1．發票的印制要求不同：增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制。
其他發票則分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2．發票使用的主體不同：增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人領購使用。
普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用。
3．發票的內容不同：增值稅專用發票的購銷雙方都要準確填寫企業名稱、納稅人識別號、地址電話、銀行開戶行及賬號。
增值稅普通發票的銷售方要準確填寫名稱、稅號、地址電話、賬號，購貨方需寫企業名稱及納稅人識別號。
4．發票的聯次不同：增值稅專用發票至少有三聯，發票聯（購方記賬），抵扣聯（購方抵稅），記賬聯（銷方記賬）。
普通發票則至少有兩聯，發票聯（購方記賬），記賬聯（銷方記賬）。沒有抵扣聯
5．發票的作用不同：增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方可以抵扣進項稅額的憑證。
普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的壹律不予作抵扣用。
法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法》第七條 增值稅專用發票由國務院稅務主管部門確定的企業印制；其他發票，按照國務院稅務主管部門的規定，由省、自治區、直轄市稅務機關確定的企業印制。禁止私自印制、偽造、變造發票。
《中華人民***和國發票管理辦法》第十四條 各省、自治區、直轄市內的單位和個人使用的發票，除增值稅專用發票外，應當在本省、自治區、直轄市內印制；確有必要到外省、自治區、直轄市印制的，應當由省、自治區、直轄市稅務機關商印制地省、自治區、直轄市稅務機關同意，由印制地省、自治區、直轄市稅務機關確定的企業印制。