(壹)管理制度不完善。
非稅收入作為國家財政收入的重要組成部分，沒有全國性的法律法規。另壹方面，很多地方根據自身情況制定了相應的地方性法規或政府規章。如湖南省人大頒布實施了《湖南省非稅收入管理條例》，初步將非稅收入的收支、管理和使用納入法制化軌道。濟南既有市人大批準的《濟南市預算外資金管理辦法》。還有壹個市政府令，預算外資金轉非稅收入管理不僅僅是壹個簡單的概念置換，而是公共財政改革進程中的壹個質的飛躍，在理念、範圍、管理形式、方法手段等方面賦予了新的內涵，實現了新的突破。不可否認，這些地方性法規和政府規章對促進地方非稅收入管理發揮了積極有效的作用。但由於各地差距較大，加上認識上有m人，權威性不夠。特別是近年來，財政改革變化較大，時效性不足，對非稅收入管理產生了不利影響，制約了非稅收入管理的法制化、規範化。
(二)征管中仍存在不少問題。
目前，就政府非稅收入的征收方式而言，主要是財政部門直接征收和委托征管單位分散征收相結合。但由於監管力度不夠，現階段行政事業性收費、政府性基金、罰沒收入等。政府非稅收入由財政部門委托各級單位征收，財政部門直接征收的政府非稅收入種類較少。在實際收款過程中，L{I}收款行為不規範、隨意性大等問題表現在以下幾個方面:壹是票據使用不規範。在政府非稅收入的實際征收過程中。壹些收繳處罰的部門並不使用財政部門監制的標準票據，而是如上級主管部門fj的收據、單位內部結算的票據、稅務部門的發票甚至白條等往往作為收繳處罰的憑證。二是征收標準不統壹。壹方面，受利益驅動，壹些地方或單位為了爭取更多的“可支配”資金，往往擅自批準或出臺收費項目，提高收費標準，擴大收費範圍，甚至隨意將行政事業性收費轉為經營性收費；另壹方面，考慮到壹些利益，壹些地方或單位往往不按程序辦事。越權減免收費或者降低收費只是象征性收費。
(三)監督機構分工不清，監督查處不力。
目前，承擔政府非稅收入監管任務的部門不少，但由於缺乏明確的分工。監管機構大多只重視事後監管而忽視事前和事中監管，只重視收益獲取的合法性而忽視資金使用的合理性，使得監管“防患於未然”的根本目的沒有達到。同時，由於各監督機構都側重於事後監督檢查，基層單位在這壹階段往往不堪重負，不僅耗費巨大的人力物力，也影響了工作的正常開展。此外，壹些監督檢查工作還停留在“形式”階段。
(四)沒有完全解決激勵和約束機制的問題。
建立有效的激勵和約束機制是規範非稅收入管理的重要手段，但從目前的改革來看，這個問題並沒有得到徹底解決。壹方面，為了調動征收單位的征收積極性，財政部門需要對征收單位給予壹定的獎勵。目前，非稅收入主要采取收支掛鉤的“收支兩條線”管理模式，在預算管理上上繳國庫，而財政專戶管理的非稅收入基本上全額撥付給執收單位。即使部分地區按照壹定比例統籌非稅收入資金，剩余部分仍分配給征收單位，“誰征收”基本維持。由於南方預算安排緊張，“收費大戶”和“清水衙門”收入反差嚴重，部門和單位之間不平衡嚴重:壹方面，無收費、無罰款來源、完全依靠預算的單位經費相對緊張；另壹方面，有收費和罰款來源的單位，在大方支出和員工待遇上，比其他單位要好。
(五)票據使用管理存在的問題。
壹是部分省市重票據發行輕票據使用監管，“限量發行、查舊領新、收票”的形式流於形式。二是各省市推廣使用計算機開票進展緩慢，征收單位手工開票多，導致錯票、作廢票多，財務部門核銷作廢票工作量大。三是執收單位票證管理人員變動頻繁，票據管理責任心不強。票據管理制度不完善、不落實，票據丟失現象時有發生。