企業集團內部成員之間，由於生產制造、銷售、研發、管理、投資等不同的環節和功能彼此相對獨立，帶來的利潤歸屬、承擔的風險各不相同。按照我國稅法規定，關聯企業間業務往來必須遵循獨立交易原則，集團內部企業的利潤歸屬應與獨立企業在類似功能風險承擔情況下所獲取的利潤大致相符，不然將面臨稅務機關轉讓定價調查風險。
風險二:享受稅收協定優惠要符合“受益所有人”身份
近年來，越來越多的非居民企業申請享受稅收協定優惠。需要提醒註意的是，只有符合“受益所有人”身份，非居民才能享受到協定優惠。根據我國稅法規定，非居民企業如果僅是在協定國登記註冊，以滿足法律所要求的組織形式，而不從事研發、生產、銷售、管理等實質性經營活動，不符合“受益所有人”身份，不能享受稅收協定優惠。
風險三:忽視合同備案和同期資料準備義務
根據我國稅法相關規定，居民企業與非居民企業簽訂承包工程作業、勞務、貸款、技術轉讓、財產轉讓、租賃等合同後，要在規定的時間內到主管稅務機關進行合同備案。如未履行備案義務，企業將面臨相關行政處罰的風險。同時，年度關聯購銷金額2億元以上或者其他關聯業務往來金額4000萬元以上的企業，還要按規定準備、保存、提供同期資料。如未履行同期資料準備義務，企業將面臨行政處罰、反避稅調查、增加罰息等風險。
風險四:股息分配未扣繳非居民企業所得稅
按照我國稅法規定，非居民企業及合格境外機構投資者從中國居民企業取得的股息、紅利，通常要按照法定稅率10%繳納企業所得稅。
風險五:關聯企業間股權轉讓不按公允價值交易
近年來跨境股權重組交易活躍，以不合理低價轉讓境內企業股權的情況時有發生。按照我國有關規定，如股權轉讓行為不符合特殊性稅務處理條件，要按公允價值轉讓;通過特定稅收安排規避股權轉讓收益，將面臨稅務機關調查調整的風險。
風險六:間接股權轉讓不按規定申報納稅
—些上市公司錯誤認為，跨國間接轉讓我國居民企業股權無需在中國納稅。根據我國稅法規定，符合—定條件的間接股權轉讓，中國具有稅收管轄權。需要提醒的是，跨國公司在對我國居民企業的股權間接轉讓之前，需要確定具體的間接股權轉讓行為是否存在管轄權爭議，以增強稅收確定性，避免事後調整的風險。