我國行政事業單位預算管理存在的主要問題:
壹是預算管理意識薄弱，組織結構簡單；人員配備不足，對預算工作的重要性缺乏認識；
首先，由於傳統觀念的影響，事業單位預算制度仍未完全走出“前預算時代”，離現代公共預算還有相當大的差距。特別是“行政長官意誌”、非制度化、非公開化、公共責任缺失等問題依然突出。壹些部門和單位對部門預算重視不夠，缺乏“先預算後支出，沒有預算就沒有支出”和“安排打醬油的錢不能用來買鹽”的預算管理理念，預算約束觀念淡薄。導致財政資金使用效率低下。這個問題是事業單位的通病，制約了單位預算工作質量的提高。之所以出現這個問題，主要是由於領導對預算管理的重要性認識不足。單位的預算組織形同虛設，單位在實際開展日常收支活動時並不按照編制好的預算執行。傳統預算通常采用基數加因素調整的方法，部門經費完全由基期的相關數據決定，而不是根據部門的項目情況和人員配備情況進行合理安排。這只能加大貧富差距，不能滿足部門發展需要。
其次，事業單位預算管理部門在編制預算時存在不科學、不現實的問題。他們單純為了獲得預算結果而編制預算，對預算執行關註甚少，導致預算編制部門難以調動各職能部門積極參與預算，也沒有條件對預算項目進行必要的研究和論證。這樣的預算往往與實際情況相差甚遠，使得預算管理失去了應有的作用。
二是預算編制時間短，方法簡單；預算準備不足:
首先，預算編制時間短，準備不足。行政事業單位預算管理是壹項系統工程，預算編制作為整個預算管理的起點，是其中最重要的環節之壹，需要各部門和人員的積極參與，廣泛調研論證，接受各種監督，應具有必要的嚴謹性和權威性。但目前行政事業單位預算編制基本由財政部門負責。準備時間不到兩個月，時間緊，工作量大。財務人員不能調動各部門的積極性，對預算編制缺乏必要的調查和認證，閉門造車。預算編制比較壹般，預算質量不高。
其次，預算方法簡單，質量粗糙。雖然多年來壹直實行零基預算法，即取消以前年度的基數，根據預算年度內所有因素和事項的輕重緩急和財力可能，重新計算和安排單位和部門的預算。但從目前的實際情況來看，零基預算實施起來還是有壹定難度的。很多行政事業單位還是習慣“上年基數+當年調整”的老辦法。他們不是根據單位或部門的實際情況來確定預算安排，而是根據以往的經驗和主觀認識來編制。結果與實際情況相差甚遠，難以將預算分解到各個部門執行，往往會出現調劑交換、追加預算的現象，影響了預算執行的必要剛性。
再次，財務收支預算是單位全面預算的壹部分，以單位總體目標和經營預算、行政預算、事業預算為基礎，涉及部門多、時間跨度長。因此，有關部門在編制財政預算時，應組成預算編制小組，充分考慮宏觀環境、現實任務等因素，分析預算實現的可能性和難度。但目前財務預算的編制通常只是壹個財務部門的工作，編制時間不到兩個月。這樣就無法充分調動各職能部門積極參與預算，也沒有足夠的時間對預算項目進行必要的研究。這樣的預算只能根據上壹年的數據來編制，往往與實際情況相差甚遠。
三是預算執行不力，隨意性現象嚴重:
首先，由於缺乏考核意識，考核指標不明確，行政事業單位普遍缺乏對預算項目完成後預算執行情況的科學分析、控制、考核和評價，存在資金投入是否正確、資金使用效果如何、是否存在超預算支出等問題。都沒有得到足夠的重視，這對下壹年度預算的編制和執行沒有指導作用和參考價值，削弱了預算應有的功能。
其次，由於很多單位沒有落實預算執行的激勵機制和問責機制，沒有將預算執行與員工績效掛鉤，預算執行缺乏應有的約束力，預算執行過程中隨意改變資金用途，降低了資金使用效率，造成了嚴重浪費。壹些單位雖然也有相應的考核制度，但缺乏科學性和規範性，大多只是流於形式，未能對預算執行形成真正的約束力。
第三，資金管理。壹是員工借了公款沒有及時催收形成壞賬；二是支付的資金沒有及時清算形成壞賬。年終清算和財務結算。壹是會計部門和財產管理部門未按有關規定對各種物資進行清理盤點，導致未能及時查明資產盈虧原因，按規定進行處理並調整財務，導致賬實不符。二是年終結賬未按要求進行。檢查中發現，部分單位未按新財務制度規定將收支科目余額全部轉入“結余”科目，仍采用舊的會計處理方法，將本年結余虛列支出轉入存款，造成本年虛列收支。
第四，缺乏有效的監督機制，控制體系不完善:
從目前的實踐來看，壹些行政事業單位對預算管理還缺乏有效的監督管理機制。沒有完整有效的組織體系來支持全面預算的實施。支出預算的分配方式和管理體制仍停留在粗放型水平，管理體制尚未理順，導致支出管理和監督考核缺乏強有力的控制、有效的約束機制和激勵機制。同時，資金使用的社會效益也缺乏系統的評估機制，從而增加了資金使用的隨意性。
首先，行政事業單位內部缺乏對預算管理的監督管理機構，對預算進行全過程、全方位的監督。壹些單位雖然設立了相應的部門，但其對預算全過程檢查的頻率和深度還不能滿足行政事業單位預算管理的要求，檢查方式多為專項檢查，零敲碎打，缺乏系統、動態、持續的監督管理，監督效果大打折扣。
其次，由於行政事業單位在國民經濟中的特殊性，需要接受各方的監督和評價，保證其預算管理的公開公正，檢驗預算是否真正執行，防止腐敗。但是，目前行政事業單位的預算管理還沒有相應的外部監督和評價機制。另外，即使接受了外界的意見，也不能及時查處，及時反饋，處理機制不夠完善。
我國事業單位管理體制改革的對策
事業單位管理體制改革是壹項復雜而龐大的系統工程。2010年政府工作報告明確指出，2010年我國的主要任務之壹是按照政企管分開的要求，在科學分類的基礎上，積極穩妥推進事業單位改革。為保證改革的順利實施，針對我國事業單位管理體制中存在的矛盾和問題，應從以下幾個方面采取措施:
1.公共機構的重新分類。科學分類是有效治理的基礎。傳統的事業單位分類方法主要是按照行業、經費、等級、隸屬關系、經濟成分進行分類。改革開放後，隨著經濟體制改革、政治體制改革和社會轉型，我國出現了許多新的事業單位類型，以往的分類方法已不再適用。
近年來，許多學者和領導對事業單位的重新分類進行了深入的思考。黃教授將我國事業單位重新定位為現代事業單位。在他看來，所謂現代事業單位，是指在現代市場經濟條件下，依法設立，不以營利為目的，擁有獨立資產，獨立從事面向社會的準公共產品生產經營活動的基本社會組織形式。{3}國家發改委經濟體制綜合改革司司長範恒山認為，事業單位可分為三類:壹是直接承擔政府行政職能、為政府服務的事業單位，主要從事監理、資質認證、質檢、認證、代理後勤服務等活動；二是承擔公共事業發展職能、服務社會的事業單位，主要從事科學、教育、文化、衛生等社會事業以及與公共基礎設施建設和公用事業服務相關的活動；三是承擔中介溝通職能，服務市場和企業的機構，主要從事咨詢、協調等活動。{4}根據事業單位承擔的社會職能，中央機構編制委員會辦公室副主任黃文平將其分為承擔行政職能、從事公益服務和從事生產經營活動三類。{5}丁茂湛教授將其分為行政執行、純公益、準公益和生產經營四種基本類型。中央機構編制委員會辦公室事業單位登記管理副主任左然將其分為四類:行政類、行政與公益混合類、公益類、事業類。
在吸收理論研究成果的基礎上，筆者認為，根據事業單位承擔的社會職能不同，我國現行事業單位可分為行政執行類事業單位、社會公益類事業單位和生產經營類事業單位三種基本類型，其中社會公益類事業單位又可分為純公益類事業單位和準公益類事業單位。純公益性事業單位主要是指承擔或經政府授權為全社會提供純公共產品，實現公眾需求和國家長遠利益，個人消費不具有競爭性和排他性的事業單位。義務教育、基礎研究、基本醫療衛生服務、公益文化等事業單位，都屬於純公益性事業單位。準公益性事業單位是指依法承擔或經政府授權為部分社會群體提供準公共產品，部分群體的收益與公共需求和利益的實現基本壹致，但個人消費具有壹定的排他性和競爭性的事業單位。如非義務教育機構、文化藝術單位、城市公共單位等。{6}對於行政執法機構，只允許政府贊助，經費來源完全靠財政撥款。有執法費的單位要嚴格執行“收支兩條線”資金管理表格，嚴禁收支掛鉤。行政收費和罰沒收入要全額上繳財政，人員經費和事業經費納入財政預算，其改革方向是與國家機關合並。對於生產經營機構來說，要推向市場，使其市場化、商業化。因此，改革的重點應該是社會福利機構。
2.理順政治關系，重塑政府部門與事業單位的關系模式。本著政企分開的原則，合理劃分事業單位的職能，明確政府的職責，是事業單位人事制度改革的重要前提。首先，要明確政府部門和事業單位的職能劃分。作為組織主體的政府部門要有所為，政府要積極組織絕大多數純公益事業和相當壹部分只有由政府組織才能實現社會福利最大化的準公益事業；對於生產經營機構，政府要把這些機構推向市場，由社會力量和個人力量組織起來，作為實現市場化、商業化的主要渠道，政府只是鼓勵和支持。其次，要調整政府部門與事業單位的財務關系。根據事業單位承擔的不同社會職能，梳理政府部門與事業單位的財務關系。對於行政執行機構，政府提供完全的資金支持；對於純公益性機構，由於這類機構提供的服務代表了社會的共同利益和長遠利益，原則上不能用市場機制來調節。因此，政府應為這類機構提供發展資金；對於準公益性事業單位，應根據市場化程度建立相應的政府補償機制；對於可以完全市場化、商業化的生產經營機構，政府應該完全讓市場機制來管。第三，政府部門和事業單位要建立契約關系，取代以前的隸屬關系。通過這種契約關系的建立，政府對事業單位的整體責任將轉變為政府和社會對事業單位的雙向約束。對於政府辦的事業單位，政府要在產權、財權、領導任免權等方面積極行使職能權力，同時建立科學合理的評價體系，加強對事業單位的責任約束；對於非政府辦的事業單位，要依法賦予這些事業單位應有的自主權，使其成為獨立運作的獨立法人，在體制的約束下自我發展。按照政企分開的原則，真正實現市場經濟條件下事業單位的主體地位。
減少政府部門對事業單位的直接幹預，下放管理權限，借鑒或參考國外公共服務體系建設的有益經驗，建立與我國社會主義市場經濟體制和各項社會事業發展規律相適應的現代事業單位制度，達到事業主辦主體多元化、公共服務資源配置社會化、事業單位相對獨立、事業單位人事制度科學、事業單位監督管理制度有效的理想狀態。
3.完善事業單位人事制度。自2000年《深化幹部人事制度改革綱要》頒布實施以來，幹部人事制度改革在許多方面取得了很大進展。針對改革過程中出現的各種問題，應從以下幾個方面完善事業單位人事制度:(1)繼續實行以聘任制和崗位管理制為重點的事業單位聘任制。將固定用工制度轉變為合同用工制度，努力實現人事制度由傳統的身份管理向崗位管理轉變，積極推動市場機制在事業單位人力資源配置中發揮基礎性作用。深化以聘用制度和崗位管理制度為重點的事業單位聘用制度，是從根本上改變機構臃腫、人浮於事、缺乏生機和活力局面的重要手段之壹。(二)建立健全符合事業單位特點的人事監督制度和宏觀管理制度。加強對事業單位人事工作的監督和宏觀管理，既能在國家法律法規規定的範圍內保障事業單位用人自主權，又能保護單位和職工的合法權利，便於事業單位職工參與民主管理和監督。(三)完善事業單位人事制度改革配套政策措施。任何組織都是由有規律的相互作用或相互依賴的要素組成的有機整體，只有系統的所有要素相互聯系、相互配合，組織的總體目標才能實現。因此，事業單位人事制度改革離不開相關配套措施的支持。壹是事業單位勞動力通過漸進的方式趨於合理化；二是註重事業單位人事制度個別環節改革的協調推進；第三，建立和完善事業單位人事法規體系；第四，優化事業單位人事制度改革的心理環境。
4.建立和完善社會保障體系。面對事業單位推向市場和社會過程中出現的大量人員流動現象，如何安置分流人員成為事業單位改革的關鍵問題，解決分流人員的社會保障問題是實現分流人員合理安置的首要保障。只有建立完善的社會保障體系，才能真正把“單位人”變成“社會人”，逐步實現人力資源的社會化配置。建立健全醫療保險、失業保險、養老保險、工傷保險等社會保障制度，並使這些制度真正發揮作用，是解決分流人員“後顧之憂”，確保出口暢通的重要手段。