撫順市國家稅務局系統設置9個縣（區）國家稅務局，其中設置6個區國家稅務局，分別是：撫順市新撫區國家稅務局、撫順市東洲區國家稅務局、撫順市望花區國家稅務局、撫順市順城區國家稅務局、撫順市經濟開發區國家稅務局、撫順市勝利工業開發區國家稅務局，均為國家副處級（本市正處級）全職能局；設置3個縣國家稅務局，分別是:遼寧省撫順縣國家稅務局、遼寧省新賓滿族自治縣國家稅務局、遼寧省清原滿族自治縣國家稅務局，均為正科級全職能局。
根據工作職責，縣（區）局相應設置內設機構、直屬機構、派出機構和事業單位。
（壹）、內設機構
除勝利工業開發區國家稅務局外，其他縣（區）局內設機構10個，區局的內設機構級別為正科級，縣局的內設機構級別為正股級。具體名稱如下：辦公室、政策法規科、收入核算科、納稅服務科（辦稅服務廳）、征收管理科、稅源管理壹科、稅源管理二科、稅源管理三科、人事教育科、監察室，另設機關黨委辦公室。
勝利工業開發區國家稅務局內設機構7個，級別為正科級。具體名稱如下：辦公室、政策法規科、收入核算科、納稅服務科（辦稅服務廳）、征收管理科、人事教育科、監察室。其稅源管理職責並入征收管理科，機關黨委辦公室職責並入人事教育科。
1辦公室
擬訂本單位年度工作計劃、有關工作制度；起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信息、調研、信訪、保密、密碼等；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項；管理本單位財務、政府采購、後勤保障等機關行政事務工作；組織實施綜合行政管理信息系統；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。
2政策法規科
負責貨物和勞務稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程相關稅種業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作；負責相關稅種的納稅評估辦法、日常稽核和日常管理性檢查工作；負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；負責對出口貨物退（免）稅相關業務申報的初審、審核，組織落實本地出口貨源征稅情況並負責對外復函；牽頭抓好依法治稅和依法行政工作，擬定依法治稅和依法行政工作方案並組織貫徹實施；開展稅收政策調研與稅收政策執行情況評估反饋工作；開展世貿稅收調查應對工作；承辦領導交辦的其它工作。
3收入核算科
牽頭編制年度稅收計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作；承辦領導交辦的其它工作。
4納稅服務科（辦稅服務廳）
負責組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；負責組織實施納稅服務工作規範和操作規程；負責組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；負責組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；負責指導稅收爭議的調解；承擔短信系統的運行管理工作；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；組織實施稅收信用體系建設。
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、金稅發售、報稅稽核、咨詢輔導和受理減免申請及有關優惠政策申請等；承辦領導交辦的其它工作。
5征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅收資料管理、普通發票管理、稅控器具和征管軟件的推廣應用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度；組織實施綜合性納稅評估辦法；承辦領導交辦的其它工作。
6稅源管理科
負責對所轄稅源的監控管理工作，對轄區內納稅人實行分類管理和納稅服務；負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收調研、日常檢查、戶籍管理、政策送達、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織實施納稅評估、處理壹般性違規違章行為等；承辦領導交辦的其他工作。
7人事教育科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；組織落實稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計劃，開展培訓質量考核與評估；負責離退休幹部的服務和管理工作；負責機關和系統目標管理考核工作；承辦領導交辦的其它工作。
8監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作；承辦領導交辦的其它工作。
機關黨委辦公室
負責思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；負責黨建、工會、***青團、婦委會工作；承辦領導交辦的其他工作。級別與內設機構的機構級別相同。
（二）．縣局直屬機構
遼寧省新賓滿族自治縣國家稅務局、遼寧省清原滿族自治縣國家稅務局設置稽查局，級別為副科級。
稽查局內設機構5個，分別是：辦公室、綜合選案股、檢查股、案件審理股、案件執行股，級別為副股級。舉報中心工作職責劃入綜合選案股，掛舉報中心牌子。
稽查局職責：組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作和稅收專項整治工作；辦理稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見。
內設機構職責參照市局所屬稽查局設置。
（三）．派出機構
縣（區）局設若幹稅務分局、稅務所。區局設置的稅務分局、稅務所級別為正科級；縣局設置的稅務分局級別為副科級，稅務所級別為正股級。
（四）．事業單位
縣（區）局設信息中心，級別與內設機構的級別相同。
信息中心職責：承擔本單位信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本單位信息安全管理與實施。