為了鼓勵企業購買農業生產者生產的農產品，稅務機關規定，企業可以根據購貨發票上的金額計算進項稅抵扣，進項稅=進價* 13%。企業因經營不善造成商品損失的，應將農產品對應的進項稅轉出。轉移的進項稅=成本/(減13%) * 13%。從壹般納稅人購進農產品，取得稅率為9%的增值稅專用發票，可以憑票抵扣，即直接認證抵扣；也可以選擇計算扣除額。企業進口農產品，取得海關進口增值稅專用繳款書，按照增值稅專用繳款書註明的稅額抵扣增值稅。小規模納稅的企業，取得自開或代開征收率為3%的增值稅專用發票，並將農產品直接銷往境外的，按照發票上的金額(不含稅)和9%的抵扣率抵扣增值稅；納稅人購買農產品用於生產或者委托加工稅率為13%的貨物，可以按10%的扣除率計算進項稅額。
法律依據:
中華人民共和國農業稅條例
第四條下列農業收入征收農業稅:
(壹)糧食作物和馬鈴薯作物的收入；
(二)棉花、大麻、煙葉、油料、食糖和其他經濟作物的收入；
(三)園藝作物收入；
(四)國務院規定或者批準征收農業稅的其他收入。
第五條農業生產合作社和其他從事農業的合作社，以合作為單位繳納農業稅；其他納稅人按經營單位繳納農業稅。
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