1986年，周誌農認識了傅，他首先提出了“拼音加”的思想。周誌農和何確定了編碼方案，並在計算機上實現，命名為金獎智能碼。
為了推廣金牌智能碼，周誌農和傅成立了壹個實體，隸屬於壹個發明創造部門。但兩者的合作只持續了壹年多，因為在輸入法的雙拼和壓縮的關鍵位置上分歧很大。當時很流行CCDOS的壓縮拼音，但是傅堅持自己的雙拼壓縮方案，拒絕在CCDOS之前學習CCDOS。周誌農堅持把金牌智能碼的雙拼壓縮鍵改成和CCDOS壹樣。傅說，要改就自己改，周誌農就出去開始自己改了。
1988 10，自然碼1.0上線，掛靠北京市東城區科協，中國軟件公司軟件服務中心銷售，周誌農分紅。
1989年中軟重組，周誌農轉到北京電子技術咨詢服務中心，獨立記賬，有壹定的管理費。此時，周誌農在中關村黃莊某大廈的地下室租下了自己的第壹間辦公室。周誌農在陰暗的地下室待了三四個月，每天按照全國單位全集寄信、發宣傳頁。
自然代碼逐漸出名，開始花1000多元在計算機世界做廣告，效果不錯。周誌農最早的推廣方式是舉辦壹個小型展覽，用戶可以拿著身份證和工作證回去免費試用軟件。
周誌農用壹點收入，雇了七八個兼職，每天出去給大單位的人演示自然代碼。如果用戶感興趣，他們將離開試用版，稍後聯系他們。這個時候周誌農的實體壹個月收入4萬多，但是不敢積累，因為這個時候掛靠的國有單位開始不景氣，越來越難把錢拿出來。
當時周誌農想註冊壹家公司，但是因為社會經驗不足，不知道關系。周誌農看了《辦公司條例》，被要求註冊資本要那麽多，註冊會員要那麽多，很多會員要有職稱，要有專職會計，嚇了壹跳。正是從新加坡，周誌農下定決心經營壹家公司。周誌農在新加坡找到了最初的自信。新加坡有個商人願意出錢開公司，讓周誌農進去做。周誌農不願意在新加坡把自然碼變成產品，然後自己享受壹份。這時，周誌農遇到了他渴望的夥伴。1991 6月，周誌農、何、在民族飯店商談成立公司事宜。何和當時主要做硬件生意，每個月能賣出幾千臺1600K打印機。所以公司成立之初的分工是何、負責硬件銷售，周誌農負責軟件。大家合夥組建公司，是為了“互相依靠，有利”。
當時，該公司沒有命名為自然代碼，因為他趙廣和李沛有硬件業務要做。該公司被命名為超翔，因為它想利用聯想的知名度。
剛開始因為還沒有利益，大家都在為目標奮鬥，所以大家合作愉快，“皆大歡喜。”
半年後，超翔公司的打印機銷量開始下滑，公司原有的分工計劃無法維持。外出獨立成立港五奧環公司做收銀生意，何開始涉足自然碼生意。當時周誌農並沒有堅決反對何幫忙做自然碼，因為當時周誌農並不知道自然碼這個軟件能有多少收入，能有多大前途。“既然大家都願意壹起做，也沒什麽不好。”
超越的註冊是由李沛完成的，他從中關村聯合通訊社找到了壹份證明並註冊了公司。後來官司打到法院，超越在法律上成為中關村美聯社的獨家投資註冊公司，雖然當時美聯社沒有向超越投資壹分錢。
周誌農不是超越法定代表人的原因是檔案在原單位，壹時拿不出來，不方便執業，所以沒做。
何的想法是，既然朝香的分工發生了變化，就應該重新分配持股關系。然而，李沛不同意這壹事件，並把它拖了下來。但超翔的宣傳、銷售、產品開發都不能停下來等股份澄清，於是超翔帶著問題往前走。
當時周誌農並不急著簽分成協議，因為他壹直牢牢掌握著自然碼，所有的產品都是自己在家加密的。磁盤加密後，他拿到了公司的拷貝。周誌農天真的以為，如果他不做，或者沒有拿到他的提成，公司就沒法走下去了。
自然代碼和超想CXDOS的業務越做越好，程序越做越大，讓周誌農實在忙不過來，於是邱勁松和趙泉新加入進來，雷軍也來幫忙。
1992年，超翔公司賺了40多萬，盈利100多萬，周誌農得了5萬。周誌農對這種分配很滿意。1993期間，超翔公司高速發展，企業蒸蒸日上。年技術性收入200多萬元，利潤60萬元左右。我想成為國內知名的軟件品牌，我有條件也有機會邁上新的臺階。
1994年春，中文DOS平臺大戰開始，UCDOS、loong、天匯等強勁對手加入競爭，渴望面臨轉折。此時此刻，周誌農希望澄清壹下股份和軟件著作權的問題。
這個時候，周誌農對自然代碼和超思維CXDOS有了足夠的信心，於是要求更換法人代表，或者開發部門和公司相對獨立，像當時的北京金山公司，毛利多少百分比歸開發部門。“錢到了開發部，我來分配，不跟公司混。”我很想覺得我做不到這壹點。因為周誌農拿不到經濟權，後來也不讓他參與分配。公司開發費用從銷售額的10%降到5%再降到3%，並多次抱怨開發費用太高。
周誌農從股東的身份降為技術部主任的身份，“他還是技術部主任，沒有實權”。
周誌農被排除在自然碼和漢字系統之外的項目。即使周誌農談了項目，“最後的決定也要由他們來做。”我渴望決定從事財務軟件和教學軟件。周誌農認為不可能成功。“因為財務軟件投入很大，所以他們渴望去做。他們堅持做，是因為只做自然代碼和思考CXDOS無法消除自我中心的影響。”
這個時候，周誌農開始後悔當初很多事情沒有談妥。“壹切都是微妙的，慢慢改變的。剛開始並不追求，現在已經逐漸形成了壹個公式。如果要改，相當於剝奪了別人的既得利益，肯定會有很大的反彈。”
但周誌農還是和幾個技術人員商量“反擊”，要求公司公開賬目，說清楚賺了多少利潤，怎麽分配的。該公司拒絕透露其賬目，稱其無利可圖。周誌農停掉了產品，想讓公司開始斷貨。
這樣僵持了壹段時間後，周誌農想談個妥協，公司拒絕了，他想辦法讓周誌農的手下交出程序源代碼。周誌農壹氣之下不去上班了。有人打電話到超翔公司找周誌農，公司說周誌農出差了。有了源程序，產品照樣能賣，公司沒有周誌農照樣能運轉。所以，周誌農在1994的電腦展上是那麽的激動。
自從想離開，周誌農就壹直依戀著長城業務促進中心。周誌農對軟件進行了改進，推廣了壹個版本的“自然碼5.61”、“自然碼ForWin”、“自然碼中文集成環境”。超翔以“自然碼ForWin”和“自然碼中文集成環境”屬於職務發明為由，起訴長城商務促進中心。同時，周誌農還起訴超翔公司，索要超翔公司的股份和財產權，認為自己與超翔之間不是雇傭關系，因此不存在職務發明的問題。
由於開辦公司時工商部門保存的原始文件中，朝翔是中關村聯社的產權，法院認定周誌農等人從聯社承包了朝翔，周誌農只是承包人之壹。既然是承包人，周誌農的股份權和產品權就不能得到支持。周誌農在隨後的訴訟中辯稱，既然法院認定超翔公司是承包承包，那麽仍然不是雇傭關系。因此，“自然碼ForWin”和“自然碼中文集成環境”不能簡單認定為職務發明。
雖然官司耗時，但“這官司打不起來。如果我不打，我可能會失去自然代碼版權的ForWindows部分。”周誌農認為，沒有《自然密碼ForWin》的版權，就失去了基礎。
向朱崇軍學習
周誌農和朱崇軍私交不錯。周誌農與他人合作失敗，朱崇俊自始至終獨立制作CCED，並取得巨大成功。
不同的道路，不同的結果，周誌農認為自己和朱崇軍的區別在於，朱崇軍有豐富的社會經驗，他生長在知識分子家庭，對社會壹無所知，也不知道人會有很多想法。“我總覺得我幫妳妳就幫我，大家在壹起就好了。”而“朱崇俊不肯合作，所以他沒有走錯路。雖然他很慢，但他可以慢慢爬起來，不會摔倒。”
中關村有很多人和周誌農同病相憐。王誌東、廖恒毅、武曉軍等人的經歷，讓周誌農深深感受到“程序員和管理者的合作，靠的是機會。投資人或者合作者選擇的好，成功的幾率比較高。如果他們選的不好，成功的時候可能會被排擠。”
周誌農不想把命運交給別人或者機會。他決定不能再僅僅作為壹名技術人員與他人合作。雖然作為技術人員與他人合作時很容易找到合作夥伴，“但那樣的話，就會帶來反復的問題。”
“我想要的合作是模糊的。不知道自己的價值是什麽。這種情況下，別人很難承諾給多少股份。”而“以後找人合作會更謹慎，不只是說說而已，什麽都不考慮，什麽都不要求。”
以公司名義合作，以公司名義接受投資，沒有壹定實力是沒辦法的。所以壹開始壹定要自己先打好基礎，跟包先做，再賣是壹樣的。
想了這麽多，周誌農經營合作公司的經驗是:
首先，我們應該與他人合作，但我們不應該過分依賴他人。在合作中，要看清自己的實力，自己有什麽保留。“在超想，我不是說沒有預約。但是公司發展太快，我控制不了。每月的產品產量很大，我壹個人在家根本做不完。發展不是我壹個人能做的，還得和別人合作。”
第二，合作雙方在產品方向上要基本壹致。如果分歧大，最好不要壹開始就壹起做，因為“越做矛盾越多。”
第三，盡早決定分歧容易提前想到的地方，不要等到分歧已經出現才辯論。
第四，技術人員要做壹把手。“中關村技術人員的力量普遍太弱，完全被運營商控制，這使得技術的發展是壹種扭曲的發展。”