1、如果公司未造成稅收損失，稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；
2、造成不納稅或者少繳稅款的，稅務機關應當追繳不納稅或者少繳稅款，並處以罰款；
3、情節嚴重的，稅務機關將根據嚴重程度，處以更高金額的罰款；
4、如果公司有逃稅行為且構成逃稅罪的，法院可對公司判處罰金，並對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照個人犯逃稅罪的規定給予處罰。
個稅違規行為的後果：
1、滯納金：根據稅法規定，公司未按時申報個稅，需按欠稅金額的日千分之五繳納滯納金；
2、罰款：如果公司未申報個稅的行為被稅務機關認定為逃稅，可能會被處以未繳稅款額1%至5倍的罰款；
3、行政處罰：公司負責人可能會受到行政處罰，包括警告、罰款甚至吊銷營業執照；
4、刑事責任：在嚴重的逃稅案件中，公司負責人可能會面臨刑事責任，包括拘留、罰金甚至監禁；
5、信用記錄：公司未申報個稅的行為會被記錄在稅務信用檔案中，影響公司的信用等級，可能會影響公司未來的貸款、招投標等活動。
綜上所述，對於未申報個稅的公司，稅務機關將根據情節輕重，責令改正並處以罰款，追繳不納稅或少繳稅款，並可能根據嚴重程度增加罰款金額。對於有逃稅行為且構成逃稅罪的公司，法院可判處罰金，並對直接責任人員依法處罰。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第六十二條
納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，或者扣繳義務人未按照規定的期限向稅務機關報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表和有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，可以處二千元以上壹萬元以下的罰款。