截至2009年，阿克蘇地區轄庫車、新和、沙雅、拜城、溫宿、阿瓦提、烏什、柯坪8個縣和阿克蘇市，82個鄉（鎮），45個地方農林牧場，1137個行村。 行政區面積下轄區域庫車 14529平方千米新城街道辦事處、東城街道辦事處、熱斯坦街道辦事處、薩克薩克街道辦事處、烏恰鎮、伊西哈拉鎮、玉奇吾斯塘鄉、阿拉哈格鎮、比西巴格鄉、齊滿鎮、哈尼喀塔木鄉、墩闊坦鎮、牙哈鎮、烏尊鎮、雅克拉鎮、阿克吾斯塘鄉、阿格鄉、塔裏木鄉新和5831平方千米新和鎮、尤魯都斯巴格鎮、依其艾日克鄉、排先拜巴紮鄉、塔什艾日克鄉、渭幹鄉、玉奇喀特鄉、塔木托格拉克鄉沙雅31887平方千米沙雅鎮、托依堡勒迪鎮、紅旗鎮、英買裏鎮、古勒巴格鄉、海樓鄉、努爾巴格鄉、塔裏木鄉拜城15917平方千米拜城鎮、鐵熱克鎮、察爾齊鎮、賽裏木鎮、黑英山鄉、克孜爾鄉、托克遜鄉、亞吐爾鄉、康其鄉、布隆鄉、米吉克鄉、溫巴什鄉、大橋鄉、老虎臺鄉溫宿14376平方千米溫宿鎮、吐木秀克鎮、克孜勒鎮、阿熱勒鎮、托乎拉鄉、恰格拉克鄉、佳木鄉、依希來木其鄉、古勒阿瓦提鄉、博孜墩柯爾克孜族鄉阿瓦提13067平方千米阿瓦提鎮、烏魯卻勒鎮、拜什艾日克鎮、阿依巴格鄉、塔木托格拉克鄉、英艾日克鄉、多浪鄉、巴格托格拉克鄉烏什9065平方千米烏什鎮、阿克托海依鄉、亞科瑞克鄉、阿恰塔格鄉、阿合亞鄉、依麻木鄉、英阿瓦提鄉、亞曼蘇柯爾克孜族鄉、奧特貝希鄉柯坪8977平方千米柯坪鎮、玉爾其鄉、阿恰勒鄉、蓋孜力克鄉阿克蘇市14450平方千米欄桿街道、英巴紮街道、紅橋街道、新城街道、南城街道、柯柯牙街道、喀勒塔勒鎮、阿依庫勒鎮、依幹其鄉、拜什吐格曼鄉、托普魯克鄉、庫木巴希鄉