1，兩者包含的範圍不同，
工程竣工結算是指在工程實施過程中，根據工程進度、施工合同和建設監理對工程價款進行結算，並根據超出施工合同範圍的工程變更對施工圖預算價格進行調整，以確定工程最終結算價格。分為單位工程竣工結算、單項工程竣工結算和建設工程竣工匯總計算。竣工結算工程價款等於合同價款加上施工過程中合同價款的調整金額減去預付已結算的工程價款減去保修金。
竣工決算包括從募集到竣工投產全過程的全部實際費用，包括建造費、安裝費、設備工具購置費、準備費、投資方向調解稅等。根據財政部、發改委、建設部相關文件規定，竣工決算由竣工財務決算、竣工財務決算、工程竣工圖、工程竣工造價對比分析四部分組成。前兩部分又稱為建設項目決算，是決算的核心內容。
2.編制人和審核人不同:
單位工程竣工結算由承包人編制，發包人審核；總承包工程由具體承包商編制，在總承包商審核的基礎上，由發包人審核。單項工程竣工結算或建設工程竣工總結由總承包單位編制，發包人可直接審核，也可委托具有相應資質的工程造價咨詢機構審核。
建設工程竣工決算文件由建設單位負責組織人員編制，報主管部門審查，並抄送有關設計單位。大中型建設項目的竣工決算也應抄送財政部、中國建設銀行總行、省、市、自治區財政局和中國建設銀行各分行。
3.他們的目標不同。
結算是在施工完成後編制的，反映基本建設項目的實際成本。
竣工決算是竣工驗收報告的重要組成部分，是正確核算新增固定資產價值、評價分析投資效果、建立健全經濟責任制的依據，是反映建設項目實際成本和投資效果的文件。決算應正確核算新增固定資產的價值，評估投資效果。會計的作用:
壹是會計數據能夠有序處理，確保會計記錄正確完整，會計信息相關可靠；
二是可以減少不必要的會計環節和程序，節省人力、物力和財力，提高會計工作效率；
三是對會計工作的分工協作和責任分工，充分發揮會計工作的監督職能也具有重要意義。
我國目前常用的會計程序有四種:記賬憑證會計程序、匯總記賬憑證會計程序、匯總賬戶會計程序和多欄式日記賬會計程序。此外，還有日記賬總賬會計程序和日記賬會計程序。