企業要進行納稅自查的原因包括：
1、稅務機關在稽查前要求企業自查；
2、稅務機關發現納稅疑問要求自查並解釋。
隨著《納稅評估管理辦法》（國稅發200543號）的頒布和推廣，現在很多企業收到稅務機關的《稅務質疑約談通知書》或者是《稅務異常預警通知書》，企業需要向稅務機關解釋。
接到類似的通知書，企業應該怎麽辦？很多企業都是六神無主，心理驚慌，壹心壹意想補點稅款，跟稅務機關疏通關系了事。這些應對方法都是錯誤的，我們提供以下建議供企業參考：
1、“面黃的不壹定有病”。有些企業不了解《納稅評估管理辦法》的內容，以為稅務機關要求自查或者約談或者預警就是發現了企業的問題，肯定被人抓住了把柄，不補點稅肯定擺脫不了幹系。
很多企業急急忙忙補稅就是因為上述原因和心理造成的。建議大家首先要學習《納稅評估管理辦法》，今後，稅務機關納稅評估已經是壹項正常的管理手段，企業會經常面對。稅務機關發現了疑點，企業需要分析的是稅務機關的疑問是否合理，企業是不是真的存在納稅問題。如果沒有問題，提出合理的解釋就可以，沒有必要心慌。面黃的人不壹定是病人，發現妳面黃，不是妳就有病在身。所以，首先要保持鎮靜，不要陷入恐慌。
2、了解稅務機關發出通知的背景。稅務機關發出稽查或者自查或者預警通知書往往有壹定的背景，比如：全國範圍內的專項檢查，重點行業檢查，重點稅種檢查等。了解稅務機關發出通知的背景，我們才能做好自查，以免草木皆兵，到處自查。了解情況可以通過稅收管理員、稅務機關其他人員、中介人員、了解稅務文件等方式獲取信息。
3、根據稅務機關的要求自查。根據稅務機關的要求進行自查。稅務機關檢查的重點也是企業自查的重點。企業自查應該把關註點放在重大稅務風險和重大稅務漏洞上，至於平時的小會計差錯，白單入賬、申報計算差錯等小錯誤可以置之不理。有重大問題，應及時更正，並考慮補稅，沒有重大錯誤，不應該因為恐慌而補稅。
4、編寫自查報告。自查報告的內容應該包括：
公司情況介紹，公司采取了哪些自查措施，自查的結論。對稅務機關提出的質疑進行分析，提供相關證據說明企業沒有問題。
例如：稅務機關質疑，公司為什麽連續多年虧損？企業應該分析企業虧損的原因，是銷售沒有達到設計規模還是銷售量上不去，還是促銷費用太高？每家企業都希望盈利，但是不是每家企業都能盈利，不盈利也是壹種真實的經營狀態。關鍵是企業能夠解釋清楚，企業究竟為什麽虧損。
例如：稅務機關質疑：公司為什麽稅負偏低？企業應該分析公司的稅負是如何形成的，稅負偏低的原因是哪些？最好可以結合《納稅評估管理辦法》中的分析指標進行計算，因為稅務機關就是運用這些計算公式來分析企業的。
自查如果發現重大差錯補稅，也應該把來龍去脈講清楚，把涉及的背景，金額，需要補稅的金額說明清楚，不能說：我補20萬稅，稅務機關就算了。如果妳這樣，稅務機關可定認為妳的賬還大有潛力可挖。
5、與稅務機關溝通。提供了書面自查報告以後，還應該主動與稅務機關溝通，當面解釋。總之務必在評估階段把問題解決，否則引起稅務稽查可能稅務風險更大。