1，適用範圍不同。3年的訴訟時效發生在權利人知道或者應當知道權利受到損害，義務人申請的時候；權利受損後適用20年；
2.意義不同。3年訴訟時效是指普通訴訟時效，而20年是法律規定的最長權利保護期限，超過20年其權利不受保護。
最長訴訟時效不同於其他訴訟時效的特征如下
1，其適用範圍廣，涉及各種民事法律關系；
2.時效期間為20年；
3、其適用前提是從權利被侵害時起，即使權利人不知道自己的權利被侵害，也只會在20年內得到法律保護。這不同於其他基於權利人知道或者應當知道權利被侵害為前提的訴訟時效；
4.在訴訟時效期間，可以適用延長的規定代替中止和中斷，但中止、中斷和延長的規定可以適用於其他種類的訴訟時效。
綜上所述，訴訟時效的適用範圍不同，含義不同，這是民事訴訟三年訴訟時效與二十年訴訟時效的主要區別。三年訴訟時效從權利人知道其權利被侵害之日起終止或者中斷。20年的訴訟時效從權利被侵害之日起算。
法律依據:
《中華人民共和國民法典》第壹百八十八條
向人民法院請求保護民事權利的時效期間為三年。法律另有規定的，從其規定。
訴訟時效期間從債權人知道或者應當知道權利受到損害和債務人知道之日起計算。法律另有規定的，從其規定。但是，自權利被損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。特殊情況下，人民法院根據權利人的申請，可以決定延期。