1.壹般納稅人開具的增值稅專用發票，購買企業可以按照規定抵扣，即可以按照票面註明的稅額抵扣。
2.海關進口增值稅專用繳款書。企業采購進口原輔材料的，可以抵扣海關進口增值稅專用繳款書註明的稅額。
3.從農業生產者處購進的自產農產品，可以憑自產農產品的進貨發票或者銷售發票抵扣進項稅額。
經常向個體農業生產者收購自產農產品的企業，可向主管稅務局申請開具農副產品收購發票，並在收購時據實開具；或者，農業生產者可以向稅務局申請代其開具免稅銷售發票。無論是企業自己開具的農副產品收購發票，還是稅務局開具的免稅農產品銷售發票，都可以作為進項稅抵扣憑證。
農民專業合作社和農業企業銷售自產農產品時，可以開具農副產品免稅銷售發票。因此，采購企業在向此類農業生產組織和企業采購農產品時，應積極索取合規發票作為進項稅抵扣的證據。
農副產品收購發票或自產自銷農副產品銷售發票可抵扣的進項稅額=面值×9%，用於生產深加工產品，稅率為13%。進項稅按照10%的抵扣率計算。
4.小規模納稅人開具增值稅專用發票分兩種情況:
(1)農業初級產品生產(9%稅率):進項稅額按增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算。
如從小規模納稅人處購買農產品，取得增值稅專用發票，註明價格為1000.00元，稅額為30.00元。該發票的可抵扣進項稅額=1000.00×9%=90.00元，而不是專用發票上註明的稅額30.00元。
(2)深加工產品(稅率13%):以增值稅專用發票上註明的金額為進項稅額，扣除率為10%。
5.不能從進項稅額中扣除的憑證
(1)開具流通環節免稅農產品銷售發票。
目前，可以開具農產品免稅發票的情況有六種:
壹是農業生產者銷售的自產農產品；
二是農民專業合作社銷售其成員生產的農產品；
三是采取“公司+農戶”的經營模式銷售畜禽；
四是種子生產企業在定點生產經營模式下生產銷售種子；
五是賣給從事蔬菜批發和零售的納稅人的蔬菜；
六是從事農產品批發零售的納稅人銷售的部分鮮肉蛋產品。
前四種都是銷售自產農產品的農業生產者。如果取得這四類免稅發票，可以按照農產品銷售發票抵扣進項稅。後兩種情況屬於流通環節蔬菜和鮮肉鮮蛋的免稅發票，不能抵扣進項稅額。
(二)銷售非自產農產品開具的普通發票
小規模納稅人和壹般納稅人銷售非自產農產品開具的普通發票不能作為進項稅抵扣憑證。
上述壹般納稅人企業購進農副產品的進項抵扣匯總如下:圖-1。