自治州首府位於吉首市。第三條自治州設立自治機關。
自治機關行使設區的市、縣的地方國家機關的職權，同時依照憲法、民族區域自治法和其他法律行使自治權。第四條自治州各族人民在中國共產黨的領導下，在馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論的指引下，堅持黨在社會主義初級階段的基本路線，集中力量進行社會主義現代化建設，發展社會主義市場經濟，加強社會主義民主法制，科教興國，加快經濟文化發展，把自治州建設成為經濟繁榮、社會進步、民族團結、山川秀美的民族自治地方。第五條自治州的自治機關保障憲法和法律在本州的遵守和執行，把國家的整體利益放在首位，努力完成上級國家機關交給的各項任務。
自治州的自治機關根據本州的情況，在不違背憲法和法律的原則下，采取特殊政策和靈活措施，加速經濟和文化建設事業的發展。如果上級國家機關的決議、決定、命令和指示不適合本州實際情況的，自治機關報經該上級國家機關批準後，變通執行或者停止執行。第六條自治州的自治機關維護和發展各民族平等、團結、互助的社會主義民族關系，禁止對任何民族的歧視和壓迫，禁止破壞民族團結和制造民族分裂的行為。第七條自治州的自治機關保障各民族公民享有憲法規定的公民權利，教育各民族公民履行公民義務。第八條自治州的自治機關提倡愛祖國、愛人民、愛勞動、愛科學、愛社會主義的公德。對全州各族人民進行愛國主義、集體主義、社會主義和基本公民道德教育。
自治州的自治機關保障各民族公民有宗教信仰自由，保護合法的宗教活動，禁止邪教活動。第二章自治機關第九條自治州的自治機關是自治州的人民代表大會和人民政府。
自治州人民代表大會常務委員會是自治州人民代表大會的常設機關，對自治州人民代表大會負責並報告工作。
自治州人民政府對自治州人民代表大會和湖南省人民政府負責並報告工作，在自治州人民代表大會閉會期間，對自治州人民代表大會常務委員會負責並報告工作。
自治州的自治機關實行民主集中制的原則。第十條自治州人民代表大會中，土家族、苗族和其他民族的代表名額，根據法律規定的原則確定。
自治州人民代表大會常務委員會的組成人員中，土家族、苗族公民應當超過半數。
自治州人民代表大會常務委員會的主任或者副主任中，應當有土家族、苗族的公民。第十壹條自治州州長由土家族或者苗族的公民擔任。
自治州人民政府的組成人員中應當合理配備土家族、苗族和其他少數民族人員。第十二條自治州的自治機關在所屬部門的幹部中，應當合理配備土家族、苗族和其他少數民族人員，同時註意各民族的婦女幹部。第十三條自治州的自治機關加強縣、市、鄉、鎮的政權建設。
自治州的自治機關加強居民委員會、村民委員會及其所屬的人民調解、治安、衛生等組織的建設。第十四條自治州的自治機關根據法律和國家規定，結合本州實際情況，確定國家機關的機構設置和人員編制，報省人民政府批準。第十五條自治州的壹切國家機關和國家工作人員必須忠於職守，廉潔奉公，遵紀守法，密切聯系群眾，努力為各族人民服務。第三章人民法院和人民檢察院第十六條自治州中級人民法院和自治州人民檢察院對自治州人民代表大會及其常務委員會負責並報告工作。
自治州中級人民法院的審判工作受上級人民法院的監督。自治州人民檢察院的工作受上級人民檢察院的領導。第十七條自治州中級人民法院和自治州人民檢察院的領導成員中，應當有土家族和苗族的人員；工作人員應合理配備土家族、苗族和其他少數民族人員。第十八條自治州中級人民法院和自治州人民檢察院保障各民族公民都有使用本民族語言文字進行訴訟的權利，對於不通曉漢族語言文字的訴訟參與人，應當為其翻譯。