1.兩種措施的適用對象不同。
稅收保全措施只適用於納稅人；強制措施適用於納稅人、扣繳義務人和納稅擔保人。
2.兩種措施的實施條件不同。
對當期應納稅款實施稅收保全措施的條件是:責令限期前繳納稅款，中途提供納稅擔保，延期采取稅收保全措施(註:對上期應納稅款可直接采取稅收保全措施)。執行強制措施的條件是在強制措施終止前責令限期繳納。註意，這裏的“責令限期繳納”對於兩種措施是不同的，稅收保全措施的“期限”是指納稅期限；強制措施的“期限”是指納稅期結束後，稅務機關規定的期限。
3.兩項措施的實施時間不同。
對當期納稅義務在稅法規定的納稅期限屆滿前實施稅收保全措施；該強制措施在稅法規定的納稅期限屆滿後實施，並責令其終止。
4.兩項措施的實施金額不同。
采取稅收保全措施時，僅以納稅人當期應納稅額為執行數額；執行措施應以納稅人應納稅款連同滯納金作為執行金額。
5.這兩項措施采取的方式不同。
稅收保全措施的方式是書面通知金融機構凍結存款或者查封、扣押商品、貨物或者其他財產，只是凍結、扣押或者查封納稅人的財產，並不剝奪納稅人的財產所有權，只是限制納稅人對財產的處分權。強制措施的方式是書面通知金融機構從其存款中扣繳稅款或者依法拍賣、變賣商品、貨物及其他財產抵繳稅款。就是扣繳、拍賣或者變賣納稅人的財產，可以直接改變納稅人的財產所有權。