增值稅發票選擇確認平臺V3.0.04升級後，發票勾選增加“退稅勾選”、“代辦退稅勾選”選項。
需要提醒外貿企業註意的事，外貿企業采用確認平臺勾選發票時，不能再向以前壹樣將用於抵扣和用於退稅的發票壹起選擇確認了，應該通過“退稅勾選”“退稅確認勾選”功能完成用於出口退稅的發票勾選確認。
升級後有關問題明確如下：
按照財稅2012年39號及總局公告2012年24號有關規定，外貿企業應當單獨核算出口貨物，明確區分購進貨物用於內銷還是外銷，分別進行抵扣和退稅；若購進時不能確定內銷或出口的，先計入出口庫存賬（不得進行抵扣，操作時勾選“用於出口退稅”），後期確認轉為內銷，應按規定開具“出口轉內銷證明”後，在次月申報時，填寫增值稅申報表附表二“外貿企業進項稅額抵扣證明”欄次進行抵扣（轉內銷證明已傳遞貨勞處進行申報比對監控）；請及時提醒外貿企業操作時慎重勾選“用於進項抵扣”（確認用於內銷的除外），經與總局確認，升級後的系統在勾選之後，無法進行用途變更，也就是說勾選“進項抵扣”後無法再用於申請出口退稅，（即使再做進項轉出，出口退稅審核系統也無相關發票信息）。文件依據2012年24號第八條第（壹）項“進項稅額已計算抵扣的增值稅專用發票，不得在申報退（免）稅時提供”。
“退稅勾選”是為了防止外貿企業壹票兩用。出口退稅收入所對應的購貨增值稅專用發票不得參與銷項稅額抵扣，“退稅勾選”未出現之前內外銷都有的外貿企業是否抵扣了出口退稅收入所對應的購貨增值稅專用發票的進項稅額主要靠稅務機關工作人員檢查，部分企業時間壹長，無從查起，給稅務機關帶來了很大壓力。“退稅勾選”、“代辦退稅勾選”出現後，可從上遊控制抵扣問題，對企業來說可以解決因為“粗心大意”，把出口退稅收入所對應購貨增值稅專用發票進項稅額參與銷項稅額抵減的問題，對稅務來說可以解決企業“壹票兩用”的問題。
為了避免各外貿企業出現錯漏，建議大家參考如下操作：
1、倒開票情況下取得的進貨增值稅專用發票，勾選時，壹定選擇“用於出口退稅”；
2、先票後單情況下取得的進貨增值稅專用發票，分以下三種情況：
（1）如果能夠明確用於出口退稅，壹定要勾選“用於出口退稅”
（2）如果不能明確判斷是否用於出口退稅，也請勾選“用於出口退稅”；
（3）如果很明確用於內銷貨物，請勾選“進項抵扣”。
3、在現階段，無論勾選“用於出口退稅”，還是勾選“進項抵扣”。增值稅納稅申報表填列方法暫時不變。
4、生產企業用於自產貨物的進項增值稅發票選擇“進項抵扣”。購進視同自產貨物用於出口，勾選“用於出口退稅”。
外貿企業發票勾選的註意事項：
1、發票勾選之前明確該發票對應的貨物是否為出口貨物，出口收入的類型（退稅、免稅、征稅中的那種），根據相應的情況勾選，並不是出口收入所對應的購貨增值稅專用發票都通過“發票勾選”來勾選，已勾選確認為“抵扣”或“退稅”用途的發票均不能再撤銷，請慎重操作！
2、內外銷產品分別開購貨發票，避免出現壹張購貨增值稅專用發票的貨物有內銷也有外銷。
3、出口退稅收入所對應的購貨增值稅專用發票檢查無誤後再進行勾選，