農村占用耕地建房行政審判遇到的問題是法律觀念淡薄，知識儲備不足。部分群眾對基本農田生態紅線概念不清，無法區分永久基本農田，缺乏基本農田保護行為。
農村非法占用耕地建房問題由來已久，範圍廣，問題多。非法占用耕地的農村房屋，當地監管不力，執法不嚴，甚至置若罔聞。有相關規定要加強這方面的防控，積極開展專項保護整治，落實相關責任。