目管理、排汙口管理等行政審批事項，應當由縣級以上地方人民政府水行政主管部門、流域管理機構按照水功能區要求分別管理。
第八條經批準的水功能區劃應當向社會公布。縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應當在其管轄的水功能區邊界設立明顯標誌。標誌樣式由國務院水行政主管部門統壹制定，並負責監督。
第九條水功能區管理應當落實水功能區劃確定的保護目標。
保護區內禁止不利於功能保護的活動，同時應當遵守現行法律法規的規定。
作為未來開發利用的保留水域，原則上應保持現狀。
對緩沖區內水資源質量和數量有重大影響的活動，必須按照有關規定經水行政主管部門或者流域管理機構批準。
開發利用活動不得影響開發利用區和相鄰水功能區的使用功能。具體水質目標按照水功能二級區劃進行分類，分別執行相應的水質標準。
第十條國務院水行政主管部門定期對水功能區的水資源開發利用和水資源保護情況進行檢查和評估，並公布結果。
第十壹條縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者流域管理機構應當根據水功能區對水質的要求和水體的自然凈化能力，審查水體的納汙能力，向環境保護行政主管部門提出限制水體汙染物排放總量的意見，並抄送同級人民政府和上級水行政主管部門。
經批準的納汙能力和汙染物排放總量意見，是縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構監督管理水資源保護和配合環境保護行政主管部門監督管理水汙染防治的基本依據。
第十二條縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應當組織對水功能區的水量和水質進行統壹監測，建立水功能區管理信息系統，定期公布水功能區質量狀況。發現重點汙染物排放總量超過控制指標，或者水功能區水質不符合要求的，應當及時報告有關人民政府采取控制措施，並通報環境保護行政主管部門。
第十三條新建、改建、擴建建設項目在河道管理範圍內進行取水、建設等活動，可能對水功能區產生影響的，建設單位應當在向水行政主管部門或者流域管理機構提交的水資源論證報告或者申請文件中，分析建設項目在建設和運行期間對水功能區水質、水量的影響。
第十四條縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者流域管理機構應當對水功能區內已經設置的排汙口進行調查。設置入河排汙口的單位，應當向水行政主管部門或者流域管理機構登記。水行政主管部門或者流域管理機構應當根據水功能區保護目標和水資源保護規劃的要求，編制入河排汙口整治計劃並組織實施。
新建、改建或者擴建入河排汙口，排汙口設置單位應當征得水行政主管部門或者流域管理機構的同意。
第十五條縣級以上地方人民政府水行政主管部門和流域管理機構應當按照有關規定，對在河道管理範圍內取水、建設以及新建、改建、擴建入河排汙口的單位進行現場檢查。被檢查單位應當如實反映情況，提供必要的資料。檢查機關有責任為被檢查單位保守技術秘密和業務秘密。
第十六條縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者流域管理機構的工作人員在水功能區管理工作中玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊的，由其所在單位或者上級機關給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第十七條各省、自治區、直轄市水行政主管部門和流域管理機構，可根據本辦法的規定，結合本地區或流域的實際情況，制定具體實施細則。
第十八條本辦法由國務院城市供水行政主管部門負責解釋。
第十九條本辦法自2003年7月起施行。