國家環保總局2005年發布的《汙染源自動監控管理辦法》規定，自動監控系統通過環保部門驗收並正常運行的，其數據將作為環保部門開展排汙申報核查、排汙許可證發放、總量控制、環境統計、排汙費征收、現場環境執法等環境監督管理的依據，並按照有關規定向社會公開。
但是《汙染源自動監控管理辦法》有壹個很大的問題，就是主體責任不明確。比如第十三條規定，自動監控設備的建設、運行和維護經費由排汙單位自籌，環保部門可以給予補助。但不清楚誰負責自動監測系統的運行和維護。多年來，實踐中常見的是環保部門在幫企業做監測，或者環保部門委托的第三方在做。排汙企業自己無權進入控制室進行自動監控。
後來《環境行政處罰辦法》第三十六條規定，環境保護主管部門可以采用在線監測或者其他技術監控手段收集違法行為證據。環境保護主管部門認定的有效數據可以作為認定違法事實的證據。
但由於自動監控運行維護責任主體不明確，國家規定的自動監控系統強制檢定和周期檢定難以落實。此外，企業在制作超標排放記錄時，往往會質疑自動監測數據的準確性，導致環保部門難以依據自動監測數據作為有效的法律證據對企業進行監管。同樣，自動監測數據作為排汙費依據也存在同樣的問題，導致很多地方的排汙費征收彈性很大，往往是“議價”。壹旦“費改稅”，作為征稅的依據，排放數據必須經得起推敲和檢驗。從環境稅的順利實施來看，在線監控系統也必須進行改革。