1、網上申報；
（1）、申報年審：由用人單位登錄“地方網上辦事大廳”進行辦理。點擊“政務公開”→點擊“省殘聯”→點擊“按比例安排殘疾人就業年審電子政務系統”→“在線申辦”。
（2）、申報繳費：由用人單位登錄“地方電子稅務局”進行辦理。
2、上門申報
（1）、申報年審：由用人單位到所在地的鎮（街道）殘疾人就業服務機構申報本單位上年安排的殘疾人就業人數。市直屬機關、事業單位和松山湖轄區用人單位到市殘疾人勞動就業管理辦公室申報。
（2）、申報繳費：由用人單位到所在地的稅務機關申報繳納保障金。
3、申報信息及報送資料
（1）、申報年審：用人單位需要網上填寫或現場提交《按比例安排殘疾人就業申報表》、殘疾人職工身份證、殘疾人證、勞動合同及用人單位為殘疾人職工發放工資和繳納社會保險費的有效憑證等材料。
（2）、申報繳費：用人單位需要網上填寫或現場提交《殘疾人就業保障金繳費申報表》，並繳納保障金。
殘疾人就業保障金是國家為促進殘疾人就業而設立的政府性基金。根據有關規定，北京市行政區域內的機關、團體、企業事業單位和民辦非企業單位等各類用人單位，均應按照不少於本單位在職職工總數1.7%的比例安排殘疾人就業，未達到上述比例的，應當繳納殘疾人就業保障金。
綜上所述，用人單位可以選擇網上申報或上門申報的方式進行殘疾人就業保障金申報。不需繳納殘疾人就業保障金的用人單位也要進行零申報。殘疾人就業保障金的繳款方式與國家稅務總局北京市稅務局征收的其他稅費繳款方式壹致。
法律依據：
《殘疾人就業條例》第九條用人單位安排殘疾人就業達不到其所在地省、自治區、直轄市人民政府規定比例的，應當繳納殘疾人就業保障金。
第十六條 依法征收的殘疾人就業保障金應當納入財政預算，專項用於殘疾人職業培訓以及為殘疾人提供就業服務和就業援助，任何組織或者個人不得貪汙、挪用、截留或者私分。殘疾人就業保障金征收、使用、管理的具體辦法，由國務院財政部門會同國務院有關部門規定。
第二十七條 違反本條例規定，用人單位未按照規定繳納殘疾人就業保障金的，由財政部門給予警告，責令限期繳納；逾期仍不繳納的，除補繳欠繳數額外，還應當自欠繳之日起，按日加收5‰的滯納金。