農業公司銷售自產農產品涉及到的稅種主要包括增值稅、消費稅和所得稅三種。首先是增值稅方面，對於批發銷售的農產品，依照現行政策按13%計征；對於零售銷售的農產品，依照政策按9%計征。其次是消費稅方面，根據不同農產品的生產、加工和銷售環節，適用不同的稅率和稅額。最後是所得稅方面，對於農業生產企業的銷售利潤，按照企業所得稅稅收政策進行計算和征收。除了稅率的計算和適用外，農業公司銷售自產農產品還需要註意相關的稅收管理和申報手續。根據我國稅收管理的相關規定，在銷售過程中需要開具相應的發票，按期繳納稅款，並及時申報相關的納稅信息。
農業企業如果將銷售渠道開拓到境外，如何處理相關的稅務問題？如果農業企業將銷售渠道拓展至境外，需要依據我國的稅收政策和海關監管規定進行稅種和稅額的計算和繳納。同時，還需要了解目標市場國家或地區的相關稅收政策和規定，並按照相關規定進行申報和繳納稅款。此外，涉及跨境貿易的農產品還需要符合出口海關的規定和檢驗標準，確保符合質量安全要求。
農業公司銷售自產農產品的稅收問題，需要根據不同的農產品類型和銷售渠道進行具體的計算和管理。農產品行業的從業者需要了解相關的稅收政策和規定，保持合法合規，確保企業的健康發展。
法律依據：
《中華人民***和國增值稅法》第七十六條 對於銷售自產農產品的生產者銷售額，減去銷售自產農產品所需支出直接與其生產、銷售有關的成本、費用和稅金後剩余部分，按照應稅貨物銷售額計算增值稅。