首先，因為我國刑事訴訟的主要目的是控制犯罪。維護正常、安全的社會秩序已成為我國刑事訴訟法追求的重要價值。因此，立法者和實踐者主要從打擊犯罪的角度實施刑事訴訟法。無罪推定原則基於正當程序模式，從保護被告人的人身權利出發，站在打擊犯罪和保障安全的對立面。因此，刑事訴訟法與這壹原則相沖突。
其次，我國刑事訴訟制度有壹個“以事實為根據，以法律為準繩”的原則。這壹原則體現了科學求實的態度。但是，由於人的理性的缺陷和不足，我們不可能每次或者在很多情況下都找不到絕對真理。所以只能追求壹種證據的真實而不是壹種客觀的真實。但我們通常理解的真理是客觀真理。因此，當壹些證據能夠證明被告人涉嫌犯罪，但難以對其定罪時，司法人員往往遵循“以事實為根據，以法律為準繩”的原則，對犯罪嫌疑人持懷疑態度，而不是適用無罪推定原則將其視為無罪。
由於上述原因，無罪推定原則在我國無法確立，也導致了諸多負面影響。主要的負面影響是，非常不利於保護被告人和犯罪嫌疑人的權利。由於無罪推定原則沒有正確確立，司法實踐中被告人往往猶豫不決，往往導致對被告人和犯罪嫌疑人采取監視居住、取保候審、拘留等長期強制措施。這種嚴重侵犯公民權利的行為在司法實踐中非常普遍。而且這種長期的猶豫不決也浪費了司法部門大量的司法資源，犧牲了訴訟效率，降低了司法在群眾中的威信。與國外通行的無罪推定相比，我國刑事訴訟法有以下特點:
1，中國的無罪推定原則更側重於實質而不僅僅是稱謂。在立法中，不使用“無罪推定”和“不能稱為罪犯”的表述，而使用“不能確定有罪”的表述。
2.在舉證責任問題上，既強調國家機關的形式責任，又強調其實質舉證責任。國家機關在履行職責時，並不強調被告人的被動對抗，無論是被告人還是犯罪嫌疑人都不享有沈默權，而是強力規範控辯雙方的主動配合。當然不要求被告承擔證明自己無罪的義務。
3.作為壹項法律原則，明確規定了偵查、起訴和司法機關的行為標準，既要求結果，也要求過程。《刑事訴訟法》第12條規定“未經人民法院依法判決，不得認定任何人有罪”是刑事訴訟制度的壹項基本原則。有人認為我國新刑事訴訟法采用了外國法律中常見的“無罪推定”原則，這種理解並不準確。
首先要明確的是，外國法中的無罪推定原則包括被告人對被指控的罪行享有沈默權，被告人在刑事訴訟的各個階段享有充分的辯護權，被告人沒有證明自己無罪的舉證責任，案件事實的認定遵循“疑罪從無，疑罪從輕”的原則。我國新刑事訴訟法對此並沒有完全照搬，而是做出了合理的選擇，確立了自己的特色。比如，根據新刑訴法第93條、139條、155條的規定，犯罪嫌疑人應當如實回答偵查人員的提問，被告人必須回答檢察官、法官的提問，因此無權沈默權。
新刑訴法確立的無罪推定原則主要有兩層含義:壹是在刑事訴訟中，人民法院依法獨立享有對被告人的最終定罪權，具體體現在新刑訴法第12條的規定和取消人民檢察院的免予起訴決策權。值得註意的是，這裏強調的是“最終定罪權”，無罪認定權仍由法律規定的公安、檢察等特定機關通過不立案、撤案、不起訴等方式行使。其中，對於相對不起訴的犯罪嫌疑人，檢察機關仍應在《不起訴決定書》中認定“其行為已構成犯罪”，因符合新刑訴法第142條的規定，決定不起訴。因此，檢察機關對部分案件的不起訴決定仍屬於廣義的定罪。第二，在人民法院依法認定被告人有罪之前，任何人不得將其視為有罪的人。本文是無罪推定原則的核心內容。壹個被刑事偵查的人，即使他的犯罪事實相當清楚，證據充分，即使他的民憤很大，即使高層已經作出了“明確”的指示，但是沒有人民法院依法作出判決，他仍然沒有在法律上被認定有罪，所以不能作為有罪的人對待。這是樹立法律權威的必然要求。首先，確認無罪推定原則有利於解決犯罪嫌疑人、被告人的訴訟地位問題。
在我國，由於過去的立法中沒有無罪推定，在司法實踐中，很多辦案人員總是存在“犯罪嫌疑人、被告人進門三罪”的錯誤觀念，難免產生先入為主和主觀臆斷，無法從根本上解決刑訊逼供等嚴重侵犯犯罪嫌疑人、被告人人身權利的現象。通過立法形式確認無罪推定原則，可以劃清犯罪嫌疑人、被告人和罪犯之間的界限，明確“疑罪從無”和“定罪”的區別，克服先入為主、主觀臆斷的錯誤傾向和做法，切實保障人權。
其次，確認無罪推定原則有利於保護犯罪嫌疑人、被告人以辯護權為核心的訴訟權利，充分發揮辯護制度的作用。
在封建專制時期，刑事訴訟奉行“有罪推定”，犯罪嫌疑人、被告人不是刑事訴訟中法律關系的主體，而只是被刑訊逼供和被偵查的對象，沒有任何訴訟權利。資產階級民主革命勝利和無罪推定原則確立後，犯罪嫌疑人、被告人成為刑事訴訟法律關系的主體，在法院審判過程中，被告人與原告享有平等的訴訟地位，享有以辯護權為核心內容的各種訴訟權利。如果不能明確確立和認可無罪推定原則，即使法律明文規定犯罪嫌疑人、被告人享有辯護權，在司法實踐中也往往得不到尊重和保障，這是沒有用的。這是被歷史證明的客觀事實，毋庸置疑。
三是有利於進壹步明確舉證責任的合理分配和疑難案件的正確解決。
無罪推定原則的重要內容之壹是舉證責任由原告承擔。檢察機關指控被告人犯罪時，必須提供相應的證據事實予以證明，而這種證明必須符合法律規定的標準，即犯罪事實清楚，證據確實充分。如果檢方不能證明被告人有罪，被告人無罪，將無罪釋放在押被告人，按照國家賠償法賠償損失，恢復名譽。在司法實踐中，有時由於各種主客觀原因，有些案件壹時半會兒無法水落石出或難以查清。在有罪推定的封建專制訴訟中，對於這些證據不足的疑案，壹般按照“疑罪從無”或“疑罪從輕、贖救”的原則處理。這充分說明封建訴訟是任意的，是對人權的踐踏。但是，無罪推定要求司法機關的司法人員從有利於犯罪嫌疑人、被告人的角度來解釋和處理疑難案件，而不是從占有、寬大或贖買的角度，也不是從絞刑的角度。即對於犯罪嫌疑人、被告人壹時難以確定有罪或者無罪的，應當按照無罪處理；如果被告人的罪行是重是輕，壹時難以確定，應當按輕罪處理。
第四，有利於贏得國際人權鬥爭的主動權。
中國是人民民主專政的社會主義國家。壹直主張在刑事訴訟中必須認真貫徹“以事實為根據，以法律為準繩”的原則，對被告人定罪量刑必須事實清楚，證據充分。這樣的訴訟要求和證明標準，本來就高於西方國家所謂的“排除合理懷疑”等國際標準。但是，在過去的立法中，它並不是壹種“自我約束”。同時，如上所述，聯合國壹些重要的人權文件和國際公約規定了無罪推定原則，其中壹些是中國參加、締結或明確同意的。如果我國刑事訴訟法中沒有明確無罪推定原則，這與我國作為聯合國常任理事國的國際地位不相稱，難以自圓其說。因此，新刑訴法確認無罪推定原則，不僅有利於在國際人權鬥爭中贏得主動，也是對外開放和與國際接軌的現實需要。立法中存在的問題
1.《刑事訴訟法》第12條規定:“未經人民法院依法判決，對任何人不得定罪。”對此，現在很多人認為這是壹個關於無罪推定原則的規定。這是值得商榷的。新刑訴法第12條的規定，只是從語法、邏輯和法律的角度表達了“有罪確定權由人民法院依法行使”的含義。這壹含義與貝卡利亞無罪推定的本義、無罪推定的幾種有代表性的立法表述、無罪推定的基本精神和具體內容相去甚遠。考慮到這壹規定，根據無罪推定原則和科學規範的要求，它至少有三個缺陷:(1)前半句句末缺少“有罪”二字。因為按照邏輯規則解釋，第十二條的規定可以推導為:“經人民法院依法判決，對任何人都可以認定有罪”。顯然不合理。因為人民法院的判決分為無罪判決和有罪判決，只有人民法院依法作出“有罪”判決，才能認定被告人有罪；如果人民法院依法作出無罪判決，如何認定被告人有罪？(2)前半句末，仍缺“且有效”二字。因為即使法院依法作出了有罪判決，仍然存在判決未宣判，在上訴期和核準期內不生效的問題。如果是無效判決或者判決尚未生效，仍然不能認定被告人有罪。(3)後半句應改為“應確定或推定每個人無罪”。因為刑法上的公民身份有三種情況:無罪、有罪和無罪與有罪之間的不確定性。這第三種情況是犯罪嫌疑人、被告人的狀態。現行法律從“有罪”的角度進行規範，但沒有明確規定“認定或推定無罪”，不利於明確當事人的法律地位，保護其合法權益。尤其是當某人被認定為犯罪嫌疑人、被告人時，其刑事法律地位無法確定——無法確定為“推定無罪”，其權益更容易受到侵害。
2.刑事訴訟中的壹些法律與無罪推定原則相沖突。第九十三條規定:“犯罪嫌疑人對於偵查人員提出的問題，應當如實回答”；第九十五條規定:“偵察人員也可以要求犯罪嫌疑人當面寫供詞”；第155條規定，被告人在法庭上有被公訴人、法官“訊問”的義務(註意不是“訊問”或“詢問”)。這些規定表明，犯罪嫌疑人、被告人在壹定程度上負有證明自己有罪與否的法律責任，而這種責任承擔的前提實際上隱含著對其“有罪”的認定。不僅如此，“如實供述”剝奪了被告人選擇是否陳述的權利，如實供述以法律條文的形式出現，也出現在被告人義務的規定中，這無疑構成了對被告人的強制。被告人必須履行如實供述的法定義務，否則將承擔不利的法律後果(後果目前沒有明確規定)。
司法實踐中的問題
1.自證其罪很常見。偵查、檢察、審判機關往往先入為主，自然認為“犯罪嫌疑人、被告人進門三分罪”，把證明無罪的責任強加給犯罪嫌疑人或被告人。犯罪嫌疑人、被告人不能提供充分證據證明自己無罪的，視為有罪。在案件的偵查和審判過程中，犯罪嫌疑人、被告人無權保持沈默。“坦白從寬，抗拒從嚴”的司法政策被壹些司法人員視為辦理刑事案件的法寶。在“坦白從寬”的刑事政策指導下，犯罪嫌疑人無論有罪無罪，認罪悔罪似乎都是其應盡的義務。以佘祥林案為例，他曾在訴狀中陳述:“當時我被殘酷的體罰打了十天十夜，已經昏迷不醒，渾身傷痕累累，根本無法行走和站立。我只有壹個願望，那就是我能盡快休息。只要我能休息壹下，我會毫不猶豫地遵從他們的任何要求。”這種違反人體生理規律，強迫犯罪嫌疑人作不利於自己的證言的做法，犯罪嫌疑人怎麽可能不供認？無罪推定原則的基本要求之壹是“在法院依法判決之前，任何人都被推定無罪”。在這種情況下，犯罪嫌疑人、被告人沒有義務陳述有罪或者無罪。
2.未能杜絕刑訊逼供。刑訊逼供是我國長期堅持有罪推定的必然產物，與自證其罪密切相關。在犯罪嫌疑人、被告人無法證明自己無罪、不承認有罪的情況下，司法機關使用刑訊逼供的現象屢見不鮮。在佘祥林案中，根據他的申訴材料，多次提到:“我敢說，十天十夜的痛苦味覺病，不是所有人都能理解的。在我的鼻子多次被打破後，他們殘忍地把我的頭按進浴缸。因為沒有力氣喝浴缸裏的水，我幾次差點暈倒...我蹲了很久，穿著皮鞋的腳踢到了腳踝。”遇到重大要案，公安機關總是在突擊審訊犯罪嫌疑人幾個晚上後取口供，根據口供破案，這幾乎成了壹種模式。正是這些非法收集的證據，將佘祥林壹步步推向死亡的邊緣。