壹、對無證生產經營的處罰
無證生產經營保健食品的，應當依據現行《食品安全法》第八十四條的規定進行處罰。除沒收其違法所得、非法生產經營的保健食品、用於非法生產經營的工具、設備和原料外，並處以罰款。違法生產經營的保健食品貨值金額不足1000元的，處以2000元以上5萬元以下罰款；貨值金額10000元以上的，處以貨值金額5倍以上10倍以下的罰款。
所謂無證生產經營保健食品的認定要註意以下幾點:
1，無證生產行為，不僅包括未取得國家《保健食品批準證書》生產保健食品的行為，還包括未取得省級食品藥品監管部門保健食品生產行政許可生產保健食品的行為。
2、在查處無證生產違法行為時，必須註意衛生部門與藥品監管部門的關系。《保健食品批準證書》目前存在兩種格式，衛生部和國家醫藥產品管理局，都是有效批文，相互之間沒有重疊和重復。這兩個部門的有效批準號可以在它們的基本數據庫中找到。如果在數據庫裏找不到，基本可以認定是假貨。
3、無照經營行為主要指未取得縣級以上保健食品經營許可證經營保健食品的行為。鑒於工商部門對保健食品流通許可作出了相關規定，即按照《食品安全法》的原則和精神，由縣級以上藥品監管部門先行進行許可前置。因此，對未經藥監部門許可經營保健食品的行為，應依法查處。但需要註意的是，原衛生部門應當認可有效期內經營保健食品的衛生許可證。
二、關於對假冒品種的處罰
假冒品種問題包括幾種情況:
壹種是假冒其他企業的合法保健食品品種，即盜用被許可企業的合法保健食品批準文號。此類違法行為包括盜用國家批準的合法進口保健食品的進口註冊號；
二是編造保健食品批準文號，在國家監管部門的數據庫中查不到。此類違法行為包括編造保健食品進口註冊號；
三是盜用合法保健食品生產企業的名義；
四是編造保健食品生產企業名稱。對上述四種行為的處罰，應根據案件的不同方面。
如果在生產過程中發現各種假冒行為，可以按照《食品安全法》第八十四條無證生產行為進行處罰。如果在流通環節發現假冒保健食品，有兩種處理方式:
1.國家局的文件通知已經明確，生產經營中使用假冒保健食品批準文號的行為，可以按照《特別規定》第三條處罰。銷售不符合法定要求的產品的，沒收違法所得和產品。產品貨值金額不足5000元的，處以5萬元罰款。貨值金額5000元以上不滿654.38+0000元的，處以654.38+0000元罰款；貨值金額10000元以上的，處以10倍以上20倍以下的罰款；造成嚴重後果的，由原發證部門吊銷許可證；構成非法經營罪或者生產、銷售偽劣商品罪的，依法追究刑事責任。
2.依據《食品安全法》第八十六條進行處罰。基本的違法事實是標簽、說明書不符合《食品安全法》的規定。《食品安全法》第51條第二款規定，聲稱具有特定保健功能的食品標簽、說明書的內容必須真實，批準文號或者生產企業名稱的虛假是最大的虛假。根據《食品安全法》第八十六條，沒收違法所得、非法經營的保健食品、用於非法經營保健食品的工具、設備及其他物品，並處罰款。非法經營的保健食品貨值金額不足1000元的，處以2000元以上5萬元以下罰款；貨值金額10000元以上的，處以貨值金額2倍以上5倍以下的罰款。情節嚴重的，責令停業整頓，直至吊銷相關許可證。
關於假冒品種處罰的法律法規適用問題，基本原則是，能夠適用法律的，不應采用法律法規或更低級別的處罰依據；凡是能適用《食品安全法》的，不要考慮其他法律規定。適用特別規定處罰數額在5萬以上的。如何保證案件順利審結，是執法人員面臨的最大問題。
三、關於標簽、說明書不符合法律規定的處罰。
保健食品的標簽和說明書不符合要求的情況很多。當前，在執法過程中，要重點加大對以下違法行為的處罰力度:
壹是標簽和說明書的內容直接或間接涉及對疾病預防和治療功能的表述；
二是標簽、說明書標明的主要原料、功能成分、含量與國家批準的不符；
三是標註的保健功能與國家批準的不符；
四是適合人群和不適合人群的標簽與規定不符；五是其他相關項目明顯違法。對標簽、說明書不符合法律規定的處罰，主要依據是《食品安全法》第86條。
四、關於保健食品中添加藥物的處罰。
目前需要關註的，非法添加行為比較突出的幾類保健食品有:調節血糖、改善睡眠、減肥、抗疲勞、輔助降血壓、輔助降血脂等。查處保健食品中添加藥物的違法行為，應當根據不同情況分別處理。
1.對於生產經營企業在保健食品中添加藥品的情況，認為《食品安全法》第五十條明確規定“生產經營的食品不得添加藥品”，依據《食品安全法》第八十六條第(四)項進行處罰。
2.經營企業銷售的保健食品經檢測含有藥物成分。目前市面上有很多聲稱可以治療疾病，改善性功能的保健食品，其中很多為了達到誇大其廣告的效果，增加銷量，都會添加藥物。
《食品安全法》對經營企業銷售的保健食品經檢驗含有藥物成分的情況沒有明確規定。壹種觀點認為，如果沒有法律依據，就不追究。另壹種觀點認為，保健食品非法添加藥物影響惡劣，必須嚴厲查處，可以依據《食品安全法》和《國務院關於加強食品等產品安全監督管理的特別規定》進行查處。
五、普通食品作為保健食品的處罰
把普通食品冒充保健食品的情況比較復雜，有點類似於把非藥品冒充藥品。對於這種違法行為的處罰，必須根據不同的違法情節，適用相關的法律規定。在查處過程中，需要註意的是，這類違法行為壹般都具有壹些基本特征，如包裝、標簽、說明書的內容往往是違法的，往往存在直接或間接顯示保健功能和防治疾病的內容，標註的原輔材料往往含有藥物成分，也存在虛假宣傳和欺騙促銷的情況。這種懲罰壹般可分為以下兩種情況:
1.普通食品的標簽、說明書等內容涉及保健功能和防治疾病的，可以依據《食品安全法》第八十七條的有關規定進行處罰。
2.在普通食品中非法添加藥物的，依照《食品安全法》第八十六條的有關規定處罰。壹些不法分子雖然在普通食品的標簽、說明書中沒有虛假內容，但卻通過虛假宣傳、欺騙性促銷等手段大肆銷售其產品。執法部門要高度懷疑其產品中非法添加了藥物成分，可以取樣檢測，然後根據檢測結果進行處理。