稅收籌劃可以減輕企業的稅收負擔，使企業獲得更多的經濟利益，因此許多企業都千方百計加以利用。但是，在具體操作中，許多納稅籌劃方案理論上雖然可以少繳納壹些稅金或降低部分稅負，但在實際運作中卻往往不能達到預期效果，其中很多納稅籌劃方案不符合成本效益原則是造成納稅籌劃失敗的原因。納稅籌劃歸根到底是屬於企業財務管理的範疇，它的目標與企業財務管理的目標是相同的——實現企業價值最大化。所以在納稅籌劃時，要綜合考慮采取該納稅籌劃方案是否給企業帶來絕對的利益，要考慮企業整體稅負的降低，納稅絕對值的降低。
由於納稅籌劃在降低納稅人稅收負擔、取得部分稅收利益的同時，必然要為納稅籌劃方案的實施付出額外的費用，導致企業相關成本的增加，以及因選擇該籌劃方案而放棄其他方案所損失的相應機會收益。例如，企業運用轉讓定價方式減輕自己的稅負，需要花費壹定的人力、物力、財力在低稅負區內設立相應的辦事機構，而這些機構的設立可能完全是出於稅收方面的考慮，而非正常的生產經營需要。再如，納稅籌劃是壹項技術很強的工作，籌劃人員不僅需要有過硬的財務、會計、管理等業務知識，還要精通有關國家的稅收法律、法規及其他相關法律、法規，並十分了解稅收的征管規程及存在的漏洞與弊端，因此，企業在納稅籌劃前需要進行必要的稅務咨詢，有些時候還可能需要聘用專業的稅務專家為企業服務，或直接購買避稅計劃。所以，納稅籌劃與其他管理決策壹樣，必須遵循成本效益的原則，只有當籌劃方案的所得大於支出時，該項納稅籌劃才是成功的籌劃。