稅費改革後，對交管所的職能進行重新定位，明確交管所運輸市場管理、路政管理、農村公路管養監督、服務農村公路建設、行業安全管理五大職能。並圍繞相關職能制定詳細的考核細則，加大考核力度，將考核結果與工資、獎金福利掛鉤，嚴格考核，獎懲兌現，以過硬的考核推進各項工作落實。
而當今， 當前鄉鎮交管所管理體制存在的主要問題目前鹽城市各縣（市、區）的鄉鎮中心交管所，無論是在機構名稱、編制定員、履行職責、還是在管理體制上都不夠壹致，存在的主要問題有：
1、職能設置不統壹。如濱海中心交管所除上述職責外還負責轄區內營業性汽車駕駛員從業資格管理、危險化學品運輸管理等。亭湖南洋中心交管所還負責所轄鄉鎮農村公路的路橋建設和養護管理。東臺市中心交管所還要協助轄區鄉鎮政府做好航政、路政、渡口、農用自備船的安全監督管理工作。從鄉鎮中心交管所實際職責履行情況看，由於中心交管所人手少、規費征收任務重，且相當壹部分地方的中心交管所隸屬於縣運輸處，絕大部分精力還是用在了運管費、五小車輛公路養路費等規費征收和對規費繳納的稽查上，運輸管理以外的工作壹般兼顧較少。
2、機構設置不壹致。目前鄉鎮中心交管所壹級機構設置主要有三種模式：射陽模式。2001年，根據行業管理需要和省交通廳蘇交政（2000）63號文件關於“運管體制三合壹”模式的要求，經縣編委批準，將原縣交通運輸管理所、縣運政稽查大隊、維修所及7個中心交通管理所等11個事業單位合並組建成射陽縣交通運政管理處，保留射陽縣運政稽查大隊牌子，股級建制，下設5鄉鎮稽查中隊和1個直屬和1個機動中隊。鄉鎮稽查中隊為副股級建制，直接隸屬縣運管處，屬運管處的派出機構。阜寧模式。2001年，經縣編委批準，將縣運管所、稽查大隊、維修所以及五個中心交管所合並，組建成立阜寧縣交通運輸管理處，下設五個中心交管所並掛稽查中隊的牌子，中心交管所為正股級建制，既是運管處的派駐機構，又是鄉鎮人民政府主管交通工作的職能部門。鹽都模式。2004年，經縣編委批準，將原6個中心交管所調整為5個，並增掛運政中隊牌子。中心交管所是區交通局的派出機構，為全民事業性質，股級建制，業務上主要接受縣運管處的指導。
3、人員編制差異大。除濱海中心交管所人員目前使用的還是鄉屬事業編制外，均為縣級事業編制，並且只有建湖、鹽都等地少數地方中心交管所依照公務員管理，響水、亭湖等大多數地方未依照公務員管理。目前各縣鄉鎮中心交管所人員編制確定的標準不壹，定員數量差異較大。如鹽城市轄區內人口相當、經濟相對落後的濱海中心交管所編制為116個，在編164人，而經濟相對發達的東臺只有89個，在編88人。
4、管理體制不統壹。目前從同屬縣（市、區）交通局的公路、航道、海事、運管四個部門，已有三個統壹為副科級建制，只有運管部分是副科級，部分為股級建制。而有些縣中心交管所是縣運管處的下屬，卻也為股級建制，不便於工作的領導。在管理體制上，中心鄉鎮交管所既有直屬縣運管處的，也有直屬縣交通局的。目前，響水、阜寧、射陽、建湖4個縣的中心交管所直屬縣運管處，其余5個縣（市、區）的中心交管所直屬縣交通局領導，業務上接受運管處指導。鄉鎮交管所在機構建制上級別也不同，有股級的，也有副股級的。
5、人員素質難保證。中心交管所由於各種原因，進人關系因素多、退伍政策安置多，沒有實行嚴格的考試錄用制度，人員素質難保證。據調查,目前鹽城市中心交管所在崗的731人中,初中以下學歷的有26人,占3.6%,高中及中專學歷的232人,占31.7%,大專及以上學歷473人(其中約有55%為黨校函授畢業),占64.7%。以阜寧為例，2001年改以來，***新進9人，其中男性4人，女性5人中，大專以上只有1人，高中及以下6人。
6、執法主體資格不硬。國家道條和省道條已把道路運輸管理工作明確授權給縣級以上道路運輸管理機構。縣級道路運輸管理機構，因受編制制約等原因，難以對農村運輸市場實施有效的管理。中心交管所實施管理又沒有法規依據，在這種情況下，中心交管所大多增掛了縣運政（稽查）中隊的牌子，射陽縣幹脆撤銷了中心交管所，改建為縣運政中隊。這樣雖然在某種意義上解決了中心交管所執法主體資格的合法性問題，但由於目前鄉鎮交管所執法人員大多持交通部行政執法證件，上路執法的合法性仍受到質疑。我市近年來已多次發生暴力抗法，致使執法人員受傷的事件，而公安部門卻以交管所人員上路檢查沒有法規明確依據，拒絕受理。
三、對鄉鎮交管所體制改革的幾點建議
1、關於鄉鎮交管所的職能與機構設置問題。鄉鎮交管所的職能與機構設置應當遵循以下原則：壹是既尊重歷史，又充分現實需要的原則。費改稅後，中心交管所的主要職能建議確定為：負責交通法律法規的宣傳；負責轄區內交通運輸發展的中長期規劃和近期計劃；負責審核轄區內水陸客貨運輸、搬運裝卸服務業、汽車維修業的開業、停業申請；負責交通運輸統壹單證的發放和使用管理；協助鄉鎮政府對農用自備船、渡口實施管理；負責交通運輸車輛和農村客運站的源頭監督管理，維護市場秩序；負責農村公路的路政管理，協助海事、航道、公路部門受理審批事項；負責轄區內交通運輸基本情況的統計上報等工作。二是精幹、效能、統壹，並與即將實施的交通綜合執法綜合體制改革相配套的原則。在機構設置上，壹般仍應按片設立，2-3個鄉鎮設壹個中心交管為宜，這樣既可滿足壹定的管理幅度要求，又能兼顧方便群眾，同時還能利用現有的鄉鎮中心交管所的辦公用房、設置等資源。最理想的模式是按“六統壹”的要求，全省聯動。即：統壹機構設置，統壹核定編制，統壹經費渠道，統壹進人門檻，統壹執法服裝，統壹建築標識。省以下壹條線實施垂直管理，也可以分步實施，全市聯動，先市以下壹條線垂直管理。三是與農村交通運輸發展狀況相適應的原則。按照法律法規的要求和著力在農村調控運輸市場、搞好運輸市場建設、強化運輸市場監管、提供運輸優質服務原則要求，結合農村交通運輸發展狀況，不斷對其管理職能進行豐富完善。可供選擇的模式有：
模式壹：設立道路運政中隊，不再保留中心交管所名稱。考慮到綜合執法是今後的必然趨勢，直接隸屬綜合執法改革後設置交通執法機構領導。設置模式二：保留中心交管所和道路運政中隊牌子。隸屬於現在的縣運管處領導，接受公路、航道、海事業務指導。設置模式三：保留中心交管所和道路運輸稽查中隊牌子，隸屬於現在的縣交通局領導，接受運管、公路、航道、海事業務指導。設置模式四：參照公安派出所和交警中隊模式，分設中心交管所和道路運輸稽查中隊，中心交管所隸屬於縣交通局領導，道路運輸稽查中隊隸屬綜合執法改革後設置交通執法機構領導。
我們推薦模式二。主要理由：壹是考慮到其職能涵蓋面廣，不僅僅局限在單純的運政這壹塊；二是就中心交管所承擔的職能而言，運政這壹塊的職能無論是過去還是現在運政這壹塊的職能最多，工作量也最大，現在隸屬於縣運管處領導的中心交管所的比例較大，協調各方的工作量最小，行政成本最小，同時還兼顧了目前中心交管所體制的現狀。三是有利於機構精簡、效能、統壹原則的實現。
2、關於編制定員問題：87年交通部《公路運輸管理部門工作條例》提出的按客運站、貨運站、維修點等百站兩人或三人，百車壹人的定員控制標準，總體是合理的。從我們調查的情況看，縣壹級中心交管所總的定員壹般控制在70-110人是適宜的。
3、關於進人問題。目前，中心交管所管理以塊為主，人員編制由地方確定，進人沒有采取公開招考的方式，不少是憑關系走後門，造成部分人員素質不高、文化程度偏低、年齡結構不合理和人員超編。建議除在定員職數內補充領導幹部外，進人年齡應當控制在35歲以下，所有新進人員必須達到大專以上，錄用辦法參照國家公務員錄用標準、管理方式，先由所在地報進人計劃，然後由省裏統壹組織考試、統壹進人。對現有人員按編制定員的80-90%的比例，通過考試競爭擇優錄用，對淘汰人員可通過鼓勵提前離崗，發給生活補助，鼓勵調出和自謀職業等辦法分流。同時設立交通執法人員人身意外保險基金，開展人身意外保險，讓壹線執法因公受傷人員得到經濟補償。
4、關於費改稅後人員及辦公經費問題。建議以省為單位統壹核算，省財政統壹撥給省運管機構，再根據各級需要分級撥付，沒有納入編制的不給經費。編制控制可按經費許可情況和客運站、貨運站、維修點、車輛增長及其他道路交通事業發展情況每2-3年作壹次微調。
5、關於裝備設施建設問題。現有中心交管所，特別是蘇北基層交管所，辦公條件簡陋。我市濱海縣至今尚有2個中心交管所居無定所，所使用的車輛和電腦等設備不少已達到了報廢或更新期，對講機、攝像機、照相機、錄音筆等調查取證器材等普遍缺乏，執法服裝問題尚未解決，行政執法工作難度較大，基層中心交管所標準化建設任重道遠。同時，鄉鎮中心交管所人員長期住在鄉鎮，有的交管所既無電視機，又沒有冰箱。建議加大上述方面的投入，確保每個中心交管所有兩輛以上執法車、必要的調查取證器材和必要的生活設施，與此同時，還要加大運政管理信息化方面的投入，不斷提高辦公自動化程度。