壹、依據：
《中華人民***和國企業所得稅法》、《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》、《財政部 國家稅務總局關於企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（財稅〔2009〕59號）、《國家稅務總局關於發布〈企業重組業務企業所得稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2010年第4號）。
二、企業申請時限：
企業壹般應在重組業務完成年度內提出企業所得稅適用特殊性稅務處理備案申請，截止日期為次年3月底。吸收合並為合並後擬存續企業、新設合並為合並前資產較大的企業，作為重組主導方提出備案申請。若重組主導方在外省(市)，非主導方在本市，且主導方所屬主管稅務機關不提供給該省(市)外企業特殊性稅務處理備案結果通知書的，可由本市企業自行向主管稅務機關申請備案。
重組主導方收到主管稅務機關發送的《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理預備案通知書》後，通知被合並企業辦理稅務、工商註銷登記。重組主導方在被合並企業辦理完稅務、工商註銷登記後三十個工作日內再向其主管稅務機關報送被合並企業註銷登記情況相關資料。
三、企業提交的材料：
（壹）申請備案時報送的資料：
1.當事方企業合並的總體情況說明，情況說明中應包括企業合並的商業目的（商業目的按國家稅務總局公告2010年第4號第十八條規定的條款逐項說明）;
2.《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理備案申請表》；
3.《企業合並業務申請企業所得稅特殊性稅務處理資產和負債計稅基礎明細表》；
4.企業合並當事方簽訂的合並協議或決議原件和復印件；
5.企業合並各方當事人的股權關系說明。若屬於同壹控制下且不需要支付對價的企業合並，還需提供在企業合並前，參與合並各方受最終控制方的控制在十二個月以上的股權登記機關的證明材料;
6.被合並企業的凈資產以及各單項資產和負債賬面價值等相關報表原件和復印件；
7.證明重組符合特殊性稅務處理條件的資料，包括合並前企業各股東取得股權支付比例情況、以及重組日起連續十二個月內不改變資產原來的實質性經營活動、原主要股東不轉讓所取得股權的承諾書等；
8.被合並企業重組日前壹個年度蓋有原稅務機關受理章的企業所得稅年度納稅申報表（A類）主表、附表復印件及其對重組日資產和負債計稅基礎的相關情況說明，或具有資質的中介機構出具的被合並企業資產和負債計稅基礎的審計報告；
9.若需要政府部門批準合並的，提供企業合並的政府部門批準文件原件和復印件；
10.若被合並企業合並前有尚未稅前彌補虧損額的，則需提供虧損發生年度及已彌補虧損年度的企業所得稅年度納稅申報表（A類）主表和虧損明細表原件和復印件及相關說明；
11.若被合並企業有國家稅務總局公告2010年第4號第二十八條規定的尚未享受期滿的稅收優惠政策，則需提供稅務機關已給予的有關減免稅批準或備案結果文書原件和復印件；
12.稅務機關要求提供的其他材料。
（二）被合並企業稅務、工商註銷後報送的資料：
1.被合並企業稅務註銷證明原件和復印件；
2.被合並企業工商註銷證明原件和復印件；
3.工商部門核準相關被合並企業股東股權變更證明材料（同壹控制下且不需要支付對價的企業合並除外）。
備註：重組主導方在申請備案時除將上述資料報送其主管稅務機關外，同時還需將其中的“當事方企業合並的總體情況說明、《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理備案申請表》、《企業合並業務申請企業所得稅特殊性稅務處理資產和負債計稅基礎明細表》、被合並企業重組日前壹個年度蓋有原稅務機關受理章的企業所得稅年度納稅申報表（A類）主表和附表復印件及其計稅基礎相關說明（或具有資質的中介機構出具的被合並企業資產和負債計稅基礎的審計報告）”報送被合並企業主管稅務機關。
四、權限：
當事各方均在本市（含當事各方不屬同壹個主管稅務機關征管）的，分局審核；當事各方屬於跨省(市)主管稅務機關征管的，市局審核。
五、期限：
分局三十個工作日（因情況復雜需要核實，在規定期限內不能做出決定的，經分局分管局長批準，可以延長三十個工作日）；
市局六十個工作日（其中分局從受理之日起在三十個工作日內報市局）。
六、流程：
1.受理窗口——稅務所——職能科（處）室——分局局長室
2.受理窗口——稅務所——職能科（處）室——分局局長室——市局
七、分局工作要求：
1.審理企業報送資料是否齊全，核查企業提交的相關原件和復印件資料，並在復印件上加蓋“復印件與原件壹致”印章，同時將原件歸還企業；
2.審核企業重組業務是否符合企業所得稅特殊性稅務處理的條件；
3.就合並業務涉稅事項與被合並企業主管稅務機關進行聯系溝通；
4.應由市局備案的，以發文形式向市局提出備案申請；
5.自作出決定或收到市局通知文件十個工作日內向企業發送《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理預備案通知書》或《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理備案結果通知書》和《告知書》（僅指不予備案的）；自收到企業報送的被合並企業稅務、工商註銷相關資料後十個工作日內向企業發送《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理備案結果通知書》和《告知書》;
6.屬分局審核的，在向企業發送《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理備案結果通知書》後的十五個工作日內，將分局受理備案的企業合並所得稅特殊性稅務處理的相關資料以及備案結果通知書復印件壹並報送市局。
備註：被合並企業主管稅務機關在收到企業合並業務企業所得稅特殊性處理相關申請資料後十五個工作日內以《企業合並業務稅務聯系單》形式將情況反饋給重組主導方所屬主管稅務機關。在收到重組主導方稅務機關抄送的《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理預備案通知書》及受理被合關企業註銷稅務登記申請後七個工作日內，辦理稅務註銷登記。在辦理完被合並企業註銷稅務登記後的十個工作日內以《企業合並業務註銷稅務登記情況反饋單》形式將已辦理註銷稅務登記情況反饋給主導方企業主管稅務機關。
八、回復方式：
《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理預備案通知書》（發送給重組主導方同時，抄送給被合並企業及其主管稅務機關）；《企業重組業務——企業合並企業所得稅特殊性稅務處理備案結果通知書》和《告知書》（發送給合並企業同時, 抄送給被合並企業及其主管稅務機關、被合並企業股東及其主管稅務機關）。
日前，國家稅務總局下發了《關於納稅人資產重組有關增值稅政策問題的批復》（國稅函[2009]585號），對企業資產重組業務的增值稅處理作了進壹步明確。聯系之前公布的《財政部、國家稅務總局關於企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（財稅[2009]59號），對於企業的重組業務，應如何計算繳納增值稅呢？
按照稅法規定，企業重組是指企業在日常經營活動以外發生的法律結構或經濟結構重大改變的交易，包括企業法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合並、分立等。
企業法律形式改變的增值稅處理
企業法律形式改變是指企業註冊名稱、住所以及企業組織形式等的簡單改變。具體而言，對於企業註冊名稱、住所的改變，企業應當變更稅務登記；涉及改變稅務登記機關的，企業應向原稅務登記機關申報辦理註銷稅務登記，並自註銷稅務登記之日起30日內向遷達地稅務機關申報辦理稅務登記。由於經營存續，企業原本的增值稅納稅事項由變更後的企業承繼。
如果企業的組織形式發生改變，比如由法人轉變為個人獨資企業、合夥企業等非法人組織，或將登記註冊地轉移至中華人民***和國境外，企業需要依法進行註銷和清算。根據《財政部、國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅[2005]165號）規定，壹般納稅人註銷，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。同時，按照公司法的規定，企業清算時要進行財產的清理、債務的清償和剩余財產的分配等，因此，企業的存貨、固定資產等在出售、抵債或分配給投資者時應依法計算繳納增值稅。
債務重組的增值稅處理
債務重組是指在債務人發生財務困難的情況下，債權人按照其與債務人達成的書面協議或者法院裁定書，就其債務人的債務作出讓步的事項，包括以非貨幣資產清償債務、債轉股、以低於債務計稅基礎的現金清償債務和修改其他債務條件等方式。其中，涉及增值稅處理的是以非貨幣資產清償債務。根據《增值稅暫行條例實施細則》的規定，銷售貨物是指有償轉讓貨物的所有權，所稱有償，是指從購買方取得貨幣、貨物或者其他經濟利益（如債務的減少）。因此，債務人需要就以非貨幣資產清償債務的行為計算繳納增值稅、營業稅等稅款。
股權收購的增值稅處理
股權收購是指壹家企業（收購企業）購買另壹家企業（被收購企業）的股權，以實現對被收購企業控制的交易。收購企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。其中非股權支付是指以本企業的有價證券、存貨、固定資產、其他資產以及承擔債務等作為支付的形式。非股權支付相當於收購企業先向被收購企業轉讓非貨幣性資產，再用轉讓取得的經濟利益購買被收購企業的股權。因此，股權收購中如果收購企業的非股權支付涉及存貨和固定資產等內容，收購企業應依法計算繳納增值稅。
例泰達公司地處江蘇，為增值稅壹般納稅人。2009年10月，該公司與宏成公司簽訂股權收購協議，泰達公司以本企業10%的股權（公允價值600萬元）和壹套設備（2008年購進並投入使用，賬面價值300萬元，公允價值400萬元），收購宏成公司持有的瑞豐公司60%的股權（計稅基礎200萬元，公允價值1000萬元）。根據《財政部、國家稅務總局關於全國實施增值稅轉型改革若幹問題的通知》（財稅[2008]170號）和《國家稅務總局關於增值稅簡易征收政策有關管理問題的通知》（國稅函[2009]90號）的規定，泰達公司應繳納增值稅400÷（1+4%）×4%÷2=7.69（萬元）。
資產收購的增值稅處理
資產收購是指壹家企業（受讓企業）購買另壹家企業（轉讓企業）實質經營性資產的交易。同理，受讓企業非股權支付涉及的增值稅處理和股權收購業務相同，此處不再贅述。但不同之處在於，由於資產收購中轉讓企業轉讓了收購資產並取得了經濟利益，如果轉讓資產涉及存貨和固定資產等內容，需要依法計算繳納增值稅。
例松林公司2009年11月與輝騰公司簽訂資產收購協議，松林公司收購輝騰公司壹項專利技術（賬面價值1500萬元，公允價值2000萬元）和壹套生產線（2009年1月購進並投入使用，賬面價值3300萬元，公允價值4000萬元）。松林公司的收購對價包括銀行存款4000萬元和壹批存貨（賬面價值1500萬元，公允價值2000萬元），兩公司均為增值稅壹般納稅人。則松林公司需要繳納增值稅2000×17%=340（萬元）；按照財稅[2008]170號文件規定，輝騰公司應繳納增值稅4000×17%=680（萬元）。
合並的增值稅處理
按照財稅[2009]59號文件的規定，合並是指壹家或多家企業（被合並企業）將其全部資產和負債轉讓給另壹家現存或新設企業（合並企業），被合並企業股東換取合並企業的股權或非股權支付，實現兩個或兩個以上企業的依法合並。和前面提到的資產收購和股權收購類似，企業合並同樣會涉及非股權支付中涉及存貨和固定資產的增值稅處理問題，這裏不再重復。需要說明的是，由於企業合並是包括資產、負債、人員等在內的企業產權的轉移，根據《國家稅務總局關於轉讓企業全部產權不征收增值稅問題的批復》（國稅函[2002]420號）的規定，被合並方存貨、固定資產等的轉移不屬於增值稅的征收範圍，不征收增值稅。此外，如果被合並企業在合並前有未抵扣的進項稅，可以繼續在合並企業抵扣。
分立的增值稅處理
分立是指壹家企業（被分立企業）將部分或全部資產分離轉讓給現存或新設的企業（分立企業），被分立企業股東換取分立企業的股權或非股權支付，實現企業的依法分立。通常可以將企業分立分為存續分立和解散分立。所謂存續分立，是指壹家企業將部分資產依法分出，成立兩個或兩個以上企業的行為。在存續分立方式下，原企業繼續存在。所謂解散分立，是指壹家企業將其全部資產分離並轉讓給兩個或兩個以上企業，同時原企業依法解散，其債權、債務由分立企業分別承擔。和企業合並類似，在企業分立過程中，同樣會涉及非股權支付的增值稅處理問題。
例通達公司由佳樂公司和億科公司***同投資成立，分別占80%和20%的股份。為滿足經營需要，通達公司剝離部分凈資產（賬面價值300萬元，公允價值400萬元）給凱樂公司（增值稅小規模納稅人）。凱樂公司確認佳樂公司和億科公司的投資額分別為240萬元和60萬元，同時分別向佳樂公司支付壹批本公司生產的服裝（賬面價值50萬元，公允價值80萬元），向億科公司支付壹輛本公司的小汽車（賬面價值26萬元，公允價值20萬元）。按照財稅[2009]9號文件和國稅函[2009]90號文件的規定，凱樂公司需要就非股權支付的服裝計算銷項稅80÷（1+3%）×3%=2.33（萬元）；需要就非股權支付的小汽車計算銷項稅20÷（1+3%）×2%=0.39（萬元）。
需要說明的是，企業分立是資產、負債、勞動力、技術等要素的同時轉移，區別於壹般的資產轉讓，按照國稅函[2002]420號文件的規定不需要繳納增值稅。而國稅函[2009]585號文件所說的企業在資產重組過程中將所屬資產、負債及相關權利和義務轉讓給控股公司，但保留上市公司資格的行為，嚴格來說並不屬於國稅函[2002]420號文件中的轉讓企業產權的行為，因此需要就資產轉移行為征收增值稅，可以說兩個文件規定的精神實質是壹致的。