如果公司有證據證明對員工超額支付，可以申請勞動仲裁，也可以向員工住所地人民法院提起不當得利返還訴訟。
中華人民共和國民事訴訟法
第21條壹般屬地管轄權
對公民提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄；被告住所地與其經常居住地不壹致的，由經常居住地人民法院管轄。對法人或者其他組織提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。同壹訴訟的幾個被告的住所地、經常居住地在兩個以上人民法院管轄的，由各人民法院管轄。
第119條起訴條件
起訴必須符合以下條件:
(壹)原告是與本案有直接利害關系的公民、法人和其他組織；
(二)有明確的被告；
(三)有具體的請求、事實和理由；
(四)屬於人民法院受理的民事訴訟範圍，由被訴人民法院管轄。
中華人民共和國勞動法
第七十七條
用人單位與勞動者發生勞動爭議，當事人可以依法申請調解、仲裁或者提起訴訟，也可以協商解決。調解原則適用於仲裁和訴訟程序。