壹、辦理抵押手續的困難
我國《物權法》規定，房地產抵押應當辦理抵押登記，抵押權於登記時設立。該財產未經登記抵押的，不得設立抵押權。據此，借款人以房產作為抵押向小額貸款公司申請貸款的，雙方必須簽訂抵押合同，並辦理房產抵押登記手續。但在上海小貸公司的實踐中，房地產交易中心作為抵押登記機關，不受理小貸公司的抵押登記申請。
這個問題是各種原因造成的。我國《貸款通則》等相關法律法規規定，能夠提供貸款的貸款人是在我國依法設立的經營貸款業務的金融機構。此類機構必須經銀監會批準經營貸款業務，持有中國人民銀行頒發的《金融機構法人許可證》或《金融機構營業執照》，並經工商行政管理部門核準登記。根據現有法律，金融機構包括銀行業金融機構和非銀行業金融機構。非銀行金融機構是指除商業銀行和專業銀行以外的其他金融機構，主要包括信托、證券、保險、融資租賃等機構、農村信用社和財務公司。
在《貸款公司管理暫行規定》(銀監發[2007]6號)中，銀監會對貸款公司的定義是:境內商業銀行或農村合作銀行在農村地區依照有關法律法規，經銀監會批準設立，為縣域農民、農業和農村經濟發展提供貸款服務的“非銀行金融機構”。但顯然，小額貸款公司不是“貸款公司”。原因是，根據《指導意見》，小額貸款公司是經當地政府批準，由自然人、企業法人和其他社會組織投資，在工商行政管理部門登記註冊的企業法人。而且小額貸款公司既沒有獲得銀監會頒發的金融機構牌照，也沒有受到銀監會的監管。因此，小額貸款公司不是銀行業金融機構，也不是非銀行業金融機構，只是具有特殊金融業務(貸款業務)的非金融企業。這種身份上的模糊直接導致了小額貸款公司貸款和抵押管理的困境。
壹直以來，商業銀行是符合我國《貸款通則》要求，向社會公眾提供貸款的主要金融機構。《貸款通則》明確規定，企業不得違反國家規定辦理借貸或變相借貸融資業務。最高人民法院《關於企業借款合同借款人逾期不還貸款如何處理問題的批復》規定，“企業借款合同違反有關金融法規的，為無效合同”。同時還規定“企業以借貸名義向社會公眾發放貸款的，應當認定為無效”。可見，壹般不允許企業向其他企業和自然人發放貸款。
由於小額貸款公司不是金融機構，只是非金融企業，對於小額貸款公司這類特殊企業，國家並沒有出臺專門的發放貸款和辦理抵押登記的配套規定。因此，為避免違反企業不得辦理借貸或變相借貸融資業務的規定，抵押登記機關對非金融企業(包括小額貸款公司)辦理抵押登記采取了保守主義，即不受理公司提出的抵押登記申請。這個問題不僅體現在房地產交易中心，也體現在小貸公司拒絕對車輛或機器設備等法律允許的抵押財產進行登記的情況下。
第二，資本的利率。
根據《指導意見》的規定，小貸公司可向兩家及以下銀行業金融機構募集資金，融入資金的利率和期限由小貸公司與相應銀行業金融機構自主協商確定，利率以同期“上海銀行間同業拆放利率”為基礎加點確定。但從上海已成立的小額貸款公司反饋的情況來看，現在上海大部分商業銀行將小額貸款公司的這種融資定義為“授信”業務，而不是金融機構之間的借貸業務。也就是說，在實踐中，小額貸款公司向商業銀行融資時，應當按照普通企業的貸款利率計算利息。這就造成了小額貸款公司的資金成本遠高於預期。
需要進壹步明確小額貸款公司的這種融資是信貸業務、借貸業務還是其他類型的業務。但無論這種融資的性質是什麽，核心問題在於如何計算小額貸款公司資金融入的利率，以及如何將這壹利率與商業銀行目前的做法相銜接。由於小額貸款公司“只貸不存”的特殊限制，公司資金流動性壓力大。低成本資本能否註入小額貸款公司，關系到小額貸款公司的獨立和可持續發展。
第三，征信系統的對接問題
商業銀行在開展貸款業務時，可以利用中國人民銀行的征信系統了解借款人的詳細情況，從而準確判斷貸款風險。
根據中國人民銀行、中國銀監會《關於村鎮銀行、貸款公司、農村信用社、小額貸款公司有關政策的通知》的規定，符合條件的小額貸款公司可按規定申請加入企業和個人信用信息基礎數據庫。按照“先建立制度、先提交數據、後查詢用戶”的原則，接入企業和個人信用信息基礎數據庫的小額貸款公司應按照中國人民銀行的有關規定制定相應的管理制度和操作規程，定期報送相關數據，合規查詢和使用查詢結果，並接受中國人民銀行的監督管理。同時，《指導意見》規定，人民銀行應當跟蹤監測小額貸款公司的利率和資金流向，並將小額貸款公司納入征信系統。小額貸款公司應定期向征信系統提供借款人、貸款金額、貸款擔保、貸款還款等業務信息。
但目前小額貸款公司由於沒有開展與征信系統的對接工作，在實際操作中，只能要求借款人到央行查詢信用記錄，並向其提供身份信息。由於中國人民銀行對信用記錄的真實性不負責，使得小額貸款公司無法判斷借款人提供的信用記錄的真實性，因此無法對借款人進行風險審核。