垃圾清運主要包括兩個方面：日常生活垃圾清運及建築垃圾清運。
1、日常垃圾服務按照“居民日常服務-市政市容管理服務”適用稅率6%計算繳納增值稅。
2、建築垃圾的清理，
按照其他建築服務繳納增值稅，應當在備註欄註明項目名稱、項目地址。
垃圾的運輸，按照交通運輸服務繳納增值稅。適用稅率9%計算繳納增值稅。
具體的適用稅率，建議參照以上的相關條款進行對號入座。有針對性的進行納稅申報。
《財政部國家稅務總局關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件1的“銷售服務、無形資產、不動產註釋”規定：
居民日常復服務，是指主要為滿足居民個人及其家庭日常生活需求提供的服務制，包括市容市政管理、家政、婚慶、養老、殯葬、照料和護理、救助救濟、美容美發、按摩、桑拿、氧吧、足療、沐浴、洗染、攝影擴印等服務。
根據《財政部國家稅務總局關於將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2013〕106號）
第八條應稅服務，是指陸路運輸服務、水路運輸服務、航空運輸服務、管道運輸服務、郵政普遍服務、郵政特殊服務、其他郵政服務、研發和技術服務、信息技術服務、文化創意服務、物流輔助服務、有形動產租賃服務、鑒證咨詢服務、廣播影視服務。
應稅服務的具體範圍按照本辦法所附的《應稅服務範圍註釋》執行。