1、範圍不同：
免稅可以針對的事物是大範圍的；保稅中只能針對的是貨物。
2、在政策的性質上不同：
免稅是稅收制度；保稅是稅收的壹種特定情況。
3、針對產品種類不同：
免稅針對的可以是包含進口的產品之內的很多產品；保稅只能對進口商品實行。
4、地位上也不同：
免稅是我國的壹項重要的法律；保稅只是海關中的壹種制度。
5、可設立的政策性區域不同：
免稅設立的可以有免稅區；保稅只能設立保稅區。
6、二者含義不同：
免稅區根據壹定前提條件獲得壹定稅務優惠，免稅不等於不交稅，免稅區是要求符合壹定註冊條件的公司在某壹固定地區的註冊的。
保稅區又稱加工貿易保稅區，保稅區，狹義的定義為：海關所設置的或經海關總督批準註冊的特定全封閉區域。外國商品在海關監管下（海關頒發倉儲手冊或來料/進料加工手冊），可暫時不交納進口關稅和不需提供進口許可證存入保稅區的保稅倉庫內。如再出口不需交納出口稅，輸入國內市場銷售，必須交納進口稅。
法律依據：《中華人民***和國增值稅暫行條例》第十五條
下列項目免征增值稅：
（壹）農業生產者銷售的自產農產品；
（二）避孕藥品和用具；
（三）古舊圖書；
（四）直接用於科學研究、科學試驗和教學的進口儀器、設備；
（五）外國政府、國際組織無償援助的進口物資和設備；
（六）由殘疾人的組織直接進口供殘疾人專用的物品；
（七）銷售的自己使用過的物品。
除前款規定外，增值稅的免稅、減稅項目由國務院規定。任何地區、部門均不得規定免稅、減稅項目。