1996 65438+2月29日，撤銷古營集鎮、桃園集鎮，成立古營集鎮、桃園集鎮。1999 65438+2月22日，撤銷邵莊鄉，成立邵莊鎮。2000年6月21日，撤銷安蔡樓鄉，設立安蔡樓鎮。至此，曹縣下轄16個鎮，15個鄉。
2001年，曹縣轄16鎮9鄉。
2002年5月14日，撤銷王集鄉，設立王集鎮，行政區域和人民政府駐地不變。調整後，全縣轄17鎮8鄉。
5438年6月+2006年2月，撤銷曹誠鎮，設立曹誠、磐石、清河三個街道。同時，倪集鄉八裏廟等3個行政村劃歸曹誠街道管轄。普蓮鎮張四莊等43個行政村、倪集鄉袁樓等3個行政村劃歸清河街道管轄。
2010撤銷青崗集鄉和鄭莊鄉，建立青崗集鎮和鄭莊鎮。
201110 10月9日，倪集鄉撤銷，在其原行政區域內設立倪集鎮，鎮政府駐倪集村。調整後，全縣轄3個街道，19個鎮，5個鄉。縣政府位於曹誠街城隍廟後街。
2013年2月，常樂鎮撤銷，在其原行政區域內設立常樂鎮，鎮政府駐原鄉政府；撤銷鄭莊鎮，在其原行政區域內設立鄭莊街道辦事處，辦事處在原鎮政府駐地；撤銷倪集鎮，在其原行政區域內設立倪集街道辦事處，辦事處進駐原鎮政府。清河街道辦事處的寇仲、趙菜園、前尹樓、後尹樓、李樓寨、寇集、許繼、莊妍、張湯、仁莊等行政村劃歸普練鎮管轄；磐石街道辦事處鹿寨、張崗、前吳辛莊3個行政村劃歸清河街道辦事處管轄；磐石街道辦事處孫樓村屬孫老家鎮管轄。調整後，全縣轄5個街道，18個鎮，4個鄉。曹縣地質構造屬中朝準地臺，位於東南部。西部以聊城-蘭考斷裂為界，東部以曹西安斷裂為界。縣界分為魯西中泰隆和第四構造單元兩個構造單元，為任意凹陷。被曹西安斷裂和福山斷裂分割成壹些局部構造，如曹西安磚廟集、青古集等。
曹縣出露地層主要為新生界第四系。主要為沖積沈積，夾湖沼沈積，灰黃色、灰色至灰黑色，主要為粘質砂和粉細砂，中間夾2-3層粉土。粉砂、細砂壹般有1-2層，分布穩定。壹般有兩層淤泥，上層分布穩定，厚度3.03-14.08m，埋深2-20.3m..厚度由西向東、由南向北逐漸變薄，頂板埋深由西向東變淺，由南向北深淺交替，總的趨勢是向北變深。下層厚0.8-8.95米，埋深27-46米，斷續分布，均為透鏡狀，東西長，南北短。煤礦
2009年3月，曹西安煤田被山東省地質科學實驗研究所和菏澤市國土資源局發現。煤田主要位於曹西安縣北部的青崗集地區，向北延伸至定陶區和牡丹區。初步勘探結果表明，曹西安煤田煤層厚8米，煤種為國內外稀缺的煉焦煤。截至2013，新發現煤田邊緣的勘探工作仍在繼續。這是繼巨野煤田之後，魯西南地區發現的又壹大型煤田。
曹西安煤田總儲量約50億噸，潛在經濟價值654.38+0.5萬億元，其中80%位於曹西安，是山東省煤炭開發新的重要儲備基地，也是華東地區最後壹個優質整合型煤田。其他探明石油和煤層氣儲量分別為6543.8億噸和426億立方米；磁鐵礦和地熱資源豐富，開發潛力巨大。
鋁土礦
2011 5月15 —17日，山東省煤田地質局第二勘探隊在曹縣長樂鎮趙連城村西進行煤炭普查，發現壹層厚26米的鋁土礦層。