水產養殖壹般有兩種情形，壹是繁殖自養，二是收購後再養殖。《財政部 國家稅務總局關於印發的通知》（財稅[1995]第52號）中規定，“單位和個人外購農業產品生產、加工後銷售的仍然屬於註釋所列的農業產品，不屬於免稅的範圍，應當按照規定稅率征收增值稅”。
那麽，是否可以依據52號文件判定，收購後再養殖的水產品不適用增值稅免征優惠呢？
又據，《國家稅務總局關於實施農、林、牧、漁業項目企業所得稅優惠問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第48號）第七條規定，“企業將購入的農、林、牧、漁產品，在自有或租用的場地進行育肥、育秧等再種植、養殖，經過壹定的生長周期，使其生物形態發生變化，且並非由於本環節對農產品進行加工而明顯增加了產品的使用價值的，可視為農產品的種植、養殖項目享受相應的稅收優惠”。
但是，48號公告的適用在實務中至少有三個問題：
1、48號公告是關於實施企業所得稅優惠的規定，“可視為農產品的種植、養殖項目享受相應的稅收優惠”是否適用增值稅，尚不明確。
2、如果適用，怎樣判定“壹定的生長周期”、“生物形態發生變化”、“明顯增加了產品的使用價值”等要件的成立。48號公告要求，上述條件難以確定的，由企業提供縣級以上農、林、牧、漁業政府主管部門的確認意見。然而，將確認權單方面交給漁業部門，其確認意見的技術性和權威性必將受到質疑。
3、如果不適用，那麽在同壹個養殖場地，既有繁殖自養的（增值稅）免稅產品，又有收購後再養殖的（增值稅）應稅產品，這種在水裏養殖的“生物資產”，連實物盤點都是個難題，客觀上更增加了稅收征免劃分的難度。
筆者建議，以貫徹國務院10號文件精神為契機，將國家稅務總局48號公告中關於養殖業的適用範圍明確由企業所得稅擴大至增值稅，並將相關要件是否成立的鑒定權交給具備資質的中介機構，判定權交給漁業主管部門。
二、初加工的產品是否屬於免稅農產品範疇？
《財政部 國家稅務總局關於發布享受企業所得稅優惠政策的農產品初加工範圍（試行）的通知》（財稅[2008]149號）中規定，水生動物初加工的範圍是“將水產動物（魚、蝦、蟹、鱉、貝、棘皮類、軟體類、腔腸類、兩棲類、海獸類動物等）整體或去頭、去鱗（皮、殼）、去內臟、去骨（刺）、擂潰或切塊、切片，經冰鮮、冷凍、冷藏等保鮮防腐處理、包裝等簡單加工處理，制成的水產動物初制品”，“熟制的水產品和各類水產品的罐頭以及調味烤制的水產食品不屬於初加工範圍”。
而財稅[1995]52號文件關於水產品的註釋：水產品是指人工放養和人工捕撈的魚、蝦、蟹、鱉、貝類、棘皮類、軟體類、腔腸類、海獸類動物。本貨物的征稅範圍包括魚、蝦、蟹、鱉、貝類、棘皮類、軟體類、腔腸類、海獸類、魚苗（卵）、蝦苗、蟹苗、貝苗（秧），以及經冷凍、冷藏、鹽漬等防腐處理和包裝的水產品。幹制的魚、蝦、蟹、貝類、棘皮類、軟體類、腔腸類，如幹魚、幹蝦、幹蝦仁、幹貝等，以及未加工成工藝品的貝殼、珍珠，也屬於本貨物的征稅範圍。熟制的水產品和各類水產品的罐頭，不屬於本貨物的征稅範圍。
兩個文件的根本區別是兩個：
1、52號文件規定的是增值稅，149號文件規定的是企業所得稅。
2、52號文件規定的流程是“經冷凍、冷藏、鹽漬等防腐處理和包裝”或幹制，而149號文件規定的流程增加了壹個“去”和“切”的環節。
問題的核心是，149號文件規定的初制品是否歸屬52號文件規定的農產品。解讀52號文件的精髓，“熟制的水產品和各類水產品的罐頭，不屬於本貨物的征稅範圍”。也就是說，除熟制和罐頭以外的經過初加工的生制品，應當納入52號文件規定的水產品，享受增值稅免征優惠。當然，這只是壹種個人理解，要消除這種歧義，尚待財政部或者國家稅務總局明文。
三、用於連續加工的免稅農產品如何抵扣進項稅額？
如果將水產養殖業的產品分類，主要有四類：壹是財稅[1995]52號文件規定範圍的初級農產品，二是財稅[2008]149號文件規定範圍的初加工產品，三是熟制的水產品、罐頭和調味烤制食品，四是經過深加工的食品。
在實務中，由於缺乏稅法保護意識，很多水產養殖企業從養殖、初加工到深加工諸環節，采取了連續生產方式，其終端產品為上述第三、四類產品，不能享受增值稅免征優惠。而且，在壹個企業的連續生產中，其養殖或者初加工環節對應的進項稅額不能獲取有效抵扣憑證，增值稅不能得到合法抵扣，是困擾企業發展的壹道難題。
筆者欣喜地註意到，為了解決類似問題，調整和完善農產品抵扣機制，國家已經在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法（財稅[2012]38號），但水產業不在其中。因此，建議水產養殖企業要審時度勢，將養殖、初加工和深加工業務實行合理分離，分立企業，以期實現農產品進項稅額充分、安全抵扣的效果，增加企業收益。
四、農產品減稅、免稅項目所得如何合理劃分？
依據《企業所得稅法》的規定，養殖項目減半征收企業所得稅，而初加工項目則免征所得稅。國家稅務總局公告2011年第48號第五條（三）項要求，企業應合理劃分不同項目的各項成本、費用支出，分別核算種植、養殖項目和初加工項目的所得，並各按適用的政策享受稅收優惠。
又據，國家稅務總局公告2011年第48號第八條規定，企業同時從事適用不同企業所得稅政策規定項目的，應分別核算，單獨計算優惠項目的計稅依據及優惠數額；分別核算不清的，可由主管稅務機關按照比例分攤法或其他合理方法進行核定。
問題的關鍵是，如何合理劃分成本、費用支出？
現行稅收政策尚未明確規定農產品企業成本費用在免稅項目、減稅項目和應稅項目之間的具體分攤方法。企業在實際操作中，可以借鑒《國家稅務總局關於實施國家重點扶持的公***基礎設施項目企業所得稅優惠問題的通知》（國稅發[2009]80號）有關從事公***基礎設施項目優惠政策企業的期間費用的分攤方法。該文件規定，公***基礎設施企業可以按照投資額、銷售收入、資產額、人員工資等參數確定。在稅收政策對這壹問題明確之前，企業可以暫按投資額、銷售收入、資產額、人員工資等參數確定分攤方法，並報主管稅務機關備案。