(1)由於企業財務人員專業水平參差不齊，很多企業對企業所得稅政策不熟悉。
由於所得稅計算復雜，政策性強，很多企業的財務人員還沒有全面、準確地掌握企業所得稅稅前扣除項目的基本規定、扣除依據和扣除比例。
部分企業存在超標準提取費用、超年度攤銷費用、將有標準控制的費用納入無標準控制的費用、享受減免稅的企業隨意調整納稅申報等問題。這些問題不僅影響了稅收政策的正確執行和企業財務核算的真實性，也增加了納稅人和稅務機關的納稅成本。
(二)由於缺乏企業所得稅業務培訓，許多稅務人員的專業素質不能完全滿足工作需要。
擴展數據:
壹、稅前扣除規定與企業實際會計處理的關系
(1)稅法優先原則:在計算應納稅所得額時，企業財務、會計處理方法與稅收法律法規規定不壹致的，應當按照稅收法律法規的規定計算。(鉑略:企業所得稅法第二十壹條)
例如，職工福利費的範圍與財務部和稅函中的相關規定不壹致，而國家稅務總局在回答有關稅收的問題時明確，按照稅函中的文件處理所得稅；在賬務處理上，按財政部文件執行。不壹致的，按照稅法的標準執行。
在實踐中，還必須註意稅法優先原則在其他方面的體現。比如合同中寫明股權轉讓產生的個人所得稅由個人承擔，但對方承擔這部分費用。實際操作中，如果沒有繳納個人所得稅，稅務部門還是會找人承擔責任的。
(二)稅法協調原則:企業根據財務會計制度在財務會計處理中實際確認的費用，未超過企業所得稅法及相關稅收法規規定的稅前扣除範圍和標準的，應當在企業所得稅前扣除企業實際會計處理中確認的費用，並計算其應納稅所得額。中華人民共和國國家稅務總局公告2012第15號
(三)稅法空白原則:稅收法律法規和國務院財政稅務主管部門沒有明確規定的具體扣除項目，在不違背稅前扣除基本原則的前提下，按照國家財務會計法規計算。
比如關於勞保支出，目前只規定了具體的扣除範圍，沒有規定扣除標準，所以企業可以按照國家財務會計規定進行計算。