1，法官對違反程序案件的處理如下:
(1)民事訴訟當事人、刑事公訴案件被害人及其法定代理人不服地方各級人民法院第壹審判決、裁定的，有權以書面或者口頭方式向上壹級人民法院提起上訴；
(2)可以向上級法院、紀檢或檢察院投訴。
2.法律依據:《中華人民共和國刑事訴訟法》第二百三十八條
第壹審違反法定程序案件的處理第二審人民法院發現第壹審人民法院的審判有下列違反法定程序情形之壹的，應當裁定撤銷原判決，發回原審人民法院重審:
(壹)違反本法公開審判規定的；
(二)違反回避制度的；
(三)剝奪或者限制當事人合法訴訟權利，可能影響公正審判的；
(4)審判組織的組成不合法；
(五)其他違反法律規定，可能影響公正審判的訴訟。
二、有哪些不合法的程序？
程序違反是指以下情況:
1，程序違規體現為兩類:方式違規和步驟違規。程序性違反是指違反法律規定的程序性要素，包括方法、步驟、順序和期限；
2、違法方式是指使行政行為有瑕疵的方式。作出行政行為有口頭方式、書面方式、行為方式和默示方式。