現階段我國財務報告內部控制審計存在的主要問題
1，缺乏公認的財務內容控制標準
內部控制引入中國以來，其內容和定義幾經演變，至今沒有壹個被廣泛認可的財務內容控制標準。雖然我國陸續頒布了很多相關的法律法規，但總體來說，還沒有達到相關的標準。目前大部分規定只是基於原則性研究，缺乏可操作性。規範的有效和缺失都會對規範的有效性產生很大的影響。為了進壹步促進我國內部控制審計的發展和完善，建立和完善可操作的內部控制制度標準迫在眉睫。建議相關部門盡快建立完善的、可操作的、符合我國國情的內控體系，並以此為標準加快行業的試點發展，積極推動我國內控體系的建設和發展。
2.財務報告內部控制審計的成本分析
截至目前，大多數國家都積極頒布了相關法律法規，要求上市公司在年報中詳細披露財務報告。尤其是近年來，越來越多的企業呼籲開發內部控制報告。中國證監會從2006年開始規定，企業公開發行證券的壹個重要條件是註冊會計師必須出具無保留意見的內部控制報告。這壹規定無疑增加了企業的審計成本。
3.內部控制審計的現實問題。
對於企業財務報告內部控制審計的實施，社會上有不同的聲音。壹些支持者認為，通過內部控制審計和加強信息披露可以有效減少財務舞弊。通過公開報道讓管理者更加了解內部控制的重要性。壹些學者反對這壹問題，這將增加企業的審計成本，公眾將被誤導其披露的信息。對於這個問題的定義，我們沒有直接的經驗可循，還是要摸著石頭過河。
4、是否可以減輕或取代審計責任。
美國《美國公眾公司會計監督委員會第二號協議》勢必會提高審計人員的報告責任，同時會加強內部控制運作和設計有效性體系的建立。提高審計人員的責任感對發現和防範內部控制缺陷具有重要意義。但是，企業主管部門對內部控制制度建設的重視程度仍有待加強，這對徇私舞弊的發生起著非常重要的作用。比如，就像管理層對財務報表負責壹樣，管理層也要對內部控制體系的建立負責。明確界定並合理劃分建立內部控制體系的不同方面和職責，從而形成相對完整的內部控制管理體系。
現階段加強我國財務報告內部控制審計的對策
1，全面掌握被審計單位的環境。
充分掌握行業內的註意事項，以及企業的經營特點、組織結構和資本結構，包括全面的財務信息、法律法規、經濟狀況、技術創新和企業內部控制的變化等。註冊會計師必須關註高層管理人員的內部控制。比如企業管理層的風格、職責和角色，企業道德，審計委員會是否強大等等。
2.制定合理的審計計劃。
結合企業控制環境及其對財務報告的影響，制定合理的企業審計計劃(確定負責人、團隊成員、職責、角色、資源等。)，並重視貫穿整個規劃過程的風險評估。在傳統的控制測試中，流於形式，達不到實際效果。最大的因素是審計師無法有效判斷企業的內部控制能力。審計人員很難在短短幾天內找出企業內控運作和設計的漏洞。因此，在制定計劃時，需要調配合適的項目人員，做好針對性的監督和助手培訓，結合需求制定專家利用計劃。
3.識別和評估企業層面的內部控制。
識別和評價被審計企業的內部控制水平，理順企業各級部門和人員的權責、管理風險、反腐敗流程、自我評價等方面。與不同流程的負責人進行識別和溝通，綜合評估審計委員會在公司的實際地位、工作方法和人員構成。
4.評估內部控制缺陷
為了及時發現財務控制內部審計各個環節的不足和缺陷，註冊會計師需要嚴格遵循流程，正確評估風險水平。如果不能有效發現或預防控制缺陷，說明企業內部控制存在很大缺陷。這對缺陷控制具有重要意義。主要取決於兩個方面:壹是企業內部控制存在錯報或未能有效發現和防範賬戶余額的可能性。第二，由於許多缺陷導致的錯報，註冊會計師必須充分考慮受影響的財務交易和報表的金額，以防止當期或未來可能出現的缺陷。
5.形成審計報告
註冊會計師需要對司法鑒定結論的基礎進行評估，從而形成有效的意見支持。被審計單位的財務內部控制審計存在壹定缺陷的，必須對企業財務報告內部控制提出異議或保留意見。
以上所有環節和流程都會對內部審計的順利進行產生影響。內部審計的作用和重要性是不確定的，隨著經濟社會的不斷發展，其作用和地位將進壹步提高。