首先是程序的不同。
自願離婚的雙方，憑有關證件，可以到民事婚姻登記處辦理協議，也可以共同到人民法院辦理協議，也可以在離婚訴訟中，在法院的主持下，經調解達成協議。
第二是性質上的不同。
離婚協議的內容包括三個主要內容，即自願離婚、子女撫養、財產和債務處置。其中，自願離婚是指雙方自願解除婚姻關系；子女撫養涉及壹方行使撫養權，另壹方支付撫養費，包括子女生活費、教育費、醫療費等。
還包括未直接撫養子女壹方的探視權和保護；財產債務處理主要包括夫妻關系存續期間財產如何分割，債務如何清償。
第三是效力的差異。
登記離婚協議與訴訟離婚協議具有同等法律效力；個人關系不能直接執行；登記離婚協議和訴訟離婚協議的債務不能對抗債權人。《婚姻法解釋二》第二十五條規定，“當事人離婚協議或者人民法院判決、裁定、調解書中已處理夫妻財產分割的，債權人仍有權就同壹債務向男女雙方主張。”
擴展數據:
協議離婚的分類:
協議離婚也稱為自願離婚或登記離婚。我國婚姻法中稱之為雙方自願離婚，是指雙方協議解除婚姻關系的離婚方式。《婚姻法》第三十壹條規定，男女雙方自願離婚的，準予離婚。雙方必須到婚姻登記處申請離婚。當婚姻登記處查明雙方確有意願，並已妥善處理了子女和財產問題後，就會出具離婚證。？
根據不同的分類標準，協議離婚可以分為不同的類型。縱觀各國法律規定，協議離婚大致有兩類:
1.壹、協議離婚按承認離婚的機關或適用程序可分為行政離婚和訴訟離婚。
(1)行政協議離婚是通過行政程序的合作離婚，行政機關包括戶籍機關(如日本、蒙古)、民事機關(如墨西哥)和其他行政機關(如丹麥、挪威)。
(2)訴訟協議離婚是法院通過審判程序處理的協議離婚。
分為兩種情況:壹是當事人的離婚協議必須得到法院的認可(如法國)；第二，當事人的離婚協議必須由法院裁決(如奧地利)。
2.其次，協議離婚可以分為三類:
(1)雙方申請離婚。即雙方先就所有離婚問題達成壹致，再進行申請。
(2)壹方要求離婚，另壹方答應離婚。
③離婚調解。
有兩種:壹是壹方要求離婚，雙方通過調解就所有離婚問題達成協議。二是雙方同意解除夫妻人身關系，經調解，雙方對後果達成壹致。
參考資料:
百度百科-協議離婚