變化二：在人員比例方面，放寬對科技人員和研發人員比例的要求。新辦法由現行“科技人員占企業當年職工總數的30%以上”調整為“科技人員占企業當年職工總數的比例不低於10%”，同時取消了“大學專科以上學歷”的限制；取消“研發人員占企業當年職工總數的10%以上”的規定。對於部分傳統行業的大型企業而言，是壹大利好。
變化三：在研發費用方面，降低研發費用比例要求。研發費用比例是在高新企業認定中最為核心的指標之壹，新辦法將“三檔”降為“兩檔”，以2億元作為分水嶺，設置4%和3%兩個比例。將2億元以下統壹設置為4%，取消6%的比例規定，意在鼓勵中小企業的科技創新和發展，使得包括“新三板”在內的中小企業可以申請高新資格。
變化四：在申請材料方面，增加企業所得稅年度納稅申報表。新辦法規定，申請高新資格提交的材料中應包含“近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表”，同時，對企業稅務的規範性提出了更高的要求，企業歷年的納稅申報記錄與會計報表等提交其他資料應保證內在邏輯的壹致性。2014版申報表由原來的17張增加到41張，為稅務機關開展所得稅後續管理和風險管理、納稅評估提供了基礎信息。
變化五：在年度備案方面，增加填報“年度發展情況報表”要求。現行辦法並沒有明確要求高新企業年度進行備案，而是在國稅函2009203號文第五條就產品（服務）範圍、研究開發費用、高新技術產品（服務）收入筆比重、科技人員比例，要求企業應向主管稅務機關備案。新辦法將高新企業年度備案列為法定義務，在具體備案的內容上基本與203號文保持壹致，特別需要強調的是，按照新辦法第十九條的規定，“累計兩年未填報年度發展情況報表的，將被取消高新技術企業資格，同時依據本條的規定，被取消高新技術企業資格的企業要被追繳其發生上述行為所屬年度起已享受的高新技術企業稅收優惠”。
變化六：在名稱等信息變更方面，未進行報告將被取消高新企業資格。在新的規定出臺之前，企業可以參考123號文的要求，及時向主管部門報告。否則按照新辦法的規定，將被取消高新技術企業資格，並要被追繳其發生上述行為所屬年度起已享受的高新技術企業稅收優惠。
變化七：企業重大違規行為將被取消高新企業資格並補稅。現實生活中存在由於高新技術企業的壹個輕微違規行為，便被取消資格的現象，因此，新規定更加尊重實際工作中的千差萬別，更公平合理。值得註意的是，主管機關將會有很大的自由裁量權，因此國家需要有進壹步規定來防範權力濫用。現行辦法規定，法定情形下取消的高新技術企業未來5年不得申請高新資格，但新辦法予以取消，並規定是按照征管法予以處理，體現了稅收法定原則。
變化八：在公示時間方面，由之前的15個工作日縮短為10個工作日，提高了工作效率，從2015年的申報來看，評審進度較以往年度有了大幅的提高，4月第壹批認定的企業7月就公示，11月初就拿到證書，這是近幾年來最快的壹年。