與其他法律法規壹樣，衛生行政法也有許多必須遵循的原則，但根據層次的不同，大致可以分為以下幾類:
1.政治和憲法原則。四項基本原則是我國衛生行政法的最高原則，規定了衛生行政法的發展方向、道路和根本性質。
2.國際法原則。在中國加入世貿組織之前，國際法只是我們應該遵循的國家行為準則，對中國的立法和執法沒有太大影響。中國加入世貿組織後，國際法原則特別是世貿組織規則原則已成為中國衛生行政立法和執法的壹項基本原則。
3.衛生行政法的基本原則。衛生行政法基本原則處於政治原則、憲法原則和國際法原則之下，是衛生法律體系的基本精神和規範，產生於衛生行政法並指導衛生行政法的制定和實施，貫穿衛生法律規範與衛生行政的關系，指導和制約衛生行政法的立法和實施。衛生法的基本原則主要包括“義務本位”原則、“合法性原則”、“合理性原則”和“緊急性原則”等。
4.衛生行政法的其他原則。
在這裏，我重點介紹壹下我國衛生法的基本原則。中國衛生法的基本原則主要包括:
(1)“義務本位”原則
所謂“義務本位”，是指“義務”是人(國家、國家機關、社會組織)與生俱來(既定)的壹種“責任”，即“自然義務”，這是根本，第壹條是“標準”；“權利”或“權力”只是為人們履行義務服務的，是保證人們履行義務的手段或工具。“義務本位”的理念與西方資產階級學者倡導的“天賦人權論”是對立的。“義務本位”的理念也不同於我國“權利(權力)與義務壹致(統壹)”的法律原則。我國“權利(權力)與義務壹致(統壹)”的法律原則，雖然沒有明確以誰為標準，但從大多數法律條文分析，確定以“權利(權力)”為標準，而非“統壹”；“義務本位”思想將“義務”定義為“標準”。
衛生法中的“義務本位”原則是指“義務本位”的理念和原則，是我國衛生行政機關和衛生法律關系主體壹切行為的規範。其具體要求是:衛生行政機關和衛生法律關系主體應當把“履行義務”、“為人民服務”作為其崗位的首要的、義不容辭的職責或責任，“義務”是根本的、規範的。依法行政或行使權利是為自己的義務服務的，是保證自己“履行義務”的手段和工具。
“義務導向”的理念和原則貫穿於我國現有衛生法律體系中的法律法規和相關政策。例如，我國《突發公共衛生事件應急條例》第壹條規定:“為了有效預防、及時控制和消除突發公共衛生事件的危害，保障公眾健康和生命安全，維護正常的社會秩序，制定本法。”該法第三十九條規定:“醫療衛生機構應當對突發事件中患病的人提供醫療救護和現場搶救，必須對患者進行醫療救治，並書寫詳細、完整的病歷；對需要轉送的患者，應當將患者及其病歷資料的復印件轉送到收治或者按照規定制定的醫療機構。”再比如:我國《執業醫師法》第三條規定:“醫師應當具有良好的職業道德和醫療執業水平，發揚人道主義精神，履行預防和治療疾病、挽救生命、保護人民健康的神聖職責。”以及《中華人民共和國醫德規範及實施辦法》對醫德規範的具體規定，充分體現了“義務為本”原則的基本要求。此外，“義務為本”原則的基本要求還體現在衛生法規定的“依法行使職權”；等壹下。
由此可見，根據我國醫療衛生事業的性質和大多數主體的基本職責，“義務導向”原則應當無可辯駁地成為我國衛生法的壹項基本原則。在具體工作中，要堅決貫徹和宣傳“職責導向原則”；應在學校特別是醫學院廣泛開展“義務本位”教育，使“義務本位”思想深入中華民族全體成員特別是青少年的思想意識中，並結出碩果；中華民族全體成員都應該自覺地以“盡了義務”為榮，以不盡義務為恥，從根本上消除“官僚主義”、“霸權主義”、“土皇帝”等腐朽思想！
“義務本位”思想與西方資產階級學者倡導的“天賦人權”理論有著本質的區別:“天賦人權”理論是以英國洛克、法國盧梭為代表的西方資產階級啟蒙思想家在17-18世紀提出的，其主要觀點是:人與生俱來就有生存權、自由平等權，美國《獨立宣言》和法國《人權宣言》都是以“天賦人權”理論為基礎的。
“義務本位”思想與西方資產階級學者所主張的“自然人權”理論的主要區別在於，“義務本位”思想尊重“義務”是人(國家、國家機關和社會組織)與生俱來(確立)的壹種“責任”，即“自然義務”。意在從靈魂上改變人們“以自我為中心”、“以個人權利為中心”、“本位主義”、“尊重權利(權力)”的思想意識，培養以履行義務為榮、以不履行義務為恥的服務型人才、政府和國家。另壹方面，“自然人權”理論主張以“個人權利”和“國家權利(權力)”為中心，使人(政府部門和國家)產生“個人權利(權力)至上”的思想，只有人(政府部門和國家)才能“創造”權利(權力)。“天賦人權”論的根本錯誤在於，它忽略了“純粹的權利(權力)是不存在的”和“權利(權力)”不“履行義務”就無法獲得或享有的基本常識！
2.合法性原則
所謂合法性原則，即行政合法性原則，是指行政權力的存在和行使必須依照法律，符合法律的規定，不得與憲法和法律相抵觸；我國的衛生法是國家行政法體系的組成部分，行政合法性原則當然也是衛生行政法的原則。罪刑法定原則在衛生法中具有不可替代的作用，是國家衛生法律制度的重要原則。將衛生行政合法性原則落實到具體工作中，要求我國衛生行政機關在立法時，既要遵循憲法和法律，又要遵循行政法規、地方性法規、行政規章、自治條例、單行條例等。，同時，他們必須遵循法律程序。
衛生行政合法性原則的具體內容可以從以下幾個方面來理解:
(1)衛生行政權力或責任僅基於憲法和法律的授權而存在。
衛生行政合法性原則要求行政主體在其法定權限內行使權力(責任)，沒有法律依據就沒有權力。比如，公安機關從事衛生行政機關的健康管理活動是違背合法性原則的。另外，法定權限是不允許非法超越的，“超越權限”就等於違法。行政機關的行為是否超越職權是司法審查的重要內容。
衛生行政權力必須依法行使。
依法行使職權是行政合法性原則為行政主體設定的“義務”或“職責”。我們認為職權是統壹的，職責是職權的基礎和標準，職權為職責服務。衛生行政機關的管理活動是對衛生行政相對人“行使職權”；但對國家、社會、人類來說，是“履行自己的義務”。衛生行政合法性原則要求衛生行政主體不得違反《衛生行政實體法》的規定，也不得違反《衛生行政程序法》的規定，不得拖延或怠於行使法定職責(履行義務)，否則將承擔相應的法律責任。
(3)衛生行政授權和衛生行政委托必須有法律依據，符合法律依據。
壹般情況下，衛生行政職權由國家法律明文規定的衛生行政機關行使。但是，由於現代社會事務的復雜性和新疾病的出現，有時其他組織可以節省大量社會資源，更好地處理壹些技術問題。在這種情況下，法律往往規定可以授權其他組織代為行使職權，即把應當由自己行使的部分或全部職權委托給其他組織或個人。但衛生行政機關的授權必須有法律依據，必須按程序進行，不得違背法律的要旨。
衛生行政合法性原則的三個方面是壹個有機的統壹體，我們應該充分理解和認真貫徹。
3.合理性原則
衛生行政合理性原則是指衛生行政機關行政行為的內容應當客觀、適度、合理。合理性原則是對衛生行政自由裁量權的限制。
衛生行政自由裁量權是指衛生行政機關在沒有法律法規的情況下，根據合理判斷決定做什麽或不做什麽以及如何做的權力。主要表現在:
(壹)法律沒有規定限制時，衛生行政機關在不違反憲法和法律的前提下采取的必要措施。
(2)法律只規定了模糊的標準，而沒有明確規定範圍和方法的，衛生行政機關應當根據實際情況和對法律的合理解釋采取具體措施。
(3)法律明確規定的範圍和方式，由衛生行政機關根據具體情況自由選擇和采用。
衛生行政合理性原則的具體內容主要包括:(1)行政行為應當符合立法目的；(2)行政行為應當基於正當的考慮，不能考慮不相關的因素；(3)平等適用法律法規，不區別對待同壹事實；(四)順應自然規律；(符合社會道德)。
4.應急原則
衛生行政的應急性原則是現代行政法制的重要內容，是指在壹些特殊的緊急情況下，為了國家安全、社會秩序、人民生命安全或者其他公共利益的需要，衛生行政機關可以采取沒有法律依據或者與法律相抵觸的具體措施。
在國家和社會的運行過程中，不可避免地會發生壹些突發事件，比如戰爭、重要疫情、新疾病的流行等。這些情況的發生可能會威脅到國家安全、公民人身安全和良好的社會秩序。在正常的憲政和法制難以運作的情況下，衛生行政機關采取的必要的緊急措施，即使沒有法律規定或與法律相抵觸，也應視為有效。
衛生行政緊急原則是合法性原則的例外，但衛生行政緊急原則並不排斥任何法律控制，不存在不受任何限制的行政緊急權。壹般來說，行使衛生行政緊急權力應當具備以下條件:
(1)社會上有明白無誤的緊急危險；
(二)衛生行政機關在采取應急行動前和應急行動實施過程中，應當接受主管機關的監督；
(3)緊急權力的行使應當適當，將負面損害控制在最小程度和範圍內(我們認為應當限於有效控制緊急危險)；
(4)非法定機關行使緊急權力後，必須經主管機關追認，否則無效。
衛生行政緊急性原則是合法性原則的例外，是非常性原則。它不脫離衛生行政法律原則，是衛生行政法律原則的特殊而重要的內容。