全國碳排放權交易市場覆蓋的溫室氣體種類和行業範圍由生態環境部制定，按程序報批後實施，並向社會公布。第五條生態環境部按照國家有關規定，組織設立全國碳排放權登記機構和全國碳排放權交易機構，組織建設全國碳排放權登記系統和全國碳排放權交易系統。
國家碳排放權登記機關通過國家碳排放權登記系統記錄碳排放配額的持有、變更、結算和註銷情況，並提供結算服務。國家碳排放權登記系統記錄的信息是判斷碳排放配額歸屬的最終依據。
全國碳排放權交易機構負責組織全國碳排放權集中統壹交易。
全國碳排放權登記機構和全國碳排放權交易機構應當定期向生態環境部報告全國碳排放權登記、交易、結算等活動情況以及其他應當報告的重大事項，確保全國碳排放權登記系統和全國碳排放權交易系統安全、穩定、可靠運行。第六條生態環境部負責制定全國碳排放權交易及相關活動的技術規範，加強對地方碳排放配額分配和溫室氣體排放申報核實的監督管理，會同國務院其他有關部門對全國碳排放權交易及相關活動進行監督、管理和指導。
省級生態環境主管部門負責組織開展碳排放配額分配結算、溫室氣體排放報告核查等相關活動。並實施監督管理。
設區的市生態環境主管部門負責配合省生態環境主管部門實施相關具體工作，並依據本辦法的有關規定實施監督管理。第七條全國碳排放權登記機構和全國碳排放權交易機構及其工作人員應當遵守全國碳排放權交易及相關活動的技術規範，遵守國家其他有關主管部門對交易監管的規定。第二章溫室氣體重點排放單位第八條符合下列條件的溫室氣體排放單位，應當列入溫室氣體重點排放單位名單(以下簡稱重點排放單位):
(壹)屬於全國碳排放權交易市場覆蓋的行業；
(二)年溫室氣體排放量達到2.6萬噸二氧化碳當量。第九條省級生態環境主管部門按照生態環境部的有關規定，確定本行政區域重點排汙單位名單，報生態環境部並向社會公布。第十條重點排放單位應當控制溫室氣體排放，報告碳排放數據，繳納碳排放配額，披露交易及相關活動信息，接受生態環境主管部門的監督管理。第十壹條有下列情形之壹的，確定名單的省級生態環境主管部門應當將相關溫室氣體排放單位從重點排放單位名單中剔除:
(壹)溫室氣體排放量連續兩年未達到2.6萬噸二氧化碳當量；
(二)因停業、關閉或者其他原因不再從事生產經營活動，因而不再排放溫室氣體的。第十二條溫室氣體排放單位申請列入重點排放單位名單的，省級生態環境主管部門應當對確定的名單進行核實；經核實，符合本辦法第八條規定條件的，列入重點排放單位名單。第十三條納入全國碳排放權交易市場的重點排放單位不再參與地方碳排放權交易試點市場。第三章分配和登記第十四條生態環境部根據國家溫室氣體排放控制要求，綜合考慮經濟增長、產業結構調整、能源結構優化、大氣汙染物排放協調控制等因素，制定碳排放配額總量確定和分配方案。
省級生態環境主管部門根據生態環境部制定的碳排放配額總量確定和分配方案，將規定年度的碳排放配額分配給本行政區域內的重點排放單位。第十五條碳排放配額分配以免費分配為主，可根據國家有關要求適時引入有償分配。第十六條確定碳排放配額後，省級生態環境主管部門應當書面通知重點排放單位。
重點排放單位對分配的碳排放配額有異議的，可以自收到通知之日起七個工作日內向省級生態環境主管部門申請復核；省級生態環境主管部門應當自收到復核申請之日起十個工作日內作出復核決定。