新中國成立後，根據中央人民政府組織法的規定，我國各級司法機關是壹級政府的組成部分，完全隸屬於人民政府。直到1954年9月我國第壹部憲法頒布，人民法院和人民檢察院才從人民政府中獨立出來，從而使司法機關進入了壹個新的發展時期。文革結束後，我國於1982年頒布了新憲法，規定了審判機關和檢察機關的獨立性。但從1980開始，我國基本實行了以“分竈吃飯”為主要內容的財政體制。這種財政體制調動了各地發展經濟的積極性，但同時，壹方面，我國行政機關控制著全國的財政，各級司法機關的經費必須由同級政府決定。另壹方面，由於各地經濟發展和財政狀況不同，司法機關的設備、辦公和辦案經費也不壹樣，導致司法機關財政與地方財政的融合。在這種情況下，地方司法機關更傾向於從發展地方經濟的角度來執法和行使司法權，而不是著眼於國家法治的統壹性和嚴肅性。司法機關除了在財政上依賴地方之外，在人事制度上不僅由各級地方選舉、任免，而且由地方任免。由於地方各級司法機關的財權和人事權都是從屬於地方的，這種權力結構和權力的隸屬和依賴關系使得地方司法機關的獨立性受到地方的幹擾，造成了國家司法獨立與國家法治的統壹性和司法權地方化的破壞。
(2)司法機關缺乏制約和監督機制。
我們國家的壹切權力屬於人民。根據我國現行憲法，在我國國家機關體系中，“兩院壹府”由國家機關產生並受其監督。但在實踐中，各級權力機關與司法機關的關系只是選舉或罷免同級司法機關的負責人。各級權力機關對司法人員的任免只是履行法定程序，司法人員的任免沒有與對他的具體執法情況的考察有機結合起來。對各級司法機關的監督，只表現在工作監督、聽取和審議司法機關年度工作報告、視察或檢查司法機關執法情況等方面。因此，雖然我國憲法賦予了國家權力機關廣泛的權力，但目前並沒有國家權力機關行使權力的具體程序，特別是關於國家權力機關對司法機關的監督。由於缺乏對司法機關法律監督的程序性規定，壹方面導致國家權力機關特別是地方權力機關輕視司法監督的傾向，另壹方面導致司法機關特別是地方司法機關反對具有司法獨立性的權力機關的監督。由於國家權力機關監督不力，再加上我國現行司法體制中司法機關相互制約不力，檢察監督的作用沒有充分發揮，上下級司法機關較為友好，導致司法機關的許多問題難以通過現行監督機制解決，客觀上為司法機關濫用權力、司法腐敗提供了便利。從司法機關的內部監督來看，目前主要是檢察機關對司法機關的檢察監督和上級司法機關對下級司法機關的審級監督。人民檢察院作為我國的法律監督機關，根據我國憲法和法律的規定，有權對國家司法機關的審判活動是否合法進行監督。然而，在實踐中，檢察監督的權威性和有效性從未得到真正的確立和實現。壹是檢察監督的力度有所軟化，檢察機關的執法監督意識和監督行為受到諸多因素的困擾和束縛，導致檢察監督難以開展；第二，從我國現行法律規定來看，檢察機關對司法行為的監督只是壹種事後監督。實踐中，檢察機關發現司法機關的司法行為違法時，只能以抗訴的形式要求司法機關予以糾正。如果司法機關拒不糾正，檢察機關也無能為力；第三，檢察機關也是審判機關。我國現行法律已經確定檢察機關有權對其他審判機關進行監督。至於如何監督檢察機關的檢察權，除了國家權力機關的工作監督之外，沒有其他明確的規定，從而為檢察機關濫用權力提供了便利。就審級監督而言，根據憲法和法律的規定，上級司法機關有權對下級司法機關的審判行為行使審級監督。實踐中，上級司法機關通過審級監督的形式，確實有效地糾正了下級司法機關的違法行為。但是，審級監督是司法機關的內部監督。由於我國實行兩審終審制，司法機關的審判行為受到地方保護主義的困擾，在壹些地方，上級司法機關對下級司法機關的審判監督重點不再是法治的統壹和國家法律的有效實施，而是地方利益是否得到充分保護。
(3)司法人員專業水平低，嚴重影響了公正司法。
首先，與發達法治國家相比，我國對法官、檢察官的資格要求較低。我國《法官法》和《檢察官法》規定，法官、檢察官職業教育起點為本科以上學歷。而我國現有司法人員學歷的實際情況與這壹要求相差甚遠。20多萬評委中，本科生僅占5.6%，研究生僅占0.3%。在全國20多萬檢察官中，本科層次的就更少了，只占4%。我國司法隊伍的成員大多是1979後來到司法機關的，主要是政法院校的畢業生；二是調兵；三是通過社會招聘考上司法機關的高中畢業生。從人數上看，後兩部分占多數。此外，效率低下是當前司法的突出問題，案件久拖不決是常事。資料顯示，1992年中國8328人中有壹名法官，而英國每11萬人中只有壹名法官。由此可見，我國當前司法隊伍的非專業化傾向十分嚴重，司法效率低下，嚴重影響了公正司法。