壹、性質不同
1、公司年度檢驗是指工商行政管理機關依法按年度對公司進行檢查，確認公司繼續經營資格的法定制度。
2、公司年報是由董事會主持編制向有關主管機關及股東大會匯報的有關公司經營的財務狀況等的書面報告材料。
二、內容不同
1、公司年檢
（1）公司登記事項執行和變動情況；
（2）股東或者出資人的出資或提供合作條件的情況；
（3）公司對外投資情況；
（4）公司設立分支機構情況；
（5）公司生產經營情況。
2、公司年報壹般包括：公司的損益表、公司主要業務活動的情況、固定資產所發生的重大改變、發行新股的情況、發行債券的情況、捐款、在職董事名單、股息分派意見、董事與公司之間發生契約關系的內容、董事購取公司股份或債券的協議詳情、儲備金現狀及建議等。
內資企業年檢註意事項
壹、企業應按登記主管機關指定的年檢月份參加年檢，不得提前辦理，逾期年檢登記主管機關將按有關法律、法規予以處罰。
二、企業辦理年檢時，應提交執照正、副本，年檢報告書、IC卡（工商企業卡），會計（審計）師事務所出具的年檢查帳報告或審計報告，資產負債表和損益表。
三、企業辦理年檢所提交的文件或材料必須整潔，不得塗抹、刪改，應當使用鋼筆、毛筆或簽字筆填寫表格或簽字，不得使用圓珠筆。用紙規格必須為16開紙。年檢報告書法定代表人應簽字。
四、被評為“重合同、守信用單位”的企業，憑市政府頒發的證書，只須提供資產負債表、損益表辦理年檢。
以上內容參考?百度百科——公司年報、百度百科——公司年檢