物業管理公司代有關部門收取水、電、氣(煤)、維修基金和租金，屬於營業稅“服務業”稅目中的“代理”業務。因此，物業管理公司代有關部門收取的水、電、氣(煤)、維修基金和租金不征收營業稅，這種代理業務取得的手續費收入應征收營業稅。
《國家稅務總局關於代理營業稅計稅依據確定問題的批復》(國稅函〔2007〕908號)
納稅人從事代理業務，以其向委托人收取的全部價款和其他費用扣除現行稅收政策規定的可抵扣部分後的余額為應納稅所得額。
從事代理業務的納稅人應使用以下憑證作為營業稅征收差額的抵扣憑證:營業額抵扣項目發生在中國境內的，抵扣項目的支付憑證必須是發票或其他合法有效憑證；如果在境外支付，扣除工程款的憑證必須是外匯支付憑證、境外公司收據或公證證明。
《財政部國家稅務總局關於營業稅若幹政策問題的通知》(財稅[2003]16號)
第三，關於營業額。
(十九)從事物業管理的單位的營業額為與物業管理有關的全部收入減去代業主繳納的水、電、氣價格和代承租人繳納的水、電、氣價格及房租後的余額。
《四川省國家稅務局關於進壹步明確普通發票管理有關問題的通知》(川國稅發〔2009〕12號)
十、水、電、氣發票
(壹)自來水公司、電力公司、燃氣公司直接向用戶收取水、電、氣費，或者委托其他單位代為收取水、電、氣費的，應當按照《發票管理辦法》的有關規定向用戶開具發票，不得代開其他收據或者變相代開發票。
(二)供水公司、電力公司、燃氣公司委托居委會、社區、居民小區、水電超市等第三方(不含銀行)代收水、電、氣費用的，受委托單位應當直接向消費者開具由供水公司、電力公司、燃氣公司提供的冠名發票，不得使用其他收據、憑證。
(三)自來水公司、電力公司、燃氣公司與委托單位簽訂委托代收費用合同時，應具體約定委托單位使用的發票的收取、保管、使用、結算等相關的權利、義務和責任，委托單位應報主管稅務機關備案。過去雙方可就代理收費發票的開具簽訂備忘錄，委托單位應報主管稅務機關備案。
(4)主管稅務機關通知委托第三方代收費用的供水公司、電力公司、燃氣公司，向第三方提供本單位的冠名發票。受委托單位在收取費用時不得繼續向消費者出具自制收據或其他憑證。
根據上述規定，物業管理公司收取的水、電、氣等費用，可以在征收營業稅時，依據發票或其他合法有效憑證的差額征稅。應向商家開具所有價格和價格外費用的完整發票。